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R Discussion :

RScript, batch et e accent aigü


Sujet :

R

  1. #1
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    Par défaut RScript, batch et e accent aigü
    Bonjour,

    j'ai un script R qui fait appel à des fonctions que j'ai écrites dans un fichier séparé.

    Ce script affiche l'état d'avancement des opérations grâce à des cat.

    Dans le script principal appelé main.R, les accents s'affichent bien. Par exemple, quand on écrit la ligne suivante en Unicode pour "définition des variables" :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    cat("d\U00E9sfinition des variables")
    On obtient bien
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    définition des variables
    Par contre, dans main.R, j'ai une ligne
    Si j'écris la même chose dans le fichier functions.R, j'ai un problème d'accents:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    dÚfinition des variables
    Il est possible que main.R et functions.R n'aient pas le même encodage.
    Etant donné que main.R affiche bien les accents, j'aimerais connaître l'encodage du fichier, mais comment le trouver sachant que j'utilise RStudio ?

    Bref, je ne sais d'où ça vient..

    En vous remerciant par avance de vos réponses,

    Mathieu

  2. #2
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    Par défaut
    Bonjour,
    il y a quelques mois, vous aviez posé la même question, désolé de vous refaire la même chose : qu'indique les sorties de l'instruction suivante ?

  3. #3
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    Par défaut
    Bonjour,

    Tout d'abord, je vous prie de m'excuser. Je dois perdre un peu la mémoire, n'ayant pas eu le souvenir d'avoir posté ce sujet il y a quelques mois

    Je viens d'avancer dans mon problème mais ne suis pas parvenu malgré tout à le résoudre.

    Voici ce que donne sessionInfo()
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    > sessionInfo()$locale
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    En fait, j'ai remarqué que le chargement de certains paquets provoquait ce problème d'encodage. C'est le cas d'un paquet appelé RStoolbox et d'igraph

    Si, dans mon main.R, j'écris les lignes ci-dessous et si je les exécute via Rscript :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("first \U00E9 \n")
    cat("--before--\n")
    cat(paste("encoding = ", getOption("encoding"), "\n"))
    cat(paste("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"))
    require("RStoolbox")
    cat("\n")
    cat("--after--\n")
    cat(paste("encoding = ", getOption("encoding"),"\n"))
    cat(paste("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"))
    cat(" second \U00E9")
    J'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    first é
    --before--
    encoding =  native.enc
    locale =  LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=
    French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
    Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
     
    --after--
    encoding =  native.enc
    locale =  LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=
    French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
     second Ú
    A noter que si j'exécute tout ça sans Rscript, il n'y a pas d'erreur.

    Ce qui est perturbant, c'est que rien ne change niveau encodage, comme les instructions cat() le démontrent. Par contre, le caractère n'est plus reconnu à la fin. Quelque chose change, mais je ne sais quoi..

  4. #4
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    Par défaut
    Je n'ai pas assez d'éléments pour donner une réponse satisfaisante ; je vais donc vous redemander d'autres sorties, celles de ces instructions :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    sessionInfo()
     
    Sys.getlocale("LC_MESSAGES")
     
    cat("--before--\n")
    cat(paste0("encoding = ", getOption("encoding"), "\n"), sep = "")
    cat(paste0("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"), sep = "")
    l10n_info()
    cat("first \U00E9 \n")
    require("RStoolbox")
    cat("\n")
    cat("--after--\n")
    cat(paste0("encoding = ", getOption("encoding"),"\n"), sep = "")
    cat(paste0("locale = ", Sys.getlocale(), "\n"), sep = "")
    l10n_info()
    cat(" second \U00E9")
    P.S. Peut-être que je me méprends, il me semble toujours que ce message était le vôtre. Mais qu'à cela ne tienne, essayons de résoudre(message modifié ici) corriger l'erreur cette fois-ci.

  5. #5
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    Par défaut
    Bonjour,

    je vous prie de m'excuse de répondre aussi tardivement

    J'ai donc mis le code dans un fichier appelé test_accent.R

    Puis j'ai lancé la commande : en effet, le problème n'apparaît que lors de l'exécution du code en mode batch et non depuis RStudio

    Voici ce que j'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    rscript test_accent.R
    --before--
    encoding = native.enc
    locale = LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=F
    rench_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
    $MBCS
    [1] FALSE
     
    $`UTF-8`
    [1] FALSE
     
    $`Latin-1`
    [1] TRUE
     
    $codepage
    [1] 1252
     
    first é
    Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
     
    --after--
    encoding = native.enc
    locale = LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=F
    rench_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
    $MBCS
    [1] FALSE
     
    $`UTF-8`
    [1] FALSE
    $`Latin-1`
    [1] TRUE

    $codepage
    [1] 1252

  6. #6
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    Par défaut
    Bonjour,
    Il y a maintenant des indications assez précises que les paramètres régionaux du système d'exploitation (ou de l'interpréteur des commandes) diffèrent de ceux de R. C'est d'ailleurs la piste qui était donnée dans la première réponse à l'ancienne discussion.
    Comme vous aviez lancé un script, toutes les sorties attendues n'ont pas été générées, il fallait ajouter explicitement des instructions d'affichage. Allons-y alors pour un autre tour : pouvez-vous relancer Rscript test_accent.R et donner les sorties, test_accent.R contenant le code ci-bas ?
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("\n--before--\n\n")
    cat("LC_MESSAGES:\n", Sys.getlocale("LC_MESSAGES"), "\n\n", sep = "")
    cat("encoding:\n", getOption("encoding"), "\n\n", sep = "")
    cat("locale:\n", Sys.getlocale(), "\n\nl10n_info:\n", sep = "")
    str(l10n_info())
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    str(sessionInfo())
     
    require("RStoolbox")
     
     
    cat("\n\n\n--after--\n\n")
    cat("LC_MESSAGES:\n", Sys.getlocale("LC_MESSAGES"), "\n\n", sep = "")
    cat("encoding:\n", getOption("encoding"), "\n\n", sep = "")
    cat("locale:\n", Sys.getlocale(), "\n\nl10n_info:\n", sep = "")
    str(l10n_info())
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    str(sessionInfo())
    P.S. Les sorties seront un peu abondantes, les laisser en l'état, il n'y a pas de souci.
    P.P.S. Pas de souci pour le temps que ça vous prend pour répondre, il n'y a pas d'urgence me concernant.

  7. #7
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    Par défaut
    Bonjour,

    Voici le résultat des commandes. C'est très long.

    Merci en tout cas pour votre aide !

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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      .. ..$ Version                         : chr "2.0-25"
      .. ..$ Date                            : chr "2015/02/20"
      .. ..$ Title                           : chr "Companion to Applied Regression"
      .. ..$ Authors@R                       : chr "c(person(\"John\", \"Fox\", role = c(\"aut\", \"cre\"), email = \"jfox@mcmaster.ca\"),\n\tperson(\"Sanford\", \"Weisberg\", rol"| __truncated__
      .. ..$ Depends                         : chr "R (>= 2.14.0), stats, graphics"
      .. ..$ Imports                         : chr "MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (>= 0.3-2), quantreg"
      .. ..$ Suggests                        : chr "alr4, boot, leaps, lme4, lmtest, Matrix, MatrixModels, nlme,\nrgl (>= 0.93.960), sandwich, SparseM, survival, survey"
      .. ..$ ByteCompile                     : chr "yes"
      .. ..$ LazyLoad                        : chr "yes"
      .. ..$ LazyData                        : chr "yes"
      .. ..$ Description                     : chr "\n  Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, \n  An R Companion to Applied Regression, Second Edition, Sage,"| __truncated__
      .. ..$ License                         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL                             : chr "https://r-forge.r-project.org/projects/car/,\nhttp://CRAN.R-project.org/package=car,\nhttp://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Bo"| __truncated__
      .. ..$ Author                          : chr "John Fox [aut, cre],\n  Sanford Weisberg [aut],\n  Daniel Adler [ctb],\n  Douglas Bates [ctb],\n  Gabriel Baud-Bovy [ctb],\n  S"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer                      : chr "John Fox <jfox@mcmaster.ca>"
      .. ..$ Repository                      : chr "CRAN"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Project      : chr "car"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Revision     : chr "420"
      .. ..$ Repository/R-Forge/DateTimeStamp: chr "2015-02-20 17:40:37"
      .. ..$ Date/Publication                : chr "2015-03-03 22:27:23"
      .. ..$ Packaged                        : chr "2015-02-20 17:45:46 UTC; rforge"
      .. ..$ NeedsCompilation                : chr "no"
      .. ..$ Built                           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-06 20:30:16 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/car/Meta/package.rds"
      ..$ caret       :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "caret"
      .. ..$ Version         : chr "6.0-57"
      .. ..$ Date            : chr "2015-10-06"
      .. ..$ Title           : chr "Classification and Regression Training"
      .. ..$ Author          : chr "Max Kuhn. Contributions from Jed Wing, Steve Weston, Andre\n    Williams, Chris Keefer, Allan Engelhardt, Tony Cooper, Zachary "| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Misc functions for training and plotting classification and\n    regression models."
      .. ..$ Maintainer      : chr "Max Kuhn <Max.Kuhn@pfizer.com>"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.10), lattice (>= 0.20), ggplot2"
      .. ..$ URL             : chr "https://github.com/topepo/caret/"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/topepo/caret/issues"
      .. ..$ Imports         : chr "car, foreach, methods, plyr, nlme, reshape2, stats, stats4,\nutils, grDevices"
      .. ..$ Suggests        : chr "BradleyTerry2, e1071, earth (>= 2.2-3), fastICA, gam, ipred,\nkernlab, klaR, MASS, ellipse, mda, mgcv, mlbench, nnet, party\n(>"| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-10-09 20:15:43 UTC; kuhna03"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-10-11 10:37:32"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 20:24:52 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/caret/Meta/package.rds"
      ..$ codetools   :List of 14
      .. ..$ Package         : chr "codetools"
      .. ..$ Version         : chr "0.2-9"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Author          : chr "Luke Tierney <luke-tierney@uiowa.edu>"
      .. ..$ Description     : chr "Code analysis tools for R"
      .. ..$ Title           : chr "Code Analysis Tools for R"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.1)"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Luke Tierney <luke-tierney@uiowa.edu>"
      .. ..$ License         : chr "GPL"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-08-18 19:30:24 UTC; luke"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-08-21 10:48:50"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; ; 2014-10-31 11:12:31 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/codetools/Meta/package.rds"
      ..$ colorspace  :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "colorspace"
      .. ..$ Version         : chr "1.2-6"
      .. ..$ Date            : chr "2015-03-10"
      .. ..$ Title           : chr "Color Space Manipulation"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(given = \"Ross\", family = \"Ihaka\", role = \"aut\", email = \"ihaka@stat.auckland.ac.nz\"),\n             person(giv"| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Carries out mapping between assorted color spaces including\n             RGB, HSV, HLS, CIEXYZ, CIELUV, HCL (polar CIELUV),\n\"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.13.0), methods"
      .. ..$ Imports         : chr "graphics"
      .. ..$ Suggests        : chr "KernSmooth, MASS, kernlab, mvtnorm, vcd, dichromat, tcltk"
      .. ..$ License         : chr "BSD_3_clause + file LICENSE"
      .. ..$ LazyData        : chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-03-10 21:17:09 UTC; zeileis"
      .. ..$ Author          : chr "Ross Ihaka [aut],\n  Paul Murrell [aut],\n  Kurt Hornik [aut],\n  Jason C. Fisher [aut],\n  Achim Zeileis [aut, cre]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Achim Zeileis <Achim.Zeileis@R-project.org>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-03-11 00:21:00"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-11 18:34:49 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/colorspace/Meta/package.rds"
      ..$ digest      :List of 15
      .. ..$ Package         : chr "digest"
      .. ..$ Version         : chr "0.6.8"
      .. ..$ Date            : chr "2013-12-30"
      .. ..$ Author          : chr "Dirk Eddelbuettel <edd@debian.org> with contributions \n by Antoine Lucas, Jarek Tuszynski, Henrik Bengtsson, Simon Urbanek,\n "| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Dirk Eddelbuettel <edd@debian.org>"
      .. ..$ Title           : chr "Create Cryptographic Hash Digests of R Objects"
      .. ..$ Description     : chr "Implementation of a function 'digest()' for the creation \n of hash digests of arbitrary R objects (using the md5, sha-1, sha-2"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.4.1)"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2"
      .. ..$ URL             : chr "http://dirk.eddelbuettel.com/code/digest.html"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-12-31 01:14:41.779054 UTC; edd"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-12-31 07:47:27"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-03-10 11:05:17 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/digest/Meta/package.rds"
      ..$ doParallel  :List of 19
      .. ..$ Package                         : chr "doParallel"
      .. ..$ Type                            : chr "Package"
      .. ..$ Title                           : chr "Foreach parallel adaptor for the parallel package"
      .. ..$ Version                         : chr "1.0.8"
      .. ..$ Author                          : chr "Revolution Analytics, Steve Weston"
      .. ..$ Maintainer                      : chr "Revolution Analytics <packages@revolutionanalytics.com>"
      .. ..$ Description                     : chr "Provides a parallel backend for the %dopar% function using\n        the parallel package."
      .. ..$ Depends                         : chr "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel, utils"
      .. ..$ Suggests                        : chr "caret, mlbench, rpart"
      .. ..$ Enhances                        : chr "compiler, RUnit"
      .. ..$ License                         : chr "GPL-2"
      .. ..$ Repository                      : chr "CRAN"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Project      : chr "doparallel"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Revision     : chr "13"
      .. ..$ Repository/R-Forge/DateTimeStamp: chr "2014-02-25 19:30:09"
      .. ..$ Date/Publication                : chr "2014-02-28 20:42:20"
      .. ..$ Packaged                        : chr "2014-02-25 23:42:05 UTC; rforge"
      .. ..$ NeedsCompilation                : chr "no"
      .. ..$ Built                           : chr "R 3.1.3; ; 2015-09-15 19:30:35 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/doParallel/Meta/package.rds"
      ..$ foreach     :List of 20
      .. ..$ Package                         : chr "foreach"
      .. ..$ Type                            : chr "Package"
      .. ..$ Title                           : chr "Foreach looping construct for R"
      .. ..$ Version                         : chr "1.4.2"
      .. ..$ Author                          : chr "Revolution Analytics, Steve Weston"
      .. ..$ Maintainer                      : chr "Revolution Analytics <packages@revolutionanalytics.com>"
      .. ..$ Description                     : chr "Support for the foreach looping construct.  Foreach is an\n        idiom that allows for iterating over elements in a collectio"| __truncated__
      .. ..$ Depends                         : chr "R (>= 2.5.0)"
      .. ..$ Imports                         : chr "codetools, utils, iterators"
      .. ..$ Suggests                        : chr "randomForest"
      .. ..$ Enhances                        : chr "compiler, doMC, RUnit, doParallel"
      .. ..$ License                         : chr "Apache License (== 2.0)"
      .. ..$ Repository                      : chr "CRAN"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Project      : chr "foreach"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Revision     : chr "25"
      .. ..$ Repository/R-Forge/DateTimeStamp: chr "2014-04-10 18:54:16"
      .. ..$ Date/Publication                : chr "2014-04-11 07:52:42"
      .. ..$ Packaged                        : chr "2014-04-10 20:16:29 UTC; rforge"
      .. ..$ NeedsCompilation                : chr "no"
      .. ..$ Built                           : chr "R 3.1.3; ; 2015-09-15 18:49:20 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/foreach/Meta/package.rds"
      ..$ geosphere   :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "geosphere"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "Spherical Trigonometry"
      .. ..$ Version         : chr "1.4-3"
      .. ..$ Date            : chr "2015-7-1"
      .. ..$ Depends         : chr "sp, R (>= 2.10.0)"
      .. ..$ Suggests        : chr "methods, raster"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(\n\tperson(\"Robert J.\", \"Hijmans\", role = c(\"cre\", \"aut\"),  email = \"r.hijmans@gmail.com\"),\n\tperson(\"Ed\", \"Wil"| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Spherical trigonometry for geographic applications. That is, compute distances and related measures for angular (longitude/lati"| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 3)"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-07-01 20:44:20 UTC; rhijmans"
      .. ..$ Author          : chr "Robert J. Hijmans [cre, aut],\n  Ed Williams [ctb],\n  Chris Vennes [ctb]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Robert J. Hijmans <r.hijmans@gmail.com>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-07-02 01:32:59"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 18:39:32 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/geosphere/Meta/package.rds"
      ..$ ggplot2     :List of 23
      .. ..$ Package         : chr "ggplot2"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "An Implementation of the Grammar of Graphics"
      .. ..$ Version         : chr "1.0.1"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(\n    person(\"Hadley\", \"Wickham\", role = c(\"aut\", \"cre\"), email = \"h.wickham@gmail.com\"),\n    person(\"Winston\", "| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "An implementation of the grammar of graphics\n    in R. It combines the advantages of both base and\n    lattice graphics: cond"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14), stats, methods"
      .. ..$ Imports         : chr "plyr (>= 1.7.1), digest, grid, gtable (>= 0.1.1), reshape2,\nscales (>= 0.2.3), proto, MASS"
      .. ..$ Suggests        : chr "quantreg, Hmisc, mapproj, maps, hexbin, maptools, multcomp,\nnlme, testthat, knitr, mgcv"
      .. ..$ VignetteBuilder : chr "knitr"
      .. ..$ Enhances        : chr "sp"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2"
      .. ..$ URL             : chr "http://ggplot2.org, https://github.com/hadley/ggplot2"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/hadley/ggplot2/issues"
      .. ..$ LazyData        : chr "true"
      .. ..$ Collate         : chr "'aaa-.r' 'aaa-constants.r' 'aes-calculated.r'\n'aes-colour-fill-alpha.r' 'aes-group-order.r'\n'aes-linetype-size-shape.r' 'aes-"| __truncated__
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-03-16 20:29:42 UTC; winston"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham [aut, cre],\n  Winston Chang [aut]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-03-17 17:49:38"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 20:07:30 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/ggplot2/Meta/package.rds"
      ..$ grid        :List of 11
      .. ..$ Package    : chr "grid"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Title      : chr "The Grid Graphics Package"
      .. ..$ Author     : chr "Paul Murrell <paul@stat.auckland.ac.nz>"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Description: chr "A rewrite of the graphics layout capabilities, plus some\n  support for interaction"
      .. ..$ Imports    : chr "grDevices"
      .. ..$ Suggests   : chr "lattice"
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:05:37 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/grid/Meta/package.rds"
      ..$ gtable      :List of 15
      .. ..$ Package         : chr "gtable"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "Arrange grobs in tables."
      .. ..$ Version         : chr "0.1.2"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ Description     : chr "Tools to make it easier to work with \"tables\" of grobs."
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14), grid"
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat, plyr"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2"
      .. ..$ Collate         : chr "'add-grob.r' 'add-rows-cols.r' 'add-space.r' 'grid.r'\n'gtable-layouts.r' 'gtable.r' 'rbind-cbind.r' 'utils.r'\n'trim.r' 'filte"| __truncated__
      .. ..$ Packaged        : chr "2012-12-04 23:12:46 UTC; hadley"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2012-12-05 13:11:37"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 18:34:49 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/gtable/Meta/package.rds"
      ..$ iterators   :List of 18
      .. ..$ Package                         : chr "iterators"
      .. ..$ Type                            : chr "Package"
      .. ..$ Title                           : chr "Iterator construct for R"
      .. ..$ Version                         : chr "1.0.7"
      .. ..$ Author                          : chr "Revolution Analytics"
      .. ..$ Maintainer                      : chr "Revolution Analytics <packages@revolutionanalytics.com>"
      .. ..$ Description                     : chr "Support for iterators, which allow a programmer to traverse\n        through all the elements of a vector, list, or other colle"| __truncated__
      .. ..$ Depends                         : chr "R (>= 2.5.0), utils"
      .. ..$ Suggests                        : chr "RUnit"
      .. ..$ License                         : chr "Apache License (== 2.0)"
      .. ..$ Repository                      : chr "CRAN"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Project      : chr "foreach"
      .. ..$ Repository/R-Forge/Revision     : chr "25"
      .. ..$ Repository/R-Forge/DateTimeStamp: chr "2014-04-10 18:54:16"
      .. ..$ Date/Publication                : chr "2014-04-11 07:52:44"
      .. ..$ Packaged                        : chr "2014-04-10 20:15:28 UTC; rforge"
      .. ..$ NeedsCompilation                : chr "no"
      .. ..$ Built                           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 18:34:54 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/iterators/Meta/package.rds"
      ..$ lattice     :List of 22
      .. ..$ Package         : chr "lattice"
      .. ..$ Version         : chr "0.20-29"
      .. ..$ Date            : chr "2014/04/01"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Title           : chr "Lattice Graphics"
      .. ..$ Author          : chr "Deepayan Sarkar <deepayan.sarkar@r-project.org>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Deepayan Sarkar <deepayan.sarkar@r-project.org>"
      .. ..$ Description     : chr "Lattice is a powerful and elegant high-level data\n  visualization system, with an emphasis on multivariate data, that is\n  su"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.15.1)"
      .. ..$ Suggests        : chr "KernSmooth, MASS"
      .. ..$ Imports         : chr "grid, grDevices, graphics, stats, utils"
      .. ..$ Enhances        : chr "chron"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ LazyData        : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL             : chr "http://lattice.r-forge.r-project.org/"
      .. ..$ BugReports      : chr "http://r-forge.r-project.org/projects/lattice/"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-04-03 11:25:19 UTC; deepayan"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-04-04 08:56:11"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:08:33 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/lattice/Meta/package.rds"
      ..$ lme4        :List of 22
      .. ..$ Package         : chr "lme4"
      .. ..$ Version         : chr "1.1-10"
      .. ..$ Title           : chr "Linear Mixed-Effects Models using 'Eigen' and S4"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"Douglas\",\"Bates\", role=\"aut\"),\n    person(\"Martin\",\"Maechler\", role=\"aut\"),\n    person(\"Ben\",\"Bolker"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Ben Bolker <bbolker+lme4@gmail.com>"
      .. ..$ Contact         : chr "LME4 Authors <lme4-authors@lists.r-forge.r-project.org>"
      .. ..$ Author          : chr "Douglas Bates [aut], Martin Maechler [aut],\n\tBen Bolker [aut, cre], Steven Walker [aut],\n        Rune Haubo Bojesen Christen"| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Fit linear and generalized linear mixed-effects models.\n    The models and their components are represented using S4 classes a"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.2), Matrix (>= 1.1.1), methods, stats"
      .. ..$ LinkingTo       : chr "Rcpp (>= 0.10.5), RcppEigen"
      .. ..$ Imports         : chr "graphics, grid, splines, utils, parallel, MASS, nlme, lattice,\nminqa (>= 1.1.15), nloptr (>= 1.0.4)"
      .. ..$ Suggests        : chr "knitr, boot, PKPDmodels, MEMSS, testthat (>= 0.8.1), ggplot2,\nmlmRev, optimx (>= 2013.8.6), gamm4, pbkrtest, HSAUR2, numDeriv"
      .. ..$ VignetteBuilder : chr "knitr"
      .. ..$ LazyData        : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL             : chr "https://github.com/lme4/lme4/ http://lme4.r-forge.r-project.org/"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/lme4/lme4/issues"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-10-05 17:56:37 UTC; bolker"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-10-06 08:08:29"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 20:22:03 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/lme4/Meta/package.rds"
      ..$ magrittr    :List of 16
      .. ..$ Package         : chr "magrittr"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "A Forward-Pipe Operator for R"
      .. ..$ Version         : chr "1.5"
      .. ..$ Author          : chr "Stefan Milton Bache <stefan@stefanbache.dk> and\n    Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Stefan Milton Bache <stefan@stefanbache.dk>"
      .. ..$ Description     : chr "Provides a mechanism for chaining commands with a\n    new forward-pipe operator, %>%. This operator will forward a\n    value,"| __truncated__
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat, knitr"
      .. ..$ VignetteBuilder : chr "knitr"
      .. ..$ License         : chr "MIT + file LICENSE"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "Yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-11-22 08:50:53 UTC; shb"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-11-22 19:15:57"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 18:34:43 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/magrittr/Meta/package.rds"
      ..$ MASS        :List of 21
      .. ..$ Package         : chr "MASS"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Version         : chr "7.3-35"
      .. ..$ Date            : chr "2014-09-29"
      .. ..$ Revision        : chr "$Rev: 3403 $"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"
      .. ..$ Suggests        : chr "lattice, nlme, nnet, survival"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"Brian\", \"Ripley\", role = c(\"aut\", \"cre\", \"cph\"),\n                    email = \"ripley@stats.ox.ac.uk\"),\n"| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Functions and datasets to support Venables and Ripley,\n  'Modern Applied Statistics with S' (4th edition, 2002)."
      .. ..$ Title           : chr "Support Functions and Datasets for Venables and Ripley's MASS"
      .. ..$ LazyData        : chr "yes"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2 | GPL-3"
      .. ..$ URL             : chr "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-09-29 09:03:26 UTC; ripley"
      .. ..$ Author          : chr "Brian Ripley [aut, cre, cph],\n  Bill Venables [ctb],\n  Douglas M. Bates [ctb],\n  Kurt Hornik [trl] (partial port ca 1998),\n"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Brian Ripley <ripley@stats.ox.ac.uk>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-09-30 09:00:20"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:08:20 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/MASS/Meta/package.rds"
      ..$ Matrix      :List of 26
      .. ..$ Package         : chr "Matrix"
      .. ..$ Version         : chr "1.2-2"
      .. ..$ Date            : chr "2015-07-03"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Title           : chr "Sparse and Dense Matrix Classes and Methods"
      .. ..$ Author          : chr "Douglas Bates <bates@stat.wisc.edu> and Martin Maechler"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Martin Maechler <mmaechler+Matrix@gmail.com>"
      .. ..$ Contact         : chr "Doug and Martin <Matrix-authors@R-project.org>"
      .. ..$ Description     : chr "Classes and methods for dense and sparse matrices and\n    operations on them using 'LAPACK' and 'SuiteSparse'."
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.1)"
      .. ..$ Imports         : chr "methods, graphics, grid, stats, utils, lattice"
      .. ..$ Suggests        : chr "expm, MASS"
      .. ..$ Enhances        : chr "MatrixModels, graph, SparseM, sfsmisc"
      .. ..$ Encoding        : chr "UTF-8"
      .. ..$ LazyData        : chr "no"
      .. ..$ LazyDataNote    : chr "not possible, since we use data/*.R *and* our classes"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "yes"
      .. ..$ BuildResaveData : chr "no"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ LicenseNote     : chr "The Matrix package includes libraries AMD, CHOLMOD,\nCOLAMD, CSparse and SPQR from the SuiteSparse collection of Tim\nDavis.  A"| __truncated__
      .. ..$ URL             : chr "http://Matrix.R-forge.R-project.org/"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-07-03 21:27:51 UTC; maechler"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-07-08 09:35:36"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 19:23:41 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/Matrix/Meta/package.rds"
      ..$ MatrixModels:List of 19
      .. ..$ Package         : chr "MatrixModels"
      .. ..$ Version         : chr "0.4-1"
      .. ..$ Date            : chr "2015-08-22"
      .. ..$ Title           : chr "Modelling with Sparse And Dense Matrices"
      .. ..$ Author          : chr "Douglas Bates <bates@stat.wisc.edu> and Martin Maechler <maechler@stat.math.ethz.ch>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Martin Maechler <mmaechler+Matrix@gmail.com>"
      .. ..$ Contact         : chr "Doug and Martin <Matrix-authors@R-project.org>"
      .. ..$ Description     : chr "Modelling with sparse and dense 'Matrix' matrices, using\n  modular prediction and response module classes."
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.1)"
      .. ..$ Imports         : chr "stats, methods, Matrix (>= 1.1-5)"
      .. ..$ Encoding        : chr "UTF-8"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL             : chr "http://Matrix.R-forge.R-project.org/"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-08-22 20:32:14 UTC; maechler"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-08-22 23:37:45"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-10-16 19:59:16 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/MatrixModels/Meta/package.rds"
      ..$ methods     :List of 11
      .. ..$ Package    : chr "methods"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Imports    : chr "utils"
      .. ..$ Title      : chr "Formal Methods and Classes"
      .. ..$ Author     : chr "R Core Team"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Description: chr "Formally defined methods and classes for R objects,\n  plus other programming tools, as described in the reference"
      .. ..$ References : chr "John M. Chambers (2008) ``Software for Data Analysis:\nProgramming with R''; Springer NY."
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:05:06 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/methods/Meta/package.rds"
      ..$ mgcv        :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "mgcv"
      .. ..$ Version         : chr "1.8-3"
      .. ..$ Author          : chr "Simon Wood <simon.wood@r-project.org>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Simon Wood <simon.wood@r-project.org>"
      .. ..$ Title           : chr "Mixed GAM Computation Vehicle with GCV/AIC/REML smoothness\nestimation"
      .. ..$ Description     : chr "Routines for GAMs and other generalized ridge regression  \n             with multiple smoothing parameter selection by GCV, RE"| __truncated__
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14.0), nlme (>= 3.1-64)"
      .. ..$ Imports         : chr "methods, stats, graphics, Matrix"
      .. ..$ Suggests        : chr "splines, parallel, survival, MASS"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-08-29 10:10:03 UTC; sw283"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-08-29 22:07:21"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:13:03 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/mgcv/Meta/package.rds"
      ..$ minqa       :List of 17
      .. ..$ Package           : chr "minqa"
      .. ..$ Type              : chr "Package"
      .. ..$ Title             : chr "Derivative-free optimization algorithms by quadratic\napproximation"
      .. ..$ Version           : chr "1.2.4"
      .. ..$ Author            : chr "Douglas Bates, Katharine M. Mullen, John C. Nash, Ravi Varadhan"
      .. ..$ Maintainer        : chr "Katharine M. Mullen <katharine.mullen@stat.ucla.edu>"
      .. ..$ Description       : chr "Derivative-free optimization by quadratic approximation\n        based on an interface to Fortran implementations by M. J. D.\n"| __truncated__
      .. ..$ License           : chr "GPL-2"
      .. ..$ URL               : chr "http://optimizer.r-forge.r-project.org"
      .. ..$ Imports           : chr "Rcpp (>= 0.9.10)"
      .. ..$ LinkingTo         : chr "Rcpp"
      .. ..$ SystemRequirements: chr "GNU make"
      .. ..$ NeedsCompilation  : chr "yes"
      .. ..$ Packaged          : chr "2014-10-09 07:29:53 UTC; kmm"
      .. ..$ Repository        : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication  : chr "2014-10-09 15:29:18"
      .. ..$ Built             : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 19:24:26 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/minqa/Meta/package.rds"
      ..$ munsell     :List of 16
      .. ..$ Package         : chr "munsell"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "Munsell colour system"
      .. ..$ Version         : chr "0.4.2"
      .. ..$ Author          : chr "Charlotte Wickham <cwickham@gmail.com>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Charlotte Wickham <cwickham@gmail.com>"
      .. ..$ Description     : chr "Functions for exploring and using the Munsell\n    colour system"
      .. ..$ Suggests        : chr "ggplot2 (>= 0.9.2)"
      .. ..$ Imports         : chr "colorspace"
      .. ..$ License         : chr "MIT + file LICENSE"
      .. ..$ Collate         : chr "'alter.r' 'check.r' 'convert.r' 'munsell.r' 'plot.r'"
      .. ..$ Packaged        : chr "2013-07-08 19:19:22 UTC; wickhamc"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2013-07-11 20:15:53"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 19:14:37 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/munsell/Meta/package.rds"
      ..$ nlme        :List of 22
      .. ..$ Package         : chr "nlme"
      .. ..$ Version         : chr "3.1-118"
      .. ..$ Date            : chr "2014-10-07"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Title           : chr "Linear and Nonlinear Mixed Effects Models"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"José\", \"Pinheiro\", role = \"aut\", comment = \"S version\"),\n             person(\"Douglas\", \"Bates\", role = "| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Fit and compare Gaussian linear and nonlinear mixed-effects models."
      .. ..$ Depends         : chr "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"
      .. ..$ Imports         : chr "lattice"
      .. ..$ Suggests        : chr "Hmisc, MASS"
      .. ..$ LazyData        : chr "yes"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "yes"
      .. ..$ Encoding        : chr "UTF-8"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ BugReports      : chr "http://bugs.r-project.org"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-10-07 07:57:10 UTC; ripley"
      .. ..$ Author          : chr "José Pinheiro [aut] (S version),\n  Douglas Bates [aut] (up to 2007),\n  Saikat DebRoy [ctb] (up to 2002),\n  Deepayan Sarkar ["| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "R-core <R-core@R-project.org>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-10-07 18:53:27"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:11:16 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/nlme/Meta/package.rds"
      ..$ nloptr      :List of 16
      .. ..$ Package         : chr "nloptr"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "R interface to NLopt"
      .. ..$ Version         : chr "1.0.4"
      .. ..$ Date            : chr "2014-08-02"
      .. ..$ Author          : chr "Jelmer Ypma <uctpjyy@ucl.ac.uk>, with contributions by\n        Hans W. Borchers <hwborchers@googlemail.com> and \n        Dirk"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Jelmer Ypma <uctpjyy@ucl.ac.uk>"
      .. ..$ Description     : chr "\n    nloptr is an R interface to NLopt. NLopt is a free/open-source library for\n    nonlinear optimization, providing a commo"| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "LGPL-3"
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat (>= 0.8.1)"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-08-02 18:12:19 UTC; Jelmer"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-08-04 15:35:43"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 18:36:46 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/nloptr/Meta/package.rds"
      ..$ nnet        :List of 19
      .. ..$ Package         : chr "nnet"
      .. ..$ Priority        : chr "recommended"
      .. ..$ Version         : chr "7.3-8"
      .. ..$ Date            : chr "2014-08-28"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14.0), stats, utils"
      .. ..$ Suggests        : chr "MASS"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"Brian\", \"Ripley\", role = c(\"aut\", \"cre\", \"cph\"),\n                    email = \"ripley@stats.ox.ac.uk\"),\n"| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Software for feed-forward neural networks with a single\n  hidden layer, and for multinomial log-linear models."
      .. ..$ Title           : chr "Feed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "yes"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2 | GPL-3"
      .. ..$ URL             : chr "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-03-28 07:36:07 UTC; ripley"
      .. ..$ Author          : chr "Brian Ripley [aut, cre, cph],\n  William Venables [cph]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Brian Ripley <ripley@stats.ox.ac.uk>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-03-28 09:11:16"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:12:57 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/nnet/Meta/package.rds"
      ..$ parallel    :List of 11
      .. ..$ Package    : chr "parallel"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Title      : chr "Support for Parallel computation in R"
      .. ..$ Author     : chr "R Core Team"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Description: chr "Support for parallel computation, including by forking\n   (taken from package multicore), by sockets (taken from package snow)"| __truncated__
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Imports    : chr "tools"
      .. ..$ Enhances   : chr "snow, nws, Rmpi"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:05:59 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/parallel/Meta/package.rds"
      ..$ pbkrtest    :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "pbkrtest"
      .. ..$ Version         : chr "0.4-2"
      .. ..$ Title           : chr "Parametric bootstrap and Kenward-Roger-based methods for mixed\nmodel comparison"
      .. ..$ Author          : chr "Ulrich Halekoh <uhalekoh@health.sdu.dk> Søren Højsgaard <sorenh@math.aau.dk>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Søren Højsgaard <sorenh@math.aau.dk>"
      .. ..$ Description     : chr "Test in linear mixed effects models.\n\n   Attention is on linear mixed effects models as implemented in the\n lme4 package.\n\"| __truncated__
      .. ..$ URL             : chr "http://people.math.aau.dk/~sorenh/software/pbkrtest/"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.0), lme4"
      .. ..$ Imports         : chr "Matrix, parallel, MASS"
      .. ..$ Suggests        : chr "gplots"
      .. ..$ Encoding        : chr "latin1"
      .. ..$ ZipData         : chr "no"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-11-13 08:33:37 UTC; sorenh"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-11-13 14:43:54"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-10-16 20:41:33 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/pbkrtest/Meta/package.rds"
      ..$ plyr        :List of 20
      .. ..$ Package         : chr "plyr"
      .. ..$ Version         : chr "1.8.3"
      .. ..$ Title           : chr "Tools for Splitting, Applying and Combining Data"
      .. ..$ Description     : chr "A set of tools that solves a common set of problems: you\n    need to break a big problem down into manageable pieces, operate "| __truncated__
      .. ..$ Authors@R       : chr "person(\"Hadley\", \"Wickham\", , \"hadley@rstudio.com\", c(\"aut\", \"cre\"))"
      .. ..$ URL             : chr "http://had.co.nz/plyr, https://github.com/hadley/plyr"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/hadley/plyr/issues"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.1.0)"
      .. ..$ Imports         : chr "Rcpp (>= 0.11.0)"
      .. ..$ LinkingTo       : chr "Rcpp"
      .. ..$ Suggests        : chr "abind, testthat, tcltk, foreach, doParallel, itertools,\niterators"
      .. ..$ License         : chr "MIT + file LICENSE"
      .. ..$ LazyData        : chr "true"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-06-11 13:04:58 UTC; hadley"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham [aut, cre]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <hadley@rstudio.com>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-06-12 11:05:51"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-11 19:14:25 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/plyr/Meta/package.rds"
      ..$ proto       :List of 14
      .. ..$ Package         : chr "proto"
      .. ..$ Version         : chr "0.3-10"
      .. ..$ Date            : chr "2012-12-21"
      .. ..$ Title           : chr "Prototype object-based programming"
      .. ..$ Author          : chr "Louis Kates, Thomas Petzoldt"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Gabor Grothendieck <ggrothendieck@gmail.com>"
      .. ..$ Description     : chr "An object oriented system using object-based, also called\n        prototype-based, rather than class-based object oriented ide"| __truncated__
      .. ..$ Suggests        : chr "graph, Rgraphviz"
      .. ..$ License         : chr "GPL-2"
      .. ..$ URL             : chr "http://r-proto.googlecode.com"
      .. ..$ Packaged        : chr "2012-12-22 16:03:20 UTC; Louis"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2012-12-22 21:51:44"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-03-10 11:05:17 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/proto/Meta/package.rds"
      ..$ quantreg    :List of 17
      .. ..$ Package         : chr "quantreg"
      .. ..$ Title           : chr "Quantile Regression"
      .. ..$ Description     : chr "Estimation and inference methods for models of conditional quantiles: \n  Linear and nonlinear parametric and non-parametric (t"| __truncated__
      .. ..$ Version         : chr "5.19"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"Roger\", \"Koenker\",  role = c(\"cre\",\"aut\"), email =  \"rkoenker@illinois.edu\"),\n    person(\"Stephen\", \"Po"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Roger Koenker <rkoenker@illinois.edu>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.6), stats, SparseM"
      .. ..$ Imports         : chr "methods, graphics, Matrix, MatrixModels"
      .. ..$ Suggests        : chr "tripack, akima, MASS, survival, rgl, logspline, nor1mix,\nFormula, zoo"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL             : chr "http://www.r-project.org"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-08-30 17:02:11 UTC; roger"
      .. ..$ Author          : chr "Roger Koenker [cre, aut],\n  Stephen Portnoy [ctb] (Contributions to Censored QR code),\n  Pin Tian Ng [ctb] (Contributions to "| __truncated__
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-08-31 23:25:56"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-10-16 20:00:42 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/quantreg/Meta/package.rds"
      ..$ raster      :List of 19
      .. ..$ Package         : chr "raster"
      .. ..$ Type            : chr "Package"
      .. ..$ Title           : chr "Geographic Data Analysis and Modeling"
      .. ..$ Version         : chr "2.3-40"
      .. ..$ Date            : chr "2015-4-10"
      .. ..$ Depends         : chr "methods, sp (>= 1.0-13), R (>= 2.15.0)"
      .. ..$ Suggests        : chr "rgdal (>= 0.8-12), rgeos (>= 0.3-8), ncdf, ncdf4, igraph,\ntcltk, parallel, rasterVis"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(\n\tperson(\"Robert J.\", \"Hijmans\", role = c(\"cre\", \"aut\"),  email = \"r.hijmans@gmail.com\"),\n\tperson(\"Jacob\", \""| __truncated__
      .. ..$ Description     : chr "Reading, writing, manipulating, analyzing and modeling of gridded spatial data. The package implements basic and high-level fun"| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 3)"
      .. ..$ URL             : chr "http://cran.r-project.org/web/packages/raster/"
      .. ..$ ByteCompile     : chr "TRUE"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-04-11 04:07:58 UTC; rhijmans"
      .. ..$ Author          : chr "Robert J. Hijmans [cre, aut],\n  Jacob van Etten [ctb],\n  Matteo Mattiuzzi [ctb],\n  Michael Sumner [ctb],\n  Jonathan A. Gree"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Robert J. Hijmans <r.hijmans@gmail.com>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-04-11 08:12:23"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; i386-w64-mingw32; 2015-04-21 06:57:32 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/raster/Meta/package.rds"
      ..$ Rcpp        :List of 20
      .. ..$ Package         : chr "Rcpp"
      .. ..$ Title           : chr "Seamless R and C++ Integration"
      .. ..$ Version         : chr "0.12.0"
      .. ..$ Date            : chr "2015-07-24"
      .. ..$ Author          : chr "Dirk Eddelbuettel, Romain Francois, JJ Allaire, Kevin Ushey, \n Qiang Kou, Douglas Bates and John Chambers"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Dirk Eddelbuettel <edd@debian.org>"
      .. ..$ Description     : chr "The 'Rcpp' package provides R functions as well as C++ classes which\n offer a seamless integration of R and C++. Many R data t"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 3.0.0)"
      .. ..$ Imports         : chr "methods, utils"
      .. ..$ Suggests        : chr "RUnit, inline, rbenchmark, highlight, pkgKitten (>= 0.1.2)"
      .. ..$ VignetteBuilder : chr "highlight"
      .. ..$ URL             : chr "http://www.rcpp.org, http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html,\nhttps://github.com/RcppCore/Rcpp"
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues"
      .. ..$ MailingList     : chr "Please send questions and comments regarding Rcpp to\nrcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-07-25 00:47:10.067212 UTC; edd"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-07-25 12:26:15"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-11 18:34:53 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/Rcpp/Meta/package.rds"
      ..$ reshape2    :List of 18
      .. ..$ Package         : chr "reshape2"
      .. ..$ Title           : chr "Flexibly Reshape Data: A Reboot of the Reshape Package."
      .. ..$ Version         : chr "1.4.1"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <h.wickham@gmail.com>"
      .. ..$ Description     : chr "Flexibly restructure and aggregate data using just two\n    functions: melt and dcast (or acast)."
      .. ..$ URL             : chr "https://github.com/hadley/reshape"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/hadley/reshape/issues"
      .. ..$ LinkingTo       : chr "Rcpp"
      .. ..$ Imports         : chr "plyr (>= 1.8.1), stringr, Rcpp"
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat (>= 0.8.0), lattice"
      .. ..$ License         : chr "MIT + file LICENSE"
      .. ..$ LazyData        : chr "true"
      .. ..$ Packaged        : chr "2014-12-05 16:34:10 UTC; hadley"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2014-12-06 06:56:59"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-11 19:49:24 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/reshape2/Meta/package.rds"
      ..$ rgeos       :List of 21
      .. ..$ Package           : chr "rgeos"
      .. ..$ Title             : chr "Interface to Geometry Engine - Open Source (GEOS)"
      .. ..$ Version           : chr "0.3-8"
      .. ..$ Date              : chr "2014-09-20"
      .. ..$ Depends           : chr "R (>= 2.14.0)"
      .. ..$ Imports           : chr "methods, sp (>= 1.0-12)"
      .. ..$ LinkingTo         : chr "sp"
      .. ..$ Suggests          : chr "maptools (>= 0.8-5), testthat, XML"
      .. ..$ LazyLoad          : chr "yes"
      .. ..$ Description       : chr "Interface to Geometry Engine - Open Source (GEOS) using the C API for topology operations on geometries. The GEOS library is ex"| __truncated__
      .. ..$ Authors@R         : chr "c(\n\tperson(\"Roger\", \"Bivand\", role = c(\"cre\", \"aut\"), email = \"Roger.Bivand@nhh.no\"),\n\tperson(\"Colin\", \"Rundel"| __truncated__
      .. ..$ License           : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL               : chr "https://r-forge.r-project.org/projects/rgeos/\nhttp://trac.osgeo.org/geos/"
      .. ..$ SystemRequirements: chr "GEOS (>= 3.2.0); for building from source: GEOS\nfrom http://trac.osgeo.org/geos/; GEOS OSX frameworks built by\nWilliam Kynges"| __truncated__
      .. ..$ Packaged          : chr "2014-09-21 14:10:14 UTC; rsb"
      .. ..$ Author            : chr "Roger Bivand [cre, aut],\n  Colin Rundel [aut],\n  Edzer Pebesma [ctb],\n  Karl Ove Hufthammer [ctb]"
      .. ..$ Maintainer        : chr "Roger Bivand <Roger.Bivand@nhh.no>"
      .. ..$ NeedsCompilation  : chr "yes"
      .. ..$ Repository        : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication  : chr "2014-09-21 17:11:13"
      .. ..$ Built             : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-04-11 23:01:59 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/rgeos/Meta/package.rds"
      ..$ scales      :List of 20
      .. ..$ Package         : chr "scales"
      .. ..$ Version         : chr "0.2.5"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(\n    person(\"Hadley\", \"Wickham\", , \"hadley@rstudio.com\", c(\"aut\", \"cre\")),\n    person(\"RStudio\", role = \"cph\""| __truncated__
      .. ..$ Title           : chr "Scale Functions for Visualization"
      .. ..$ Description     : chr "Graphical scales map data to aesthetics, and provide\n    methods for automatically determining breaks and labels\n    for axes"| __truncated__
      .. ..$ URL             : chr "https://github.com/hadley/scales"
      .. ..$ BugReports      : chr "https://github.com/hadley/scales/issues"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.13)"
      .. ..$ Imports         : chr "RColorBrewer, dichromat, plyr, munsell (>= 0.2), labeling,\nmethods, Rcpp"
      .. ..$ LinkingTo       : chr "Rcpp"
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat (>= 0.8)"
      .. ..$ License         : chr "MIT + file LICENSE"
      .. ..$ LazyLoad        : chr "yes"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-06-12 16:14:42 UTC; hadley"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham [aut, cre],\n  RStudio [cph]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <hadley@rstudio.com>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-06-12 23:50:17"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-11 19:49:25 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/scales/Meta/package.rds"
      ..$ sp          :List of 19
      .. ..$ Package         : chr "sp"
      .. ..$ Version         : chr "1.0-17"
      .. ..$ Date            : chr "2014-11-16"
      .. ..$ Title           : chr "classes and methods for spatial data"
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(person(\"Edzer\", \"Pebesma\", role = c(\"aut\", \"cre\"),\n                    email = \"edzer.pebesma@uni-muenster.de\"),\n"| __truncated__
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14.0)"
      .. ..$ Imports         : chr "methods, graphics, utils, lattice, grid"
      .. ..$ Suggests        : chr "RColorBrewer, rgdal (>= 0.8-7), rgeos (>= 0.2-20), gstat"
      .. ..$ Description     : chr "A package that provides classes and methods for spatial\n  data. The classes document where the spatial location information\n "| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ URL             : chr "https://r-forge.r-project.org/projects/rspatial/\nhttp://rspatial.r-forge.r-project.org/"
      .. ..$ Collate         : chr "bpy.colors.R AAA.R Class-CRS.R CRS-methods.R Class-Spatial.R\nSpatial-methods.R projected.R Class-SpatialPoints.R\nSpatialPoint"| __truncated__
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-01-07 20:23:35 UTC; edzer"
      .. ..$ Author          : chr "Edzer Pebesma [aut, cre],\n  Roger Bivand [aut],\n  Barry Rowlingson [ctb],\n  Virgilio Gomez-Rubio [ctb],\n  Robert Hijmans [c"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer      : chr "Edzer Pebesma <edzer.pebesma@uni-muenster.de>"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-01-08 11:01:50"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-04-11 23:01:38 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/sp/Meta/package.rds"
      ..$ SparseM     :List of 15
      .. ..$ Package         : chr "SparseM"
      .. ..$ Version         : chr "1.7"
      .. ..$ Author          : chr "Roger Koenker <rkoenker@uiuc.edu> and Pin Ng <Pin.Ng@NAU.EDU>"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Roger Koenker <rkoenker@uiuc.edu>"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.15), methods"
      .. ..$ Imports         : chr "graphics, stats, utils"
      .. ..$ Description     : chr "Some basic linear algebra functionality for sparse matrices is\n  provided:  including Cholesky decomposition and backsolving a"| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL (>= 2)"
      .. ..$ Title           : chr "Sparse Linear Algebra"
      .. ..$ URL             : chr "http://www.econ.uiuc.edu/~roger/research/sparse/sparse.html"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "yes"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-08-14 18:29:09 UTC; roger"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-08-15 23:30:51"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-08-16 18:20:29 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/SparseM/Meta/package.rds"
      ..$ splines     :List of 10
      .. ..$ Package    : chr "splines"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Imports    : chr "graphics, stats"
      .. ..$ Title      : chr "Regression Spline Functions and Classes"
      .. ..$ Author     : chr "Douglas M. Bates <bates@stat.wisc.edu> and\n William N. Venables <Bill.Venables@csiro.au>"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Description: chr "Regression spline functions and classes"
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:05:50 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/splines/Meta/package.rds"
      ..$ stats4      :List of 10
      .. ..$ Package    : chr "stats4"
      .. ..$ Title      : chr "Statistical Functions using S4 Classes"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Author     : chr "R Core Team and contributors worldwide"
      .. ..$ Description: chr "Statistical Functions using S4 classes"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Imports    : chr "graphics, methods, stats"
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; ; 2014-10-31 11:05:53 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/stats4/Meta/package.rds"
      ..$ stringi     :List of 21
      .. ..$ Package           : chr "stringi"
      .. ..$ Version           : chr "0.5-5"
      .. ..$ Date              : chr "2015-06-28"
      .. ..$ Title             : chr "Character String Processing Facilities"
      .. ..$ Description       : chr "Allows for fast, correct, consistent, portable,\n    as well as convenient character string/text processing in every locale\n  "| __truncated__
      .. ..$ URL               : chr "http://stringi.rexamine.com/ http://site.icu-project.org/\nhttp://www.unicode.org/"
      .. ..$ BugReports        : chr "http://github.com/Rexamine/stringi/issues"
      .. ..$ SystemRequirements: chr "ICU4C (>= 50, optional)"
      .. ..$ Type              : chr "Package"
      .. ..$ Depends           : chr "R (>= 2.13.1)"
      .. ..$ Imports           : chr "tools, utils, stats"
      .. ..$ Biarch            : chr "TRUE"
      .. ..$ License           : chr "file LICENSE"
      .. ..$ Author            : chr "Marek Gagolewski and Bartek Tartanus (stringi source code);\n    IBM and other contributors (ICU4C 55.1 source code);\n    Unic"| __truncated__
      .. ..$ Maintainer        : chr "Marek Gagolewski <gagolews@rexamine.com>"
      .. ..$ NeedsCompilation  : chr "yes"
      .. ..$ Packaged          : chr "2015-06-28 20:51:37 UTC; gagolews"
      .. ..$ License_is_FOSS   : chr "yes"
      .. ..$ Repository        : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication  : chr "2015-06-29 07:40:06"
      .. ..$ Built             : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-06-29 19:22:54 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/stringi/Meta/package.rds"
      ..$ stringr     :List of 17
      .. ..$ Package         : chr "stringr"
      .. ..$ Version         : chr "1.0.0"
      .. ..$ Title           : chr "Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations"
      .. ..$ Description     : chr "A consistent, simple and easy to use set of wrappers around the\n    fantastic 'stringi' package. All function and argument nam"| __truncated__
      .. ..$ Authors@R       : chr "c(\n    person(\"Hadley\", \"Wickham\", , \"hadley@rstudio.com\", c(\"aut\", \"cre\", \"cph\")),\n    person(\"RStudio\", role "| __truncated__
      .. ..$ License         : chr "GPL-2"
      .. ..$ Depends         : chr "R (>= 2.14)"
      .. ..$ Imports         : chr "stringi (>= 0.4.1), magrittr"
      .. ..$ Suggests        : chr "testthat, knitr"
      .. ..$ VignetteBuilder : chr "knitr"
      .. ..$ NeedsCompilation: chr "no"
      .. ..$ Packaged        : chr "2015-04-29 12:46:34 UTC; hadley"
      .. ..$ Author          : chr "Hadley Wickham [aut, cre, cph],\n  RStudio [cph]"
      .. ..$ Maintainer      : chr "Hadley Wickham <hadley@rstudio.com>"
      .. ..$ Repository      : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication: chr "2015-04-30 11:48:24"
      .. ..$ Built           : chr "R 3.1.3; ; 2015-08-11 19:14:34 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/stringr/Meta/package.rds"
      ..$ tools       :List of 9
      .. ..$ Package    : chr "tools"
      .. ..$ Version    : chr "3.1.2"
      .. ..$ Priority   : chr "base"
      .. ..$ Title      : chr "Tools for Package Development"
      .. ..$ Author     : chr "R Core Team"
      .. ..$ Maintainer : chr "R Core Team <R-core@r-project.org>"
      .. ..$ Description: chr "Tools for package development, administration and documentation"
      .. ..$ License    : chr "Part of R 3.1.2"
      .. ..$ Built      : chr "R 3.1.2; x86_64-w64-mingw32; 2014-10-31 11:02:23 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "C:/R/R-3.1.2/library/tools/Meta/package.rds"
      ..$ XML         :List of 18
      .. ..$ Package           : chr "XML"
      .. ..$ Version           : chr "3.98-1.3"
      .. ..$ Author            : chr "Duncan Temple Lang and the CRAN Team"
      .. ..$ Maintainer        : chr "Duncan Temple Lang <duncan@r-project.org>"
      .. ..$ Title             : chr "Tools for Parsing and Generating XML Within R and S-Plus"
      .. ..$ Depends           : chr "R (>= 2.13.0), methods, utils"
      .. ..$ Suggests          : chr "bitops, RCurl"
      .. ..$ SystemRequirements: chr "libxml2 (>= 2.6.3)"
      .. ..$ Description       : chr "Many approaches for both reading and\n        creating XML (and HTML) documents (including DTDs), both local\n        and acces"| __truncated__
      .. ..$ Note              : chr "In version 2.4.0 of this package, a new approach to garbage\ncollection has been implemented and it is experimental. You can\nd"| __truncated__
      .. ..$ URL               : chr "http://www.omegahat.org/RSXML"
      .. ..$ License           : chr "BSD_2_clause + file LICENSE"
      .. ..$ Collate           : chr "AAA.R DTD.R DTDClasses.R DTDRef.R SAXMethods.S XMLClasses.R\napplyDOM.R assignChild.R catalog.R createNode.R dynSupports.R\nerr"| __truncated__
      .. ..$ Packaged          : chr "2015-06-30 12:25:37 UTC; ripley"
      .. ..$ NeedsCompilation  : chr "yes"
      .. ..$ Repository        : chr "CRAN"
      .. ..$ Date/Publication  : chr "2015-06-30 14:32:04"
      .. ..$ Built             : chr "R 3.1.3; x86_64-w64-mingw32; 2015-07-01 22:41:58 UTC; windows"
      .. ..- attr(*, "class")= chr "packageDescription"
      .. ..- attr(*, "file")= chr "D:/MES_DOCUMENTS/R/win-library/3.1/XML/Meta/package.rds"
     - attr(*, "class")= chr "sessionInfo"

  8. #8
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    Par défaut
    Bonjour,
    Les paramètres régionaux du Windows que vous utilisez sont appelés Windows-1252. R n'a aucun moyen de les deviner, on les indique explicitement car par défaut c'est de l'Unicode qui est attendu. Les paquets/bibliothèques/ que vous utilisez ne touchent pas aux paramètres par défaut, le problème ne venait pas de là. Ceci devrait s'exécuter en donnant les bonnes sorties :

    1) dans test_accent.R, mettre la seule instruction
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    cat("\nà â ï î é è ô ü ç\n")
    2) dans l'interpréteur de commandes (IC) de Windows, lancer
    Rscript --encoding=latin1 test_accent.R
    3) dans l'IC de R, lancer
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    source("test_accent.R", encoding = "latin1")
    P.S. Il y a 5 versions de retard entre le R que vous utilisez et la dernière version en date.

  9. #9
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    Bonjour,

    Merci pour tous les retours.

    j'ai donc changé le contenu de test_accent.R en mettant :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    cat("\nà â ï î é è ô ü ç\n")
    j'ai exécuté le code dans l'invite de commandes windows mais j'obtiens toujours des caractères bizarres..
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Rscript --encoding=latin1 test_accent.R
     
    Ã* â ï î é è ô ü ç
    Juste pour mes tests, j'ai alors mis le code suivant dans mon fichier test_accent.R :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("\nà â ï î é è ô ü ç\n")
    cat("first \U00E9 \n")
    require(RStoolbox)
    cat("second \U00E9 \n")
    En mettant --encoding=UTF-8, j'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    à â ï î é è ô ü ç
    first é
    Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
    second Ú
    En mettant --encoding=ISO-8859-1 :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Ã* â ï î é è ô ü ç
    first é
    Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a ÚtÚ compilÚ avec la version R 3.1.3
    second Ú
    La situation paraît difficilement soluble..

  10. #10
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    Le problème me paraît réglé : le bon encodage du fichier est UTF-8. En faisant cat("second \U00E9 \n"), vous manipulez directement les points de code, ce qui devrait être fait en bonne connaissance de cause.

    Pour Windows, dans la console (en trouvant les bonnes options, la machine (virtuelle) à ma disposition étant configurée différemment de la vôtre)

    1) changer les fontes :
    Properties ⟶ Font ⟶ Lucida Console ⟶ OK ;

    2) saisir la commande (CMD.exe, pas R)
    chcp
    afin de voir la page de code actuelle ;

    3) saisir la commande
    chcp 65001
    pour passer à l'Unicode ; trouver le bon chiffre pour tout autre encodage.

    Quant à R, on peut faire une vérification supplémentaire de l'encodage du fichier : que donne en sortie les instructions suivantes, exécutées avec Rscript --encoding=UTF-8 test_accent.R ?
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    library("stringi")
    xxx <- "\nÉ È é ù ç à\n"
    yyy <- stri_enc_detect(xxx)
    str(yyy)
    cat("\n", yyy[[1L]]$Encoding, "\n", xxx, "\n")
    require(RStoolbox)
    vvv <- "\nà â ï î é è ô ü ç\n"
    www <- stri_enc_detect(vvv)
    cat("\n\n")
    str(www)
    cat("\n\n", vvv, "\n", www[[1L]]$Encoding, "\n")

  11. #11
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    J'ai changé la police en Lucida Console.

    j'ai appliqué chcp 65001

    J'ai rajouté dans le script test_accent.R la ligne permettant d'afficher les accents car ce qui pose souci, c'est lorsque la librairie RStoolbox est chargée, consécutivement à laquelle lesaccents s'affichent mal..

    Le code de test_accent.R :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    library("stringi")
    xxx <- "\nÉ È é ù ç à\n"
    yyy <- stri_enc_detect(xxx)
    str(yyy)
    cat("\n", yyy[[1L]]$Encoding, "\n", xxx, "\n")
    require(RStoolbox)
    vvv <- "\nà â ï î é è ô ü ç\n"
    www <- stri_enc_detect(vvv)
    cat("\n\n")
    str(www)
    cat("\n", yyy[[1L]]$Encoding, "\n", xxx, "\n")
    le résultat :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Message d'avis :
    le package 'stringi' a été compilé avec la version R 3.1.3
    List of 1
     $ :List of 3
      ..$ Encoding  : chr [1:6] "KOI8-R" "ISO-8859-1" "ISO-8859-7" "windows-1251" ..
    .
      ..$ Language  : chr [1:6] "ru" "fr" "el" "ru" ...
      ..$ Confidence: num [1:6] 0.42 0.21 0.21 0.21 0.1 0.1
     
     KOI8-R ISO-8859-1 ISO-8859-7 windows-1251 UTF-16BE UTF-16LE
     
    É È é ù ç à
     
    Le chargement a nécessité le package : RStoolbox
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a �t� compil� avec la version R 3.1.3
     
     
    List of 1
     $ :List of 3
      ..$ Encoding  : chr [1:6] "ISO-8859-7" "windows-1251" "ISO-8859-1" "KOI8-R" ..
    .
      ..$ Language  : chr [1:6] "el" "ru" "fr" "ru" ...
      ..$ Confidence: num [1:6] 0.3 0.3 0.15 0.15 0.1 0.1
     
     KOI8-R ISO-8859-1 ISO-8859-7 windows-1251 UTF-16BE UTF-16LE
     
    � � � � � �
    Voilà donc le résultat
    C'est assez mystérieux

  12. #12
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    Il y a une fuite de mémoire lors du chargement de RStoolbox. Voici comment la détecter avec Valgrind (sur ma machine, il y a du Linux, je n'ai pas essayé Valgrind sur Windows).

    1) script « normal » : normal.R
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    2) script bogué : bogué.R
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    require("RStoolbox")
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    3) Appels de Valgrind
    Code bash : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    R -d "valgrind --leak-check=full --show-reachable=yes --xml=yes --xml-file=valgrind_out_good.xml" -f normal.R
    R -d "valgrind --leak-check=full --show-reachable=yes --xml=yes --xml-file=valgrind_out.xml" -f bogué.R

    4) Très bref résumé des sorties de Valgrind
    Code bash : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    grep '<kind>' valgrind_out.xml valgrind_out_good.xml | uniq
    valgrind_out.xml:  <kind>Leak_StillReachable</kind>
    valgrind_out.xml:  <kind>Leak_DefinitelyLost</kind>
    valgrind_out.xml:  <kind>Leak_StillReachable</kind>
    valgrind_out.xml:  <kind>Leak_PossiblyLost</kind>
    valgrind_out.xml:  <kind>Leak_StillReachable</kind>
    valgrind_out_good.xml:  <kind>Leak_StillReachable</kind>
    valgrind_out_good.xml:  <kind>Leak_PossiblyLost</kind>
    valgrind_out_good.xml:  <kind>Leak_StillReachable</kind>
    Leak_DefinitelyLost est une fuite de mémoire assez grave pour être ignorée. Peut-être que l'erreur de l'encodage ne vient pas de cette fuite, mais il faudrait quand même la corriger avant de continuer à utiliser le paquet. Je vous propose donc d'ouvrir un ticket sur le dépôt de RStoolbox afin de signaler le bogue, tout en indiquant que vous avez rencontré également l'erreur d'encodage.

  13. #13
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    Bonjour,

    je vous remercie pour tout ce suivi.

    Je viens de poster l'issue sur le site :
    https://github.com/bleutner/RStoolbox/issues/5

    J'ai remarqué que ce problème d'accent apparaissait également pour le paquet igraph. Si ce pb avait la même origine que pour RSToolbox, cela pourrait être assez grave, étant donnée la popularité d'igraph.

    Je considère le post comme résolu

    Merci

  14. #14
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    De rien !
    Après une analyse des journaux générés hier, il s'avère que le bogue ne vient pas de RStoolbox mais plutôt de rgeos, un paquet importé dans l'espace des noms de RStoolbox. Je viens d'ouvrir un ticket sur GEOS. Vous pourrez donc signaler cela à Benjamin dans le rapport de bougue que vous avez rédigé tout en lui notifiant que l'issue a été rapportée au bon endroit ; URL : http://trac.osgeo.org/geos/ticket/767
    P.S. Vous pouvez également marquer cette discussion comme résolue.

  15. #15
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    Bonjour Matthieu,
    J'ai suivi la discussion que vous avez eu avec Benjamin (le mainteneur de RStoolbox) sut GitHub et dans l'entretemps, Roger (le mainteneur de rgeos) et moi avons échangé par emails interposés car là où j'avais rapporté l'erreur n'était pas le bon endroit. En commun accord avec Roger, je reproduis ici les échanges que nous avons eu. Mais tout d'abord, voici la partie publique des discussions sur GEOS. À noter que GEOS est un ensemble d'outils écrits en C++ tandis que rgeos en est le port (binding) dans R.

    Échanges publics
    philae (mon pseudo sur l'outil de suivi des bogues)
    Thu Feb 4 01:59:22 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007397.html

    Roger
    Thu Feb 4 14:15:27 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007398.html

    Roger
    Thu Feb 4 14:30:23 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007399.html

    Sandro Santilli (un développeur de GEOS)
    Thu Feb 4 23:55:39 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007400.html

    Roger
    Fri Feb 5 00:38:19 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007406.html

    strk (un développeur de GEOS)
    Fri Feb 5 01:40:13 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007407.html

    philae
    Fri Feb 5 03:06:44 PST 2016
    http://lists.osgeo.org/pipermail/geo...ry/007408.html



    Les mails avec Roger

    Eric (votre serviteur)
    Fri 2/05/16 1:00 PM

    Dear Roger,

    This is a second attempt to reply to your first message, hoping it will be delivered in plain text. Below is the verbatim of my first message, slightly edited:

    I was reacting to this message: https://lists.osgeo.org/pipermail/ge...ry/007399.html

    First of all, I thought that the bug tracker would also be the right place to report about rgeos issues, since it is part of the package DESCRIPTION's file on the same line as your email address. I am sorry for the confusion my first message generated.

    I did not personally encounter a bug while using rgeos. I was rather helping an indirect user of the package who was seeking for help on a francophone forum, namely here: (1)

    The person is attaching a CRAN package, RStoolbox, that imports rgeos into its namespace. Before attaching RStoolbox, he could print accented characters, for instance using cat and, until that point everything was fine. But then after RStoolbox had been attached, accents formatting was lost. The locale on that machine was:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252
    R is running there on a Windows 64 bits. I suggested him to look at the encoding of CMD.exe as well as setting the "--encoding=" option of Rscript, which were the ways his code was ran. He tried latin1 and UTF-8 as values of the encoding option; it came out UTF-8 was the right file encoding, but he still had formatting clashes after attaching RStoolbox.

    After all of that, I debugged his code using Valgrind on a Fedora machine which ended with the memory leak I brought on the bug tracker. The Valgrind logs indicated the leak actually occurred in rgeos and not in RStoolbox. In the meantime, the user I was helping had contacted the RStoolbox's maintainer, please refer to (2) for details. Fair enough, the maintainer replied to him to rather refer to upstream, i.e rgeos maintainers.

    To sum up everything:
    • a Windows (64 bits) user, in a Latin-1 locale, is having trouble with accents characters. The culprit for the mis-formatting seems to be something happening when RStoolbox is attached on the R search path.
    • I am using a Fedora machine. I can't reproduce his bug. I asked Valgrind to tell what might be happening using memcheck, cachegrind, callgrind, helgrind, drd, etc. and thus far, only memcheck complained about something wrong, that being the leakage involved in the current thread.


    The original debugged code was:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n") #L1
    library("RStoolbox") #L2
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n") #L3
    The Windows user reported that L1 was displayed as expected and L3 wasn't. All the discussion is publicly available at (1) in French. I am not sure the encoding issue is triggered by that memory leak. All I can say is a bit strange about the above code, provided the OS and R have the same settings as that user's, is the memory leak regardless of its smallness. Maybe its fix would come with the side effect of not ruining the user's locale settings.

    Best wishes,
    Eric.

    (1) http://www.developpez.net/forums/d15...-accent-aigue/
    (2) https://github.com/bleutner/RStoolbox/issues/5

    P.S. Another confused situation Roger wrote about was the "philae" name: that is the pseudonym I chose on the bug tracker.



    Roger
    Fri 2/05/16 3:41 PM

    Dear Eric,

    Replying off-list.

    On Windows 7 with (apologies for malformed formatting in outlook webmail):

    R version 3.2.3 (2015-12-10)
    Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
    Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
    locale:
    [1] LC_COLLATE=French_France.1252 LC_CTYPE=French_France.1252 
    [3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C 
    [5] LC_TIME=French_France.1252 
    attached base packages:
    [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base 
    other attached packages:
    [1] RStoolbox_0.1.4
    loaded via a namespace (and not attached):
    [1] Rcpp_0.12.3 raster_2.5-2 magrittr_1.5 splines_3.2.3 
    [5] MASS_7.3-45 doParallel_1.0.10 munsell_0.4.2 geosphere_1.5-1 
    [9] colorspace_1.2-6 lattice_0.20-33 foreach_1.4.3 minqa_1.2.4 
    [13] stringr_1.0.0 car_2.1-1 plyr_1.8.3 tools_3.2.3 
    [17] parallel_3.2.3 nnet_7.3-12 pbkrtest_0.4-6 caret_6.0-64 
    [21] grid_3.2.3 gtable_0.1.2 nlme_3.1-124 mgcv_1.8-11 
    [25] quantreg_5.19 rgeos_0.3-15 MatrixModels_0.4-1 iterators_1.0.8 
    [29] lme4_1.1-10 Matrix_1.2-3 nloptr_1.0.4 reshape2_1.4.1 
    [33] ggplot2_2.0.0 codetools_0.2-14 sp_1.2-1 stringi_1.0-1 
    [37] scales_0.3.0 XML_3.98-1.3 stats4_3.2.3 SparseM_1.7 
    the problem is not present and cannot be reproduced. I'm running:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    Sys.setlocale(locale="French_France.1252")
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    cat("\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n")
    à â ï î é è ô ü ç
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    target
    [1] "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    à â ï î é è ô ü ç
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    library(RStoolbox)
    cat(target)
    à â ï î é è ô ü ç
    in the GUI. My Windows locale is also CP1252, so I'm setting to French_France to match the thread on developpez.net.

    I also back-transformed the reported output:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    t1 <- "Ã* â ï î é è ô ü ç"
    t1
    [1] "Ã* â ï î é è ô ü ç"
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    Encoding(t1) <- "UTF-8"
    t1
    [1] "\xc3* â ï î é è ô ü ç"
    so with the exception of the first character a grave (probably miscoded somewhere with * (hex 2a) rather than hex a0), it is being pushed to UTF-8.

    The only difference I can see is that I do not get the startup message about RStoolbox being compiled under an earlier version of R.

    I also ran:

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    Sys.setlocale(locale="French_France.1252")
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    target
    [1] "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    à â ï î é è ô ü ç
    rgeos version: 0.3-15, (SVN revision 515)
    GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921 
    Linking to sp version: 1.2-1 
    Polygon checking: TRUE 
    à â ï î é è ô ü ç
    and once again no problem.

    I am not seeing a difference in Rscript either for test.R:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Sys.setlocale(locale="French_France.1252")
    Sys.getlocale()
    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    cat(target)
    library(rgeos)
    cat(target)
    quit("no")
    C:\Users\rsb\Documents>"C:/Program Files/R/R-3.2.3/bin/x64/Rscript.exe" test.R
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=French_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    
    à â ï î é è ô ü ç
    rgeos version: 0.3-15, (SVN revision 515)
    GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921
    Linking to sp version: 1.2-1
    Polygon checking: TRUE
    
    à â ï î é è ô ü ç
    So I'm not sure what is happening here. Please consider updating the thread on developpez.net. The original questioner should anyway update packages to the version of R that is being used, which would remove the warning message (the first use of an errant charset).

    Best wishes,

    Roger

    --
    Roger Bivand
    Norwegian School of Economics
    Helleveien 30, 5045 Bergen, Norway
    Roger.Bivand@nhh.no



    Eric
    Fri 2/05/16 6:40 PM

    Dear Roger, All that hard work you did to reproduce the Windows workflow, that's great! Thank you so much. And the formatting is OK. So if you please, I would like to just copy-paste your answer to the thread on developpez.net. Would you bother if I did so ?

    If you are fluent in French, you can see that in (1) Matthieu (the user) gave three days ago extensive sessionInfo and that I (juliatheric) subsequently warned him in (2) his R was lagging five versions behind the mainline release. The packages are too old to as shown in the enclosed "versionData.tab" file [au lieu de mettre en pièce jointe le fichier en question, je recopie ici son contenu].
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    PackageName	MatthieuVersion	RogerVersion	Mat_vs_Rog
    RStoolbox	0.1.1	0.1.4	Mat < Rog
    Rcpp_0.12.3	0.12.0	0.12.3	Mat < Rog
    raster	2.3-40	2.5-2	Mat < Rog
    magrittr	1.5	1.5	Mat = Rog
    splines	3.1.2	3.2.3	Mat < Rog
    MASS	7.3-35	7.3-45	Mat < Rog
    doParallel	1.0.8	1.0.10	Mat < Rog
    munsell	0.4.2	0.4.2	Mat = Rog
    geosphere	1.4-3	1.5-1	Mat < Rog
    colorspace	1.2-6	1.2-6	Mat = Rog
    lattice	0.20-29	0.20-33	Mat < Rog
    foreach	1.4.2	1.4.3	Mat < Rog
    minqa	1.2.4	1.2.4	Mat = Rog
    stringr	1.0.0	1.0.0	Mat = Rog
    car	2.0-25	2.1-1	Mat < Rog
    plyr	1.8.3	1.8.3	Mat = Rog
    tools	3.1.2	3.2.3	Mat < Rog
    parallel	3.1.2	3.2.3	Mat < Rog
    nnet	7.3-8	7.3-12	Mat < Rog
    pbkrtest	0.4-2	0.4-6	Mat < Rog
    caret	6.0-57	6.0-64	Mat < Rog
    grid	3.1.2	3.2.3	Mat < Rog
    gtable	0.1.2	0.1.2	Mat = Rog
    nlme	3.1-118	3.1-124	Mat < Rog
    mgcv	1.8-3	1.8-11	Mat < Rog
    quantreg	5.19	5.19	Mat = Rog
    rgeos	0.3-8	0.3-15	Mat < Rog
    MatrixModels	0.4-1	0.4-1	Mat = Rog
    iterators	1.0.7	1.0.8	Mat < Rog
    lme4	1.1-10	1.1-10	Mat = Rog
    Matrix	1.2-2	1.2-3	Mat < Rog
    nloptr	1.0.4	1.0.4	Mat = Rog
    reshape2	1.4.1	1.4.1	Mat = Rog
    ggplot2	1.0.1	2.0.0	Mat < Rog
    codetools	0.2-9	0.2-14	Mat < Rog
    sp	1.0-17	1.2-1	Mat < Rog
    stringi	0.5-5	1.0-1	Mat < Rog
    scales	0.2.5	0.3.0	Mat < Rog
    XML	3.98-1.3	3.98-1.3	Mat = Rog
    stats4	3.1.2	3.2.3	Mat < Rog
    SparseM	1.7	1.7	Mat = Rog
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    versionData <- read.delim("versionData.tab", quote = "", stringsAsFactors = FALSE)
    table(versionData$Mat_vs_Rog)
    Mat < Rog Mat = Rog
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    Matthieu should update his packages and everything will be fine since you reproduced his entire environment and locale settings remained as they had been before. Once more, thank you so much.

    The best,
    Eric.

    (1) http://www.developpez.net/forums/d15...e/#post8520099
    (2) http://www.developpez.net/forums/d15...e/#post8520288



    Roger
    Fri 2/05/16 8:29 PM

    > Dear Roger,
    >
    > All that hard work you did to reproduce the Windows workflow, that's
    > great! Thank you so much. And the formatting is OK. So if you please, I
    > would like to just copy-paste your answer to the thread on
    > developpez.net. Would you bother if I did so ?

    Of course - followers of the thread will benefit from a resolution.
    However, please ask that Matthieu confirms that this does resolve the
    problem for him after upgrading.

    >
    > If you are fluent in French, you can see that in (1) Matthieu (the user)
    > gave three days ago extensive sessionInfo and that I (juliatheric)
    > subsequently warned him in (2) his R was lagging five versions behind
    > the mainline release. The packages are too old to as shown in the
    > enclosed "versionData.tab" file.

    Not fluent, but the code helped to follow the arguments. The charset
    switching is still odd. I tried to install rgeos from R 3.0 and 3.1 in R
    3.2.3 to see if I could generate the warnings without success, so it
    wasn't a complete reconstruction.

    >> table(versionData$Mat_vs_Rog)
    > Mat < Rog Mat = Rog
    > 27 14
    >
    > Matthieu should update his packages and everything will be fine since
    > you reproduced his entire environment and locale settings remained as
    > they had been before. Once more, thank you so much.
    >

    I do try to check reported issues, as this would have been serious. We see
    some valgrind false positives when it takes snapshots as optimized code
    exits, and R's garbage collector can I believe confuse it. All CRAN
    package C/C++ code is also run through clang, which is much less forgiving
    than gcc - rgeos is clean there:

    https://cran.r-project.org/web/check...lts_rgeos.html

    (the error for osx-mavericks is because of missing GEOS on the testing
    system).

    Best wishes,

    Roger

    > The best,
    > Eric.
    >
    > (1) http://www.developpez.net/forums/d15...e/#post8520099
    > (2) http://www.developpez.net/forums/d15...e/#post8520288

    --
    Roger Bivand
    Department of Economics, Norwegian School of Economics,
    Helleveien 30, N-5045 Bergen, Norway.
    voice: +47 55 95 93 55; fax +47 55 95 91 00
    e-mail: Roger.Bivand@nhh.no
    http://orcid.org/0000-0003-2392-6140
    https://scholar.google.no/citations?...hB0AAAAJ&hl=en
    http://depsy.org/person/434412



    Alors, je vous propose de mettre à jour
    1. R si ce n'est déjà fait, en téléchargeant le dernier binaire en date et en désinstallant l'ancien ;
    2. tous vos paquets en lançant la commande

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    update.packages(ask = FALSE)
    Il existe des outils qui automatisent les deux étapes, mais peut-être que vous avez d'autres habitudes. L'essentiel est qu'à la fin, les sorties de sessionInfo() sur votre machine devraient être les mêmes que celles obtenues sur celle de Roger. Comme vous l'avez lu, ce dernier est très intéressé de savoir ce que donnera en sortie le code qui échouait une fois que les mises à jour auront été faites. Merci d'indiquer donc ces sorties.

    Bon weekend,
    Eric.

    P.S. J'espère que les modératrices & modérateurs auront la mansuétude de tolérer ce pavé comportant de larges portions écrites dans une autre langue que le français. À mon avis, la sollicitude de Roger oblige. Pour information, Roger BIVAND, en plus de sa très brève présentation faite au début de ce message, est aussi membre de la fondation R (ça sent peut-être l'argument d'autorité mais j'ai noté utile de le signaler).

  16. #16
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    Par défaut
    Bonjour,

    J'ai MAJ R, ainsi que mes librairies.

    J'ai créé un script avec le code de Roger Bivand, avec en plus un petit sessionInfo() :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    Sys.setlocale(locale="French_France.1252")
    Sys.getlocale()
    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    cat(target)
    library(RStoolbox)
    print(sessionInfo())
    cat(target)
    quit("no")
    J'ai lancé la commande avec R nouvelle version :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    C:\R\R-3.2.3\bin\rscript test_accent.R
    Et j'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=Frenc
    h_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
    [1] "LC_COLLATE=French_France.1252;LC_CTYPE=French_France.1252;LC_MONETARY=Frenc
    h_France.1252;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=French_France.1252"
     
     
    à â ï î é è ô ü ç
     
    R version 3.2.3 (2015-12-10)
    Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
    Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
     
    locale:
    [1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252
    [3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C
    [5] LC_TIME=French_France.1252
     
    attached base packages:
    [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base
     
    other attached packages:
    [1] RStoolbox_0.1.4
     
    loaded via a namespace (and not attached):
     [1] Rcpp_0.12.3        raster_2.5-2       magrittr_1.5       splines_3.2.3
     
     [5] MASS_7.3-45        doParallel_1.0.10  munsell_0.4.2      geosphere_1.5-1
     
     [9] colorspace_1.2-6   lattice_0.20-33    foreach_1.4.3      minqa_1.2.4
     
    [13] stringr_1.0.0      car_2.1-1          plyr_1.8.3         tools_3.2.3
     
    [17] parallel_3.2.3     nnet_7.3-12        pbkrtest_0.4-6     caret_6.0-64
     
    [21] grid_3.2.3         gtable_0.1.2       nlme_3.1-124       mgcv_1.8-11
     
    [25] quantreg_5.19      rgeos_0.3-15       MatrixModels_0.4-1 iterators_1.0.8
     
    [29] lme4_1.1-10        Matrix_1.2-3       nloptr_1.0.4       reshape2_1.4.1
     
    [33] ggplot2_2.0.0      codetools_0.2-14   sp_1.2-2           stringi_1.0-1
     
    [37] methods_3.2.3      scales_0.3.0       XML_3.98-1.3       stats4_3.2.3
     
    [41] SparseM_1.7
     
     
    Ó Ô ´ ¯ Ú Þ ¶ ³ þ
    Par contre, pas de souci rencontré avec rgeos où tous les accents s'affichent bien, y compris avec la version précédente de R que j'avais, la 3.1.2

    Je penche donc plus sur un souci localisé au niveau de RStoolbox, peut-être non liée à la fuite de mémoire révélée par valgrind.

  17. #17
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    Bonjour,
    Pourriez-vous faire une série de vérifications supplémentaires avant d'envisager d'autres solutions ?

    1) Afin de s'assurer que tous les packages de toutes les libraries ont été mis à jour :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    chooseCRANmirror() # Choisir le 0-Cloud
    upgrade(packageStatus(), ask = FALSE)
    2) Dans CMD.exe, ne pas oublier de changer le point de code en UTF-8 (ça permet de réutiliser de façon reproductible les sorties lors du débogage même quand elles n'ont pas été bien affichées) :

    3) Sans toucher aux paramètres régionaux de R, relancer Rscript --encoding=UTF-8 test_accent.Rtest_accent.R contient le code suivant :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    cat(target)
    library("RStoolbox")
    cat(target)
    print(sessionInfo())
    Qu'avez-vous en sortie ?

  18. #18
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    Par défaut
    Voilà ce que j'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    rscript test_accent.R
     
     
    à â ï î é è ô ü ç
     
    Message d'avis :
    le package 'RStoolbox' a �t� compil� avec la version R 3.1.3
     
     
    � � � � � � � � �
     
    R version 3.1.2 (2014-10-31)
    Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
     
    locale:
    [1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252
    [3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C
    [5] LC_TIME=French_France.1252
     
    attached base packages:
    [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base
     
    other attached packages:
    [1] RStoolbox_0.1.4
     
    loaded via a namespace (and not attached):
     [1] car_2.0-25         caret_6.0-64       codetools_0.2-14   colorspace_1.2-6
     
     [5] doParallel_1.0.10  foreach_1.4.3      geosphere_1.5-1    ggplot2_2.0.0
     
     [9] grid_3.1.2         gtable_0.1.2       iterators_1.0.8    lattice_0.20-33
     
    [13] lme4_1.1-10        magrittr_1.5       MASS_7.3-45        Matrix_1.2-3
     
    [17] MatrixModels_0.4-1 methods_3.1.2      mgcv_1.8-11        minqa_1.2.4
     
    [21] munsell_0.4.2      nlme_3.1-124       nloptr_1.0.4       nnet_7.3-12
     
    [25] parallel_3.1.2     pbkrtest_0.4-4     plyr_1.8.3         quantreg_5.19
     
    [29] raster_2.5-2       Rcpp_0.12.3        reshape2_1.4.1     rgeos_0.3-15
     
    [33] scales_0.3.0       sp_1.2-2           SparseM_1.7        splines_3.1.2
     
    [37] stats4_3.1.2       stringi_1.0-1      stringr_1.0.0      tools_3.1.2
     
    [41] XML_3.98-1.3


    Je pense qu'à défaut de réussir à résoudre ça, autant passer la main au dév de RStoolbox d'autant plus qu'il est courant du souci.

    J'ai mis tous mes print avec des e sans accent. Ce n'est pas grave

  19. #19
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    Bonjour,
    Vous n'avez pas fait toutes les mises à jour. La situation attendue était que
    1. R soit mis à jour ;
    2. les paquets le soient également.

    Vous avez accompli le deuxième point mais pas le premier. La version à jour de R est 3.2.3. De votre côté, il y a encore la 3.1.2. Avant que les mainteneurs des paquets ne soient re-contactés, veuillez encore une fois
    1. télécharger et ré-installer R, par exemple à partir d'ici : https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
    2. dans le nouvel environnement de R, évaluer

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    chooseCRANmirror() # Choisir le 0-Cloud
    upgrade(packageStatus(), ask = FALSE)
    target <- "\n\nà â ï î é è ô ü ç\n\n"
    cat(target)
    library("RStoolbox")
    cat(target)
    print(sessionInfo())

  20. #20
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    Bonjour,

    Oui, autant pour moi, c'est juste que j'avais oublié de mettre la dernière version dans le PATH..

    J'ai donc relancé les commandes de mise à jour, mis chcp 65001 dans la fenêtre DOS

    Et j'obtiens :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    C:\R\R-3.2.3\bin\Rscript.exe test_accent.R
     
     
    à â ï î é è ô ü ç
     
     
     
    � � � � � � � � �
     
    R version 3.2.3 (2015-12-10)
    Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
    Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1
     
    locale:
    [1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252
    [3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C
    [5] LC_TIME=French_France.1252
     
    attached base packages:
    [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base
     
    other attached packages:
    [1] RStoolbox_0.1.4
     
    loaded via a namespace (and not attached):
     [1] Rcpp_0.12.3        raster_2.5-2       magrittr_1.5       splines_3.2.3
     
     [5] MASS_7.3-45        doParallel_1.0.10  munsell_0.4.2      geosphere_1.5-1
     
     [9] colorspace_1.2-6   lattice_0.20-33    foreach_1.4.3      minqa_1.2.4
     
    [13] stringr_1.0.0      car_2.1-1          plyr_1.8.3         tools_3.2.3
     
    [17] parallel_3.2.3     nnet_7.3-12        pbkrtest_0.4-6     caret_6.0-64
     
    [21] grid_3.2.3         gtable_0.1.2       nlme_3.1-124       mgcv_1.8-11
     
    [25] quantreg_5.19      rgeos_0.3-15       MatrixModels_0.4-1 iterators_1.0.8
     
    [29] lme4_1.1-10        Matrix_1.2-3       nloptr_1.0.4       reshape2_1.4.1
     
    [33] ggplot2_2.0.0      codetools_0.2-14   sp_1.2-2           stringi_1.0-1
     
    [37] methods_3.2.3      scales_0.3.0       XML_3.98-1.3       stats4_3.2.3
     
    [41] SparseM_1.7

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