Discussion :

[Blackbelt_29]

Bonjour,

Tout d'abord merci de lire ce message je sais que c'est mal de poser des questions sans se présenter mais là j'ai vraiment besoin d'aide !

J'ai suis actuellement sur un projet où il faut que je seuil une image en format .raw et le réécrive dans ce format-là.
Le fichier Raw est une acquisition constituée de plusieurs images (dans mon cas 238) et c'est le problème.
Ma question est comment je peux faire pour dans une boucle ouvrir chaque image séparément, faire un seuillage et l'enregister dans un fichier Raw qui aura les mêmes caractéristiques que mon image initiale tout ça en C tout ça avec la fonction fopen.

Ps : Quand j'affiche l'header (fichier en .mhd) voilà ce qu'il me donne "Dim Sise 512 512 138". C'est donc un ensemble de 238 images chacun de 512 par 512 pixels que j'arrive très bien à visualiser avec imageJ.
Merci encore pour vos futures réponses ou aide

Cordialement


Voici le code que j'ai fait pour l'instant (il fonctionne avec une image raw n'ayant que 1 image)

Code pour ouvrir l'image :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void LireImageRAW(unsigned char** imageRaw, int height, int width)
{
	FILE * fic_image;
	int i, j;
	fic_image = fopen("/home/elric/Documents/Images patient/Bernicot.raw","rb");
 
	if (fic_image == NULL)
	{
		printf("Erreur a l'ouverture de l'image\n");
		exit(0);
	}
	else
		printf("Image ouverte avec succes\n");
	for(i=0;i<height;i++)
		for(j=0;j<width;j++)
			fread(&imageRaw[i][j],1,1,fic_image);
 
	fclose(fic_image);
}

Le code pour écrire le fichier raw

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void EcrireImageRAW(unsigned char** imageRaw, int height, int width)
{
 
	FILE * fic_image;
	int i, j;
 
	fic_image = fopen("/home/elric/Documents/test image-ouverture/Bernicot+seuil.raw","wb");
 
	if (fic_image == NULL)
	{
		printf("Erreur a la creation de l'image ...\n");
		exit(0);
	}
	else
		printf("Image cree avec succes ...\n");
	for(i=0;i<height;i++)
		for(j=0;j<width;j++)
			fwrite(&imageRaw[i][j],1,1,fic_image);
 
	fclose(fic_image);
}

Le code pour le seuillage

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void SeuilImageRAW(unsigned char** imageRaw, int height, int width, int seuil)
{
	int i, j;
	for(i=0;i<height;i++){
		for(j=0;j<width;j++)
		{
			if (imageRaw[i][j] < seuil)
				imageRaw[i][j] = 0;
			else
				imageRaw[i][j] = 255;
		}
	}
	printf("i vaut %d",i);
	printf("j vaut %d\n",j);
}

et enfin le main

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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     int height,width;
     height=width=512;
    unsigned char ** imageRaw;
    int seuil;
 
    imageRaw = allocation(height,width);
 
    if (imageRaw != NULL)
    {
        LireImageRAW(imageRaw,height,width);
 
        printf("Seuil a appliquer : \n");
        scanf("%d",&seuil);
 
        SeuilImageRAW(imageRaw,height,width,seuil);
        EcrireImageRAW(imageRaw,height,width);
        desallocation(imageRaw,height);
    }
    else
    {
        printf("Erreur lors de l'allocation memoire! Sortie du programme.\n");
        return 1;
    }

[Matt_Houston]

Cela fait un bout de temps que je n'ai pas fait de traitement d'image, peux-tu nous rappeler les caractéristiques de ton format d'entrée (en-tête, structure...). Les 238 images sont dans le même fichier, j'ai bien compris ?

À ta place je commencerais par définir une structure représentant une image pour faciliter les manipulations. Quelque chose comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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struct image {
    unsigned char* data;
    int w, h;
};

[Blackbelt_29]

Les 238 images sont dans le même fichier, j'ai bien compris ?

oui ils sont tous dans le même fichier .raw.

À ta place je commencerais par définir une structure représentant une image pour faciliter les manipulations. Quelque chose comme

En fait les informations du fichier sont dans un fichier en .mhd que je peux ouvrir dans l'éditeur de texte :
si je l'ouvre voici ce qu'il me donne :

ObjectType = Image
NDims = 3
BinaryData = True
BinaryDataByteOrderMSB = False
CompressedData = False
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1
Offset = -193.607422 -378.607422 29.500000
CenterOfRotation = 0 0 0
ElementSpacing = 0.785156 0.785156 1.500000
DimSize = 512 512 238
AnatomicalOrientation = ???
ElementType = MET_FLOAT
ElementDataFile = ThoraxPhantom.raw

Du coup j'ai créer un fonction permettant de lire les informations présentes dans DimSize que je mets dans les variable (height,width et nbImage) . Mais je n'arrive pas à voir comment faire la boucle for qui va parcourir image par image et faire le seuillage sur chacune des images séparément puis les enregistres.

Après quelques recherches pensez vous qu'il serait possible d'utiliser la fonction fread pour lire dimension par dimension de cette façon la :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

size_t fread(void *ptr, size_t size, size_t nmemb, FILE *stream)

ptr − tabelau de 512*512
size − 32 bits reel=
nmemb − nombre qui variera de 1 au nombre maximum d'image (238)
stream − dans mon cas le fic_image

[Matt_Houston]

Ok, ce que je ferais perso :

• création d'une structure telle que je l'ai décrite ci-avant, ajout d'un champ pour stocker la taille d'une image (au choix soit le nombre d'images dans le buffer, soit la taille d'une seule matrice, soit le format de pixel qui définit également sa taille) ;
• lecture des informations d'en-tête depuis ton fichier texte ;
• lecture du fichier RAW (d'une seule traite, dans un seul buffer) ;
• calcul de la taille d'une image et vérification que la quantité de données lues correspond à l'en-tête ;
• création d'une autre instance de notre structure pour stocker l'image de sortie ;
• traitement d'image ;
• enregistrement de l'image finale sur disque.

Avec une struct comme celle de mon précédent message et en connaissant imageSize la taille en octets d'une seule image, tu accèdes à la matrice de l'image i via &data[i * imageSize]. Il ne te reste qu'à y ajouter l'offset du pixel désiré.