Discussion :

[TrafalgarD]

Bonjour,

voila mon problème je souhaiterais récupérer dans une liste (fichier au format txt) le nom d'un fichier et le comparer de façon à récupérer le nom du 2ème fichier (les fichiers vont par pair).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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mon fichier au format txt
 
ADN_S1_R1
ADN_S1_R2
ADN_S2_R1
ADN_S2_R2
ADN_S3_R1
ADN_S3_R2

et mon code ressemble à ça

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
while read ligne
 
do
 
	echo `expr substr "$ligne" 6 1`
	if `expr substr "$ligne" 6 1` = ???
 
done < /home/usr/maliste

je veux lire le fichier ligne par ligne et qu'il me trouve le nom du 2ème fichier qui va de pair avec le 1er, le problème est que la variable $ligne ne prend qu'une seule valeur... donc comment faire pour comparer ma variable $ligne à une 2ème variable ?
J'ai aussi pensé à utiliser un grep mais je ne vois pas non plus comment résoudre mon problème...

J'espère avoir été assez clair...

Merci à vous et bonne journée !

[zipe31]

Salut,

Le nom du 2nd fichier on le sort d'où ? D'un chapeau ?

[N_BaH]

Bonjour,

J'espère avoir été assez clair...

expr est un programme externe inutile en bash :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

lettre=${ligne:5:1}

dans echo `cmd`, le echo est inutile.

pour ton problème de lecture, ajoute un read dans la boucle :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat ~/lorem\ ipsum
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.
Vivamus sagittis diam vitae nisi viverra, eu ornare lectus cursus.
Maecenas blandit, arcu sit amet condimentum accumsan, enim metus semper turpis, a laoreet massa lacus accumsan tortor.
Mauris eu eleifend lacus, eget vulputate augue.
Nam eu posuere metus, non tincidunt mi.
Donec mi orci, tristique eu turpis pharetra, malesuada auctor sem.
Maecenas placerat turpis at ligula tempus venenatis.
Proin velit nibh, molestie at tincidunt quis, bibendum vitae dui.
Ut malesuada nunc ut metus hendrerit commodo.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read line; do read line2; echo "$line => $line2"; done < <(head ~/lorem\ ipsum )
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. => Vivamus sagittis diam vitae nisi viverra, eu ornare lectus cursus.
Maecenas blandit, arcu sit amet condimentum accumsan, enim metus semper turpis, a laoreet massa lacus accumsan tortor. => Mauris eu eleifend lacus, eget vulputate augue.
Nam eu posuere metus, non tincidunt mi. => Donec mi orci, tristique eu turpis pharetra, malesuada auctor sem.
Maecenas placerat turpis at ligula tempus venenatis. => Proin velit nibh, molestie at tincidunt quis, bibendum vitae dui.
Ut malesuada nunc ut metus hendrerit commodo. => Nunc egestas eleifend turpis vel sollicitudin.

[TrafalgarD]

Salut,

Le nom du 2nd fichier on le sort d'où ? D'un chapeau ?

Non les noms de mes fichiers sont tous dans le fichier texte,
par exemple le 1er fichier est "ADN_S1_R1" donc je veux obtenir le fichier qui va avec celui ci à savoir "ADN_S1_R2"
L'élément commun à ces 2 fichiers étant le "S1"

ducoup j'ai essayé ainsi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
while read ligne
 
do
	read ligne2 
 
	if lettre=${ligne:6:1} == lettre=${ligne2:6:1}
 
		if lettre=${ligne:9:1} =! lettre=${ligne2:9:1}
		echo "$ligne1"
		echo "$ligne2" 
		fi
	fi
 
done < /home/usr/liste_essai

mais la console me renvoie une erreur près du symbole fi...

[zipe31]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat plop 
ADN_S1_R1
ADN_S1_R2
ADN_S2_R1
ADN_S4_R2
ADN_S3_R1
ADN_S3_R2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ sed 'N;/[^_]*_.\([^_]*\)_.*\n[^_]*_.\1/{s/\n/ = /};s/\n/ != /' plop 
ADN_S1_R1 = ADN_S1_R2
ADN_S2_R1 != ADN_S4_R2
ADN_S3_R1 = ADN_S3_R2

[N_BaH]

mais ne mets pas l'affectation dans le test !
et ne donne pas le même nom à des variables différentes.

t'as lu un tuto ?
il y en a des bons dans ma signature.