Discussion :

[Obofix le gaulois]

Bonjour à tous.

J'ai un petit soucis de bibliographe. Sharelatex ne retrouve pas une référence qui est pourtant dans mon fichier biblio.blb .

Correctement, dans mon fichier .tex j'ai mis:

Code Latex :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
	\citep{mcclintock1950or2}
Et j'ai finit par:
	\bibliographystyle{natbib}
	\bibliography{biblio}
	\end{document} 
 
Dans mon fichier biblio.blb j'ai mis:
@article{mcclintock1950or2,
  title={The origin and behavior of mutable loci in maize},
  author={McClintock, Barbara},
  journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
  volume={36},
  number={6},
  pages={344--355},
  year={1950},
  publisher={National Acad Sciences}
}

Et pourtant dans mon fichier d'erreur j'ai:

Package natbib Warning: Citation `mcclintock1950or2' on page 1 undefined on input line 39.

Et dans mon pdf j'ai un point d’interrogation au lieu de la référence.

Quelqu'un a-t-il déjà été confronté à ce problème? Je précise que la référence en question est la dernière que j'ai ajoutée (les autres fonctionnent). Comme ci mon fichier biblio ignorait les dernières modifications.
Merci beaucoup.

[Benoists]

Bonjour,

Je ne sais pas si c'est une faute de frappe lors de la rédaction de ton message sur le forum mais le format des fichiers de bibliographie n'est pas blb mais bib. Si ce n'est pas une erreur de frappe, le problème vient sans doute de là.

Si c'est une erreur de frappe et que ton fichier porte bien l'extension .bib, il nous faudrait un ECM (voir ma signature) pour reproduire l'erreur chez nous. Il nous faudrait aussi la chaine de compilation utilisée par ShareLaTeX et éventuellement le fichier log produit par la compilation.

[Obofix le gaulois]

Eh oui, pardon, mon fichier s'appelle bien biblio.bib sur sharelatex. C'est une faute de frappe dans ma question.

Je peux poster un EMC:

Code Latex :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
\documentclass{bioinfo}
\copyrightyear{2015} \pubyear{2015}
 
\access{Advance Access Publication Date: Day Month Year}
\appnotes{Manuscript Category}
 
\begin{document}
\firstpage{1}
 
\subtitle{Genome analysis}
 
\title{}
 
\author{}
 
\address{}
 
\corresp{}
 
\history{Received on XXXXX; revised on XXXXX; accepted on XXXXX}
 
\editor{Associate Editor: XXXXXXX}
 
\abstract{}
 
\maketitle
 
\section{Introduction}
\label{sec:Introduction}
A transposable element (TE) is a DNA sequence able to move from one location to another inside a genome. These sequences, discovered during the 50's by Barbara McClintock \citep{mcclintock1950or2} 
 
\bibliographystyle{natbib}
 
\bibliography{biblio}
%\input{output.bbl}
%\InputIfFileExists{output.bbl}
 
\end{document}

Voila, avec le code si dessus le bug se déclenche. Mais il faut avoir chargé les template du journal pour pouvoir exécuter le bug je pense.

La chaîne de compilation utilisée par ShareLaTeX, je ne sais pas ce que c'est ni comment ça s'obtient mais ça m’intéresse, peut être que le bug vient de la.

En tout cas, les logs sont les suivant:

Package natbib Warning: Citation `mcclintock1950or2' on page 1 undefined on input line 30.

You have cited something which is not included in your bibliography. Make sure that the citation (\cite{...}) has a corresponding key in your bibliography, and that both are spelled the same way.
En savoir plus
Ce conseil vous a-t-il été utile ?Oui / Non
ElementsTransposables/test.tex

Package natbib Warning: There were undefined citations.
ElementsTransposables/test.tex, line 26

Underfull \hbox (badness 10000) detected at line 26
ElementsTransposables/output.bbl, line 45

Underfull \hbox (badness 1406) in paragraph at lines 45--49
ElementsTransposables/test.tex

Overfull \vbox (85.47282pt too high) has occurred while \output is active []
ElementsTransposables/test.tex

Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
ElementsTransposables/test.tex

Overfull \hbox (1.12001pt too wide) has occurred while \output is active

Merci beaucoup

[Benoists]

Eh oui, pardon, mon fichier s'appelle bien biblio.bib sur sharelatex. C'est une faute de frappe dans ma question.

Autant pour moi, voilà déjà une solution écartée.

Je peux poster un EMC:
[...]
Voila, avec le code si dessus le bug se déclenche. Mais il faut avoir chargé les template du journal pour pouvoir exécuter le bug je pense.

Oui, il nous le faudrait. Est-ce que tu aurais un lien pour le télécharger ou alors, refaire un ECM avec une classe standard (article, book ou report). Ça permettrait d'isoler encore plus le problème.

La chaîne de compilation utilisée par ShareLaTeX, je ne sais pas ce que c'est ni comment ça s'obtient mais ça m’intéresse, peut être que le bug vient de la.

La chaine de compilation c'est la succession d'étape pour compiler. Dans une compilation avec une bibliographie, la chaine de compilation peut se décrire comme ça :

1. pdflatex ;
2. bibtex ;
3. pdflatex (x2).

Je parle de ça, peut être que ShareLaTeX ne refait pas tout ça en voyant que les fichiers intermédiaires existent. Si tu essayes de forcer ShareLaTeX à compiler totalement ton projet en supprimant les fichiers intermédiaires, est-ce que le problème persiste ?

En tout cas, les logs sont les suivant:

Package natbib Warning: Citation `mcclintock1950or2' on page 1 undefined on input line 30.

You have cited something which is not included in your bibliography. Make sure that the citation (\cite{...}) has a corresponding key in your bibliography, and that both are spelled the same way.
En savoir plus
[...]

Clairement, il indique qu'il ne trouve pas la référence. Il demande si la référence existe ou si elle porte le même nom. D'après ton ECM oui, ce qui semble confirmer un éventuel problème dans les fichiers intermédiaires

[Obofix le gaulois]

Je viens de voir cette réponse. Merci.
Pour ce qui est de mon problème je l'ai résolu en créant un nouveau projet sharelatex finalement. Je n'ai pas trouvé les fichiers intermédiaires.

Merci pour vos réponses.