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Python Discussion :

remove Hydrogen


Sujet :

Python

  1. #1
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    Par défaut remove Hydrogen
    Bonjour,
    j'ai un fichier PDB que je dois nettoyer avec python , je suis toute nouvelle sur ce langage et n'ayant jamais fait de programmation avant je bloque sur n'importe auel petit detail , voila mon script qui me genere au lieu d'un fichier sans hydrogen un fchier vide , si quelqu'un peut m'aider PLEASE

    Nom : Capture d’écran 2016-01-27 à 08.07.53.png
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  2. #2
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    Par défaut
    Vite fait :
    output.write

    et enlève les deux dernières lignes.
    Pas d'aide par mp.

  3. #3
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    Par défaut
    Merci beaucoup pour ta rep , est ce que c'est comme ca ? parceque le resultat c'est qu'il me cree un fichier noH mais avec toutes les lignes

    est ce que je dois modifier quelque chose sur 'H$' ??

    Nom : Capture d’écran 2016-01-27 à 13.52.46.png
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  4. #4
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    Salut,

    Qu'est-ce que "H$*" ?

    Dans ton code python cherche réellement le texte H$* et non pas un objet référé à H$*.

  5. #5
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    le dollar acote de H signifie que la ligne fini avec un H
    En fait voila mon fichier a nettoyer , il faut enlever les lignes ou il y a les H

    Nom : Capture d’écran 2016-01-27 à 14.27.51.png
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  6. #6
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    Je m'en doutais un peu.

    Alors tu peux utiliser endswit()

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
     
    if not line.strip().endswith('H'):
        output.write(line)

  7. #7
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    ahh super , je vais essayer ca
    thaaaaaaank youuuu

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