Discussion :

[InVivo]

Bonjour à tous,

j'ai un soucis pour mettre une boucle for sur une procédure GLS.

Je vous explique mon problème. J'étudie plusieurs performances sur plusieurs individus au cours du temps.
Ma gls simple s'écrit de la façon suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

A<-gls(PERF~LOT*SA, data = DV1, corr=corAR1(form = ~ 1|REP), na.action = na.exclude, method="REML")

PERF représente la performance
LOT * SA : les 2 facteurs d'étude (LOT et Semaine d'Age)
DV1 est le nom de ma base de données
REP représente la REPétition (ie l'individu dans ce cas).

Cette procédure tourne très bien et me permet par la suite de sortir une ANOVA de façon simple.

Petit soucis, j'ai un nombre très important de performances. J'aimerais donc faire une boucle for sur mon code afin d'automatiser tout ça. Mon but étant d'avoir en sortie les anova des différentes performances.

J'utilise communément la structuration en boucle for avec des lm() par le code qui suit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i in c(5:10))
{ 
  ano<-lm(DV1[,i]~LOT*SA, data=DV1)
  print(Anova(ano))  
  print(summary(ano))
}

Je me suis donc d'abord inspiré de cela en écrivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for(i in c(5:10))
{ 
  ano<-gls(DV1[,i]~LOT*SA, data = DV1, corr=corAR1(form = ~ 1|REP), na.action = na.exclude, method="REML")
  print(Anova(ano)) 
}

Et j'obtiens le message d'erreur suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error in model.frame.default(formula = ~REP + DV1 + i + LOT + SA, data = list( : 
  type (list) incorrect pour la variable 'DV1'

J'ai le sentiment qu'il ne comprend pas l'écriture DV1[,i].

Auriez vous déjà rencontrer ce type de problème et si oui, comment le résoudre ?


D'avance merci,


Cléo

[VonVelten]

Bonjour,

j'ai eu le même soucis avec glmer, je pense que la solution doit être la même.

le problème vient que tu donnes un environnement à tes variables, via le "data=DV1". Du coup, il cherche dans DV1, une matrice qui s'appelle aussi DV1, pour en extraire la colonne i. Du coup il ne trouve rien.

Une petite astuce (qui n'est surement pas la plus efficace mais qui marche), c'est de passer pars des vecteurs intermédiaires, et quitter le data frame, pour ne plus avoir d'environnement dans la fonction :

Code R :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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LOT<-DV1$LOT
SA<-DV1$SA
REP<-DV1$REP
for(i in c(5:10))
{ 
  vect<- DV1[,i]
  ano<-gls(vect~LOT*SA,  corr=corAR1(form = ~ 1|REP), na.action = na.exclude, method="REML")
  print(Anova(ano)) 
}

J'ai testé chez moi, ça fonctionne.

De plus, je pense que les formules préfèrent les noms pour appeler les variables, et que passer par les index peut empêcher de tourner.

Il y a peut être un moyen de faire de la concaténation de nom, avec la fonction paste, puis de transformer le tout avec as.formula, pour obtenir ce qui est attendu par la fonction. à tester..

J'espère que cela va t'aider.