Discussion :

[Lou.lou]

Bonjour,

Je souhaite calculer le "nrmse" (c'est le rmse:root mean square error" en pourcentage), après une petite recherche je trouve le package "pedometrics", il permet de calculer d'un rait le AIC, rmse, nrmse...pour toute une série de modèle linéaire d'un bloc. là où je sèche c'est dans l'écriture des lignes de commande.
donc je commence du début:

j'installe le package en question et je charge son contenue: un message me semble suspect s'affiche au moment de l'installation

Code :

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package ‘latticeExtra’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Warning in install.packages :
  unable to move temporary installation ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.2\file13e82ae32d77\latticeExtra’ to ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.2\latticeExtra’
package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Warning in install.packages :
  unable to move temporary installation ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.2\file13e838ba5872\Rcpp’ to ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.2\Rcpp’
package ‘pedometrics’ successfully unpacked and MD5 sums checked
 
The downloaded binary packages are in
	C:\Users\ACER\AppData\Local\Temp\RtmpkF5xRU\downloaded_packages

je charge le package et là un message d'erreur comme quoi "Rcpp" n'existe pas:

Code :

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> library(pedometrics)
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  aucun package nommé ‘Rcpp’ n'est trouvé
In addition: Warning message:
le package ‘pedometrics’ a été compilé avec la version R 3.2.5 
Error: le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘pedometrics’

alors j'installe le package "Rcpp" et je le charge le même message s'affiche.
je fait comme si de rient n'était et je lance pedometerics.

avant de lancer la fonction "statMS" qui calcule les formules souhaitées, il faut commencer par construire l'objet qui contient les modèles à évaluer avec la fonction buildMS, et déjà ça bloc à ce stade comme vous pouvez le voir:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> buildMS(-230.38x+19023, data, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000,
Error: unexpected symbol in "buildMS(-230.38x"
> buildMS(-230.38x+19023.53, data=lvi_model, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
Error: unexpected symbol in "buildMS(-230.38x"
> buildMS("-230.38x+19023", data=lvi_model, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
Error: could not find function "buildMS"

je vous saurais gré de bien m'aider en espérant que mon message n'est pas très long.

si besoin le lien pour "pedometrics" en pdf: https://cran.r-project.org/web/packa...edometrics.pdf

merci bien.

[mgdondon]

Bonjour,

Voici les paramètres de la fonction builtMS() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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buildMS(formula, data, vif = FALSE, vif.threshold = 10,
  vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both",
  aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000, ...)

avec

formula : A list containing one or several model formulas (a symbolic description of the model to be fitted).
data : Data frame containing the variables in the model formulas.

- Votre première commande suppose que vous avez un dataframe nommé "data".
- Votre deuxième commande suppose que vous avez un dataframe nommé "lvi_model".
- Si votre dataframe contient une variable x alors la formule doit être -230.38*x+19023.

Si vous n'obtenez toujours pas le résultat escompté, il serait bien de fournir un extrait de votre dataframe.

Cordialement,

[Lou.lou]

Bonjour mgdondon, très contant de te lire,

- Votre première commande suppose que vous avez un dataframe nommé "data".

non je n'ai pas de dataframe nommé data, d'après ce que j'ai compris avec data je dis à r ou se trouve mon modèle d'où "data=lvi_model".

- Votre deuxième commande suppose que vous avez un dataframe nommé "lvi_model".

"lvi_model" est le nom de ma régression réalisée avec la commande (lm), ce pourquoi dans mon code j'écris "data=lvi_model":

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lvi_model=lm(phymass~LVI, data=foris_t)

Si votre dataframe contient une variable x alors la formule doit être -230.38*x+19023.

la formule je l'obtiens avec la commande summary(lvi_model), mais je n'ai aucun dataframe contenant la variable x. mes variables sont phymass(variable expliquée) et lvi (variable explicative) ainsi ma formule s'écrirait phymass=-230.38*lvi+19023 j'ai réécris la commande, ça ne donne rien.

Code :

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> buildMS(phymass=-230.38*LVI+19023, data=foris_t, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
Error: could not find function "buildMS"
> buildMS(phymass=-230.38*LVI+19023, data=lvi_model, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
Error: could not find function "buildMS"

sachant que foris_t c'est l'objet qui contient mon tableau des variable:

Code :

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> foris_t<-read.table("foris_lvi.csv", header=TRUE, sep=";", dec=".")
> foris_t 
         LVI   phymass
1  85.93963 4865.46
2  84.64138 4856.86
3  81.06468 5960.92
4  85.55865 4737.14
5  85.29202 3596.17

cordialement.

[faubry]

Quelques suggestions qui pourraient résoudre tes problèmes.

1)

Code :

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 Warning in install.packages :unable to move temporary installation

Quand tu as ce message, on a généralement le message

Code :

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Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  aucun package nommé ‘XXX’ n'est trouvé

quand on essaie de charger ce package directement (par library ou require) ou indirectement parce qu'il est chargé par le package qu'on désire utiliser.

J'ai déjà eu ce genre d'erreur qui semble provenir d'un problème de droit d'accès au répertoire. Je n'ai jamais compris lequel mais la gestion des droits d'accès sous Windows est totalement opaque et incompréhensible. Ma solution, qui fonctionne chez moi, est de sortir de R, d'aller supprimer à la main les répertoires des packages incriminés (pour toi, latticeExtra et Rcpp) dans le répertoire library de ton installation. Si tu ne le connais pas, tu l'obtiens par la fonction .libPaths(). Ensuite tu réinstalles les packages.

2)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

le package ‘pedometrics’ a été compilé avec la version R 3.2.5 

semble indiquer que ta version de R est une version antérieure à R 3.2.5 et qu'éventuellement en utilisant le package pedometrices tu pourrais avoir des problèmes de compatibilité ascendante.
Note que la version actuelle de R est 3.3.1

3) Ayant eu des problèmes au chargement de pedometrics, celui-ci n'est pas chargé donc R ne peut pas trouver la fonction buildMS qui est une fonction de ce package.

[Lou.lou]

Bonjour, merci faubry pour ta réponse

j'ai essayé ton idée malheureusement ça ne marche pas:

j'ai désinstallé toutes les versions de R que j'avais et installé R3.3.1, les mêmes messages d'erreur apparaissent.

Code :

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> install.packages("pedometrics")
Warning in install.packages("pedometrics") :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-3.3.1/library"' ne peut être ouvert en écriture
installation des dépendances ‘RColorBrewer’, ‘latticeExtra’, ‘Rcpp’

Code :

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le package ‘RColorBrewer’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package ‘latticeExtra’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
le package ‘Rcpp’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
Warning: impossible de déplacer l'installation temporaire ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.3\file15b820da5d85\Rcpp’ vers ‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.3\Rcpp’
le package ‘pedometrics’ a été décompressé et les sommes MD5 ont été vérifiées avec succés
 
Les packages binaires téléchargés sont dans
        C:\Users\ACER\AppData\Local\Temp\RtmpkhbVRS\downloaded_packages

de plus lorsque je vais à "c:programme Files/R/R-3.3.1/library" je ne trouve pas le fichier R. par contre je le trouve dans c:\users\ACER\documents\R\win-library.... est-ce de là que provient le problème?

bon j'ai quand même supprimé les fichiers "Rcpp" et "latticeExtra" et chargé pedometrics, idem le même message d'erreur.

Code :

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> library(pedometrics)
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  aucun package nommé ‘Rcpp’ n'est trouvé
Erreur : le chargement du package ou de l'espace de noms a échoué pour ‘pedometrics’

j'essaye quand même la fonction "buildMS" ça ne fonctionne pas.

pour résumer je pense que le problème provient de l'installation de R. au lieu de l'installer dans c:\ProgrammeFiles, il l'installe dans c:/users/ACER/documents..

quand pense_tu?

[faubry]

"‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.3" signifie que tu as créé un répertoire local (éventuellement seulement pour toi) alternatif au répertoire par défaut library. Tu devrais le voir par .libPaths(). Si c'est volontaire, ma solution devrait fonctionner avec les packages dans ce répertoire. Une autre solution, brutale, est de donner tous les droits d'accès à win-library à tous les utilisateurs. D'après ton message, il semble que R l'est fait parce qu'il lui est impossible d'écrire dans le répertoire library par défaut. Regarde aussi les droits d'accès à ce répertoire. Bien entendu, une solution brutale est aussi d'en modifier les droits d'accès.

Puisque tes packages sont dans win-library, tu peux aussi ensuite essayer la solution qui consiste à l'indiquer à R par les commandes suivantes :

Code :

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.libPaths( "‘C:\Users\ACER\Documents\R\win-library\3.3")# si les packages sont dans ce répertoire
.libPaths() # 2 eme appel sans argument

Ressort de R et relance-le. Normalement si tu appelles de nouveau .libPaths() tu devrais avoir tes deux répertoires et pouvoir charger ton package par library.

Autres informations sur lesquelles baser le diagnostic si cela ne marche pas :
Quel version de Windows (7, 8, 10) ?

L'as-tu installé à la main à partir de l'installeur ou par la procédure installr du package de même nom ? Si oui, qu'as-tu répondu aux questions ?

Que te donnes .libPaths() ? Quel est aussi le contenu du fichier Rprofile.site du répertoire etc ? As-tu aussi un fichier de nom .Rprofile dans ton répertoire de base, si oui quel est son contenu ?

[Lou.lou]

avec .libPaths() je vois que j'ai 2 répertoires et non 1.

Code :

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> .libPaths()
[1] "C:/Users/ACER/Documents/R/win-library/3.3"
[2] "C:/Program Files/R/R-3.3.1/library"

ceci dit je pense avoir réglé le problème, j'ai tout simplement téléchargé le fichier "Rcpp.zip" dézipé le fichier et placé directement dans le win-library/3.3, j'ai chargé le package pedometrics et là pas de message d'erreur. je pense que c'est bon. mais c'est pas finis:

j'ai un souci avec les scripts comme expliqué plus haut je souhaite évaluer l'efficacité de mes modèles avec la fonction "statsMS" pour cela il faut construire le jeu de modèles à évaluer avec la fonction buildMS avant d'utiliser statsMS. j'ai réussi à construire mon jeu de modèle (1 seul dans cette exemple) par contre je n'arrive pas à écrire le script de statsMS correctement

Code :

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buildMS(lm(phymass~LVI, data=foris_t), data=foris_t, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
[1] "fitting linear model using ols"
   |++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++| 100% elapsed = 00s
[[1]]
 
Call:
stats::lm(formula = X, data = data)
 
Coefficients:
(Intercept)          LVI  
    19023.5       -230.4

voici les quelques ligne que j'ai écris qui ne fonctionnent pas:

Code :

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> statsMS(formula=x, design.info, arrange.by, digits)
Error in statsMS(formula = x, design.info, arrange.by, digits) : 
  unused argument (formula = x)
> statsMS(lm(formula = X, data = data), design.info, arrange.by, digits)
Error: Package(s) needed for this function to work but notinstalled: plyr
> install.packages("plyr")
Installing package into ‘C:/Users/ACER/Documents/R/win-library/3.3’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/plyr_1.8.4.zip'
Content type 'application/zip' length 1181748 bytes (1.1 MB)
downloaded 1.1 MB
 
package ‘plyr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
 
The downloaded binary packages are in
	C:\Users\ACER\AppData\Local\Temp\RtmpWybwqT\downloaded_packages
> statsMS(lm(formula = X, data = data), design.info, arrange.by, digits)
Error in stats::model.frame(formula = X, data = data, drop.unused.levels = TRUE) : 
  object 'X' not found
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t,), design.info, arrange.by, digits)
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t, ), design.info,  : 
  object 'design.info' not found
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t), design.info, arrange.by, digits)
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t), design.info,  : 
  object 'design.info' not found
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t), arrange.by, digits)
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t), arrange.by,  : 
  object 'arrange.by' not found
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t),)
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t), ) : 
  (list) object cannot be coerced to type 'double'
In addition: Warning message:
In statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t), ) :
  NAs introduced by coercion
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t))
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t)) : 
  (list) object cannot be coerced to type 'double'
In addition: Warning message:
In statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t)) :
  NAs introduced by coercion

pour de la doc j'ai mis dans mon premier message le lien tutoriel du package pedometrics.

[mgdondon]

Un indice : dans votre premier message vous dites

avant de lancer la fonction "statMS" qui calcule les formules souhaitées, il faut commencer par construire l'objet qui contient les modèles à évaluer avec la fonction buildMS

Je vous conseille aussi de regarder l'exemple disponible dans l'aide.

Code :

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help(statsMS)

Cordialement,

[Lou.lou]

voila j'ai encor fais des essais, ça ne donne rien:

Code :

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> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t,), arrange.by="candidates", digits=c(aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error: unexpected string constant in "statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t,), arrange.by="candidates", digits=c(aic", ""
> statsMS(model, arrange.by="candidates", digits=c(aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error: unexpected string constant in "statsMS(model, arrange.by="candidates", digits=c(aic", ""
> statsMS(model, arrange.by="candidates", digits=c("aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2","ADJ_r2"))
Error in round(aic, digits[1]) : 
  non-numeric argument to mathematical function
> statsMS(lm(formula = phymass~LVI, data=foris_t,), arrange.by="candidates", digits=c("aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error in statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t, ), arrange.by = "candidates",  : 
  (list) object cannot be coerced to type 'double'
In addition: Warning message:
In statsMS(lm(formula = phymass ~ LVI, data = foris_t, ), arrange.by = "candidates",  :
  NAs introduced by coercion
> statsMS([[1]], arrange.by="candidates", digits=c("aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error: unexpected '[[' in "statsMS([["
> statsMS([1], arrange.by="candidates", digits=c("aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error: unexpected '[' in "statsMS(["
> statsMS(([1]), arrange.by="candidates", digits=c("aic", "rmse", "nrmse", "r2", "adj_r2", "ADJ_r2"))
Error: unexpected '[' in "statsMS((["

[mgdondon]

Bonsoir,

Vous dites qu'avant de lancer la fonction statsMS(), il faut commencer par construire l'objet qui contient les modèles à évaluer avec la fonction buildMS() mais vous ne vous servez pas du résultat de celle-ci pour exécuter la fonction statsMS().

Regardez l'exemple de l'aide :

Code :

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# construction d'un objet cpus.ms contenant les modèles à l'aide de la fonction buildMS()
cpus.ms <- buildMS(cpus.form, data, vif = TRUE, aic = TRUE)
 
# utilisation de l'objet cpus.ms dans la fonction statsMS()
stats <- statsMS(cpus.ms, design.info = cpus.des, arrange.by = "aic")
 
# dans un premier temps vous pouvez exécuter la fonction statsMS() sans les options
stats <- statsMS(cpus.ms)

Cordialement,

[Lou.lou]

merci mg dondon, je doit dire que ta contribution m'a été d'une grand utilité, mais le problème n'est qu'a moitié résolut.

voila, la fonction statsMS a bien calculé les paramètres souhaités (aic, rmse...) on utilisant les valeurs des variable qui ont servies à créer le modèle, mon souci est que je n'arrive pas à intégrer dans le script un dataframe contenant de nouvelles valeurs pour évaluer mon modèle, c'est généralement la démarche suivie en stat.

y a aussi l'objet "info" (voir code), je n'est pas très bien compris que signifie la suite de chiffre 1,0,0

Code :

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> model=buildMS(lm(phymass~LVI, data=foris_t), data=foris_t, vif = FALSE, vif.threshold = 10, vif.verbose = FALSE, aic = FALSE, aic.direction = "both", aic.trace = FALSE, aic.steps = 5000)
> info<-data.frame(c(1,0,0))
> evalu<-statsMS(model, design.info = info, arrange.by = "nrmse")
> evalu
  id c.1..0..0. candidates df      aic     rmse     nrmse        r2    adj_r2
1  1          1          2  2 648.6013 842.0812 0.5053599 0.7500451 0.7446113

donc peut-on utiliser un nouveau jeu de données avec statsMS ou pas?