Discussion :

[Gile67]

Bonjour à tous!

j'ai une image avec des cellules (voir pièce jointe) certaines contiennent des noyaux d'une couleur violette intense. Le but est de détecter seulement les cellules qui ont un noyau violet! Dans un premier temps, j'ai supprimé les éléments extra-cellulaires qui étaient aussi d'une couleur violette intense et ensuite après binarization , j'ai affiché en blanc les tâches violettes présentent dans les cellules (voir pièce jointe). Maintenant, j'aimerai afficher les cellules qui contiennent ces tâches, comment puis-je faire ?

Merci d'avance

[dev_ggy]

Bonjour,

Dans un premier temps je détecterais l'ensemble des cellules avec une méthode qu'on définit dans cet Exemple. Tuto en python et non en matlab. Je suis désolé.

Ensuite je travaillerais sur les histogrammes de couleurs pour évaluer si les cellules qui sont avec un noyau.

Au plaisir de te lire.

[ToTo13]

Je te conseille de détecter les cellules en premier, en utilisant une des deux méthodes suivantes :

• Seuillage couleur de préférence dans le canal rouge
• Top-hat (ce que j'utilise le plus souvent).

Tu peux ensuite séparé les noyaux qui se touchent grâce à un érodé ultime (ou une carte de distance) couplé avec un watershed.

Une fois que tu as détecté les noyaux, tu peux alors n'afficher que ceux qui ont une tâche.

[Gile67]

Bonjour à tous,

Alors tout d'abord merci pour vos réponses.
Ma question est la suivante: comment peut on afficher les cellules qui contiennent ces tâches et pas seulement les tâches comme on peut voir dans ma 2ème pièce jointe ?

Merci d'avance

[ToTo13]

En suivant les étapes conseillées...

[Gile67]

D'accord, mais cette étape la "Une fois que tu as détecté les noyaux, tu peux alors n'afficher que ceux qui ont une tâche." qui me manque, je ne sais comment faire pour y parvenir.
Si vous avez des idées, je serai ravie de les lire
Merci d'avance

[ToTo13]

Lorsque tu as détecté les noyaux, tu fais un étiquetage des composantes connexes afin de savoir combien de noyaux tu as et où ils sont.
Pour chacun de ces noyaux, s'il touche (simple overlap) une des taches, alors tu l'affiches.