Discussion :

[jeuneprincesse]

Bonjour,
je suis en train d'appliquer la matrice de cooccurence sur une image en effet l'image contient des cellules seines et autres malades ainsi que du vide (blanc et noir) en effet j'aimerai éviter l'application du programme sur du vide je veux appliquer l'algo uniquement sur les cellules
donc j'ai pensé à extraire les cellules uniquement de mon image pour ensuite appliquer l'algo
l'image normale est la suivante

après extraction je pense qu'elle sera comme suit

Merci infiniment d'avance pour tous ceux qui puissent m'aider

[jeuneprincesse]

Bonjour,
j'ai essayé ce code mais en vain

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

index=find(image>1) % 1 correspond au noir et 0 au blanc

puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(image(index))

et j'ai eu :

merci infiniment d'avance pour toute aide

[gpcbitnik38]

si tu passe par un seullage d'intensité tu risque de supprimer en plus du noir des noyaux de cellule (leur couleur peut être proche du noir).
si tu souhaite uniquement éliminer le bord noir je te conseil le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
imgGray=rgb2gray(image);
masque=imgGray<10; % ce seuil est indivcatif, a toi de le faire evolué en fonction de tes images et de leur type
borderless=imclearborder(masque);
border=masque-borderless;
masque_cellule=1-border;

[jeuneprincesse]

si tu passe par un seullage d'intensité tu risque de supprimer en plus du noir des noyaux de cellule (leur couleur peut être proche du noir).
si tu souhaite uniquement éliminer le bord noir je te conseil le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
imgGray=rgb2gray(image);
masque=imgGray<10; % ce seuil est indivcatif, a toi de le faire evolué en fonction de tes images et de leur type
borderless=imclearborder(masque);
border=masque-borderless;
masque_cellule=1-border;

salut quand j'ai appliqué votre code puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(masque_cellule)

j'ai eu le contraire

merci d'avance pour tout aide

[Jerome Briot]

Essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(image.*masque_cellule)

Au passage change le nom de la variable image car c'est déjà le nom d'une fonction MATLAB

[jeuneprincesse]

Essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(image.*masque_cellule)

Au passage change le nom de la variable image car c'est déjà le nom d'une fonction MATLAB

Bonjour j'ai fait ce que vous avez demandé et j'ai eu ce message d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
 
Error using  .* 
Integers can only be combined with integers of the same class, or scalar doubles.

Merci infiniment d'avance pour toute réponse

[Jerome Briot]

Voir la FAQ : Integers can only be combined with integers of the same class, or scalar doubles.

[jeuneprincesse]

Voir la FAQ : Integers can only be combined with integers of the same class, or scalar doubles.

Bonjour,
j'ai changé la classe de masque_cellule à uint8 puis j'ai réexécuter la commande imagesc et j'ai eu le message d'erreur suivant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Error using  .* 
Matrix dimensions must agree.

quand j'ai cherché la résolution de cette erreur sur internet j'ai trouvé que le produit matriciel ne doit pas être précédé par"." càd il faut mettre img*masque_cellule
donc quand j'ai exécuté la commande

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(img*masque_cellule)

j'ai eu le message d'erreur suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
Error using  * 
MTIMES is not fully supported for integer classes. At least one input must be scalar.
To compute elementwise TIMES, use TIMES (.*) instead.

que dois je faire s'il vous plait ?
merci infiniment d'avance pour toute réponse

[gpcbitnik38]

salut quand j'ai appliqué votre code puis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

imagesc(masque_cellule)

j'ai eu le contraire

merci d'avance pour tout aide

le masque que tu montre est bien le masque de la zone d'interet.
si tu cherche a modifier le noir en blanc j'ai fait 2 modification dans le code si dessous.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
 
imgGray=rgb2gray(image);
masque=imgGray<10; % ce seuil est indicatif, a toi de le faire evoluer en fonction de tes images et de leur type
borderless=imclearborder(masque);
border=masque-borderless;
ind=border==1;
image(ind)=1;% ou 255 enfin le code de ton blanc

[jeuneprincesse]

le masque que tu montre est bien le masque de la zone d'interet.

moi ce que je cherche est l'affichage juste de la zone d'interet je cherche à masquer les bords

[gpcbitnik38]

avec le masque que tu as tu as bien en blanc tous les pixels intéressant.
il ne reste qu'a toi de sélectionner les pixels noir du masque (ce qui revient a inverser le masque) et a leur affecter une couleur (ici le blanc)