Discussion :

[bichique974]

Bonjour à tous,

je souhaite supprimer les lignes d'un data frame pour lesquelles le code_taxon ne contient pas le pattern "_sp" en fin de chaîne de caractères

j'ai, par exemple, réussi à coder dans le sens inverse (c'est à dire garder les lignes qui contiennent un code_taxon avec le pattern "_sp")

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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taxon_sp <- grep(pattern = "_sp" , bdd$taxon, value = TRUE, fixed = TRUE)
bdd1 <- subset(bdd, bdd$taxon %in% taxon_sp)

je souhaiterai arriver à :

- signaler que le pattern "_sp" se trouve en fin de chaîne de caractères car si je code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

taxon_sp <- grep(pattern = "_sp$" , bdd$taxon, value = TRUE, fixed = TRUE)

cela renvoi vecteur vide ...

- sélectionner l'inverse (non "_sp") ou en supprimant les lignes qui ne sont pas dans ce vecteur taxon_sp

Je pense qu'il doit exister d'autres fonctions car grep ou subset et %in% ne marche que dans le sens = et pas !=

J'espère avoir été assez claire ..
Merci pour votre aide !

[A. D.]

Bonjour,

Pour sélectionner l'inverse, ie. les éléments qui ne contiennent pas "_sp", est-ce que quelque chose comme ce qui suit ne fonctionnerait pas ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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taxon_sp <- grep(pattern = "_sp" , bdd$taxon, value = TRUE, fixed = TRUE)
bdd1 <- subset(bdd, !(bdd$taxon %in% taxon_sp) )  # utilisation de la négation logique !

Pour le reste, voir peut-être du côté des autres paramètres de la fonction "grep"...

HTH


Cordialement,


A.D.

[bichique974]

ça marche ! Merci beaucoup !
C'est vrai que je ne sais jamais trop où placer cette négation logique ...

[faubry]

Deux petites améliorations par rapport à la solution de Moderatrice :
1) grep a un argument invert qui permet d'éviter la négation dans la sélection
2) grep renvoie les indices des éléments qui correspondant au critère quand value vaut FALSE. Il suffit alors d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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idx <- grep( "_sp", bdd$taxon, fixed=TRUE, invert=TRUE)
bdd1 <- bdd[idx,]