Discussion :

[Zeddr]

Bonjour, je suis débutant en programmation et en traitement du signal et j'ai un petit soucis.
J'acquiers des données EEG en continue en temps réel, que je met dans un graphe et en fait je dois les filtrer (filtre passe bande 8-13Hz). Pour le moment j'arrive pas à réaliser le filtrage.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from pylsl import StreamInlet, resolve_stream
from matplotlib import pyplot as plt
 
 
 
 
print("attente d'un stream EEG")
streams = resolve_stream('type', 'EEG')
inlet = StreamInlet(streams[0])
 
 
amp = []
temps_init = []
while True:
    sample, timestamp = inlet.pull_sample()
    print(timestamp, sample)
    C1 = sample[0:1]  # Affichage du canal 1 (1:2, 2:3, 3:4, 4:5, 5:6, 6:7, 7:8)
    temps = timestamp
    temps_init.append(temps)
    amp.append(C1)
    plt.plot(temps_init, amp)
    plt.draw()
    plt.pause(0.05)  # figure updated and displayed, and the GUI event loop will run during the pause
    plt.clf()  # clear the current figure

J'ai essayé en me servant de scipy, mais j'ai pas tout bien saisi, apparemment j'ai un problème avec la taille de mes axes...
(je pense que pour quelqu'un qui sait programmer ça doit être simple à résoudre).

Merci

[bobnolit]

Pourrais tu mettre le message d'erreur exacte?

Ne connaissant pas du tout le module pylsl, je vais juste te poser une petite question : quand tu demande l'affichage de ta variable timestaps, Quel est le résultat?

[Zeddr]

la variable timestamp me renvoie un nombre à virgule
19344.402136901
19344.404136901
19344.406136901
19344.408136901
19344.410136901
....

quand je teste le filtrage dans ma boucle while:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 while True:
    sample, timestamp= inlet.pull_sample()
    #print(sample)
    C1 = sample[0:1]  # Affichage du canal 1 (1:2, 2:3, 3:4, 4:5, 5:6, 6:7, 7:8)
    #print(C1)
    temps = timestamp
    temps_init.append(temps)
    xar.append(C1)
    # plt.plot(temps_init,xar)
    # plt.draw()
    # plt.pause(0.05)  # figure updated and displayed, and the GUI event loop will run during the pause
    # plt.clf()  # clear the current figure
    #bandpass
    Fs = 500
    wp = [0.2,0.5]
    ws = [0.1,0.6]
    Rp = 1  # passband maximum loss (gpass)
    As = 100  # stoppand min attenuation (gstop)
 
    b, a = fd.iirdesign(wp, ws, Rp, As, ftype='butter')
    w, H = signal.freqz(b, a)  # filter response
    #plt.plot(w, H)
    t = temps_init
    y = signal.filtfilt(b, a, xar)
    plt.plot(t, y)
    plt.draw()
    plt.pause(0.05)  # figure updated and displayed, and the GUI event loop will run during the pause
    plt.clf()  # clear the current figurel

j'obtiens le message d'erreur suivant:
Traceback (most recent call last):
File "C:/Users/Vivien/PycharmProjects/untitled/acqui_data_lsl.py", line 43, in <module>
y = signal.filtfilt(b, a, xar)
File "C:\Users\Vivien\Desktop\WinPython-64bit-3.4.4.2\python-3.4.4.amd64\lib\site-packages\scipy\signal\signaltools.py", line 2482, in filtfilt
"padlen, which is %d." % edge)
ValueError: The length of the input vector x must be at least padlen, which is 147.

[bobnolit]

Le problème est donc à la ligne y= signal.filtfilt(b,a,xar) selon le message d'erreur.

Ton problème a l'air de venir du fait que la taille par défault de la variable padlen, qui est calculée par défault à

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

3*(max(len(a),len(b)))

Essaie de remplacer la ligne en question par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

y= signal.filtfilt(b,a,xar,padlen=0)

[Zeddr]

merci, en effet en remplaçant la ligne j'ai plus cette erreur.
Par contre je pense que j'ai du me planter sur mon filtrage, en haut j'ai ma courbe initiale, j'obtiens exactement la même courbe mais pour des ordonnées différents.

[bobnolit]

Je ne suis pas sûr d'avoir compris le type de filtre que tu cherche à utiliser, mais j'ai l'impression qu'il s'agit d'un filtre visant à "lisser" la courbe. Or, ton signal semble avoir être quasi sinusoïdale, ce qui explique le résultat avec ce type de filtre, qui donne de très faible variation, au vue de l'ordonnée en 10⁻²⁷.

Edit : Après vérification, j'ai vu le filtre fréquentiel que tu as calculé. Tu cherche à réaliser un filtre de Butterworth si je ne me trompe pas? L'utilisation de la fonction scipy.signal.butter serait sûrement plus simple pour effectuer ton passe bande