Discussion :

[TrafalgarD]

Bonsoir,

j'ai un problème (certainement extrêmement simple...) dont je n'arrive pas à trouver la solution...
voila mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $elm (sort keys %h_dico_copie){
	my $ref1 = $h_dico_copie{$elm}{gene_id_1};
	my $ref2 = $h_dico_copie{$elm}{gene_id_2};
	print($ref1."print\n");  ## ce print me renvoie bien la valeur que je veux...
 
	foreach my $k (sort keys %h_data_struct){
		print $ref1; ## ici je n'ai plus ma variable....
		if ($k eq $ref1){
			$h_dico_copie{$elm}{gene_FPKM_1}=$h_data_struct{$k}{FPKM};
			}elsif($k eq $ref1){
				$h_dico_copie{$elm}{gene_FPKM_2}=$h_data_struct{$k}{FPKM};
				}
		if ($h_dico_copie{$elm}{gene_id_1} =~ /$k/){
		}
	}
}

dans ma 2ème boucle for je perds la variable $ref1...
J'ai essayé de résoudre le problème avec des chomp et des chop mais rien à faire et je n'arrive pas à définir le problème pour trouver la solution sur internet...

Merci à vous !

(désolé si la question a déjà été posé...)

[Lolo78]

Bonjour,

vu la façon dont tu déclares $ref1 (sans my), il semblerait que tu n'utilises pas les pragmas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;

Si tu ne les utilises pas, alors c'est une erreur, corrige. Il y a de fortes chances que le compilateur t'indique le problème.

Si tu ne trouves toujours pas, reviens avec les avertissements et messages d'erreur.

Par ailleurs, ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $k (sort keys %h_data_struct){

est sans doute une erreur de logique, car tu retries le hash pour chaque itération de la boucle extérieure. Il vaut mieux trouver une solution pour avoir les valeurs dans le bon ordre (trier vers un tableau et utiliser le tableau comme point d'entrée.

[TrafalgarD]

j'utilise bien le use strict et use warnings,

et je déclare bien ma valeur avec my (je ne sais pas pourquoi cette erreur s'est glissée ici lorsque j'ai recopié mon code...)
je n'ai pas le code chez moi, mais le problème reste le même à savoir que la console me renvoie comme erreur "Use of uninitialized value $ref1".

La valeur $ref1 prends bien la valeur que je veux dans la 1ère boucle for, mais ensuite dans la 2ème boucle ma variable $ref1 n'est plus définie...

[Lolo78]

Si tu ne montres pas exactement le code que tu utilises (ou du moins un code éventuellement abrégé qui reproduise l'erreur), alors on risque de ne pas pouvoir t'aider efficacement.

J'ai essayé ton code en créant deux hachages de données bidon, je n'ai pas l'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
my %h_dico_copie = ( elem1 => { gene_id_1 => 11, , gene_id_2 => 12,}, 
                     elem2 => { gene_id_1 => 21, , gene_id_2 => 22,},
                   );
 
my %h_data_struct = ( jan => 1, fev => 2 , mar => 3);
 
foreach my $elm (sort keys %h_dico_copie){
	my $ref1 = $h_dico_copie{$elm}{gene_id_1};
	my $ref2 = $h_dico_copie{$elm}{gene_id_2};
	print($ref1."print\n");  ## ce print me renvoie bien la valeur que je veux...
 
	foreach my $k (sort keys %h_data_struct){
		print "Dans boucle interne: $ref1 - $k\n"; ## ici je n'ai plus ma variable. -- Moi, je l'ai ;-)
	}
}

Voici ce que ça m'affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ perl test_ref.pl
11print
Dans boucle interne: 11 - fev
Dans boucle interne: 11 - jan
Dans boucle interne: 11 - mar
21print
Dans boucle interne: 21 - fev
Dans boucle interne: 21 - jan
Dans boucle interne: 21 - mar

Donc $ref1 n'est pas perdue dans ma boucle foreach imbriquée (à vrai dire je m'en doutais, il n'y avait aucune raison de la perdre).

Par conséquent, si tu as toujours l'erreur, montre ton vrai code, celui que tu as montré n'a pas cette erreur.

[TrafalgarD]

Pour commencer merci d'avoir passer du temps à essayer de m'aider !

Je viens de résoudre le problème qui venait de la 1ère ligne de mon fichier d'input...
J'ai supprimé la ligne...
Les boucles for fonctionnent bien, la console me renvoyant à la ligne correspondant au 2nd for je pensais que le problème venait de là.

Désolé de vous avoir fait perdre du temps pour rien et merci encore !

Bonne journée