Bonjour,
Alors voilà, je dois concevoir un petit outil qui nettoie des données en fastq dans le but de faire des contigs et de chercher des SNPs, je fais un pipeline de logiciels, et là je suis à Cutadapt qui vire les adaptateurs, la ligne de commande est:
cutadapt -f fastq -a "AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATG" -o infile.fastq outfile.fastq
ma question est d'ou ramène-t-on les séquences d'adaptateurs? sur la ligne de commande précédente c'était juste un exemple!!
Merci
Amel
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