Discussion :

[Florence Magnin]

Bonjour,

cette discussion fait suite à une première discussion ouverte il y a quelques jours mais qui n'a pas trouvé réponse

je trace une courbe dont l'axe est en format POSIXct et correspond à chaque jour d'une année civile, entre le 01/01 et 31/12, et dont l'axe y sont des valeurs numériques oscillant entre 0 et 0.6 au cours du temps.

J'aimerai que l'espace entre la courbe et l'axe x soit rempli de couleur lorsque y est > 0.

Je suppose qu'il faut utiliser la fonction polygon, mais visiblement je m'y prends mal car ça ne rempli pas là où j'aimerais.

Si je fais:

Code :

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polygon(x,y,col="red")

ça me rempli au-dessus de la courbe

Comment faire pour que l'aplat de couleur soit situé sous la courbe?

Merci d'avance pour vos conseils.

[Haache]

Bonjour Florence Magnin
J'ai bien compris le problème. J'ai eu la même difficulté sur Tikz mais j'ai finalement trouvé une issue. Je pense bien qu'elle peut marcher aussi ici. Quoique c'est une proposition. D'autres peuvent avoir une meilleure solution.

Le problème est que R relie ton premier point au dernier pour créer un espace fermé dont il colore l'intérieur. Ce n'est pas qu'il colore le dessus. Non!
Pour contourner le problème essaie juste de créer deux points fictifs. Un point au 01/01 ayant pour ordonnée 0 et un point au 31/12 ayant pour ordonnée 0. Ce faisant l'espace fermé qui sera créé va correspondre à ce que tu veux et l'intérieur sera colorié.

Je ne sais pas si je me fais comprendre mais ça marche.

[juliatheric]

Bonjour,
Au risque de paraître avoir développé un tropisme pro-ggplot2, je recommande de carrément délaisser le système traditionnel de graphiques, i.e. tout le package graphics dont la fonction polygon fait partie, sauf pour certains cas spéciaux.. À la place, préférer le système de treillis, c.-à.-d package grid et ses dérivés, dont ggplot2. Voir help("graphics-package") et help("grid-package", package = "grid").
Au premier abord, cela pourrait paraître comme une aberration étant donné que graphics est non seulement installé et attaché par défaut mais aussi constitue sans doute le système le plus documenté & enseigné. Cette digression mise à part, voici une proposition de solution.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(ggplot2)
library(gridExtra)
 
tmp <- as.POSIXct(strptime(paste("2015", month.name, "01", sep = "-"), "%Y-%B-%d"))
 
eg <- data.frame(stretch = tmp, values = runif(length(tmp), .0, .6))
 
drawing <- ggplot(data = eg, aes(x = stretch, y = values)) +
    geom_line() +
    scale_x_datetime()
 
hatched_drawing <- ggplot(data = eg, aes(x = stretch, y = values)) +
    geom_area(fill = "darkorange") +
    scale_x_datetime()
 
print(drawing)
print(hatched_drawing)
grid.arrange(drawing, hatched_drawing, ncol = 2L)

[Florence Magnin]

Bonjour et merci pour vos réponses!

Pour répondre à Haache, en effet je m'étais mal exprimée mais j'avais à peu près compris mon problème. J'avais essayé en créant en vecteur de valeurs 0 pour les 365 jours de l'année, mais sans succès. Je vais donc essayé votre solution.

En attendant j'ai essayé la solution de juliatheric qui paraît très intéressante mais j'ai quelques difficultées.
La première est que j'obtiens une erreur que j'ai du mal à cerner:

Code :

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Error in rename(x, .base_to_ggplot, warn_missing = FALSE) : 
  could not find function "revalue"

Pouvez-vous m'éclairer?

Merci d'avance!

[juliatheric]

Veuillez indiquer les sorties de ceci :

Code :

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sessionInfo()
 
packageVersion("ggplot2")

[Florence Magnin]

Voilà les sorties, en espérant que ça vous aide pour que je puisse comprendre:

Code :

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> sessionInfo()
R version 2.14.2 (2012-02-29)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
 
locale:
[1] LC_COLLATE=French_France.1252  LC_CTYPE=French_France.1252   
[3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=French_France.1252    
 
attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
 
other attached packages:
[1] gridExtra_0.9.1 ggplot2_0.9.3.1
 
loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-1   dichromat_2.0-0    digest_0.6.3       gtable_0.1.2      
 [5] labeling_0.1       MASS_7.3-17        munsell_0.4        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-10       RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.2     scales_0.2.3      
[13] stringr_0.6.2      tools_2.14.2      
> packageVersion("ggplot2")
[1] ‘0.9.3.1’

>

[juliatheric]

Alors, le problème rapporté dans le message #4 est dû à une version très ancienne de ggplot2.

• La version sur votre machine : 0.9.3.1
• La dernière version en date : 2.0.0

Cela dit en passant, la version de R lui-même est très ancienne. Si vous n'avez pas des raisons très contraignantes qui vous font utiliser R v.2.14.2, passez à la dernière version en date (3.2.3) en réinstallant R.

Mais dans le cas de l'exemple du message #3, vous pouvez garder l'ancienne version de R et mettre à jour seulement ggplot2. En effet, les dépendances de ce dernier sont définies ainsi :

Depends:            R (>= 2.14)

Donc la version 2.14.2 devrait le faire à condition que les packages que ggplot2 importent soient eux aussi compatibles avec elle. Voici comment faire les mises à jour de tous les packages obsolètes :

Code :

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# choisir le site miroir à partir duquel faire les MàJ ;
# le miroir le plus à jour est le "0-Cloud" mais il n'est pas nécessairement le plus rapide du point de vue débit
chooseCRANmirror()
 
# la MàJ à proprement parler
upgrade(packageStatus(), ask = FALSE)

Après cela, revérifier si packageVersion("ggplot2") vous donne une version à jour ; si c'est le cas, l'erreur que vous obteniez devrait disparaître.

[Florence Magnin]

Bonsoir,

ça avance, mais j'ai toujours quelques difficultés.
Pour commencer, j'ai mis à jour ma version de R, il était temps! Et je n'obtiens plus les mêmes erreurs.
J'ai essayé d'adapter vos propositions avec ggplot2 à mes données, mais étant donné que j'accumulais les messages d'erreur, j'ai essayé avec vos propositions telles quelles et voici les erreurs:

Code :

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> library(ggplot2)
> library(gridExtra)
> tmp <- as.POSIXct(strptime(paste("2015", month.name, "01", sep = "-"), "%Y-%B-%d"))
> 
> eg <- data.frame(stretch = tmp, values = runif(length(tmp), .0, .6))
> 
> drawing <- ggplot(data = eg, aes(x = stretch, y = values)) +
+     geom_line() +
+     scale_x_datetime()
> 
> hatched_drawing <- ggplot(data = eg, aes(x = stretch, y = values)) +
+     geom_area(fill = "darkorange") +
+     scale_x_datetime()
> 
> print(drawing)
Error in seq.int(0, to0 - from, by) : 'to' cannot be NA, NaN or infinite
> print(hatched_drawing)
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'rversion' not found
Graphics error: Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'rversion' not found
 
Error in matrix(value, n, p) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
In addition: Warning message:
Removed 12 rows containing missing values (position_stack). 
> grid.arrange(drawing, hatched_drawing, ncol = 2L)
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'rversion' not found
Graphics error: Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'rversion' not found
 
Error in seq.int(0, to0 - from, by) : 'to' cannot be NA, NaN or infinite

N'y a-t'il pas encore des problèmes de compatibilité (entre autres)?

Merci d'avance, et encore une fois pour votre aide, si toutefois vous savez qu'elle peut être la cause de telles erreurs!

J'attends votre réponse avec impatience, en espérant qu'on trouvera la solution!

[juliatheric]

Bonjour,
Cette fois-ci, le problème vient du périphérique ou pilote de dessin ("graphic device" dans le jargon de R). Il est très probable que vous n'utilisez R ni sur la ligne de commandes ni sur l'interface installée avec R sous Windows (d'après Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit), vous êtes sur un Windows 64 bits). Il me semble alors que vous utilisez RStudio. Deux solutions alternatives :

1. réessayer avec les outils natifs de R, i.e. l'interface installée avec ou la ligne de commande ;
2. vérifier que vous avez une version à jour de RStudio, sa dernière version en date étant 0.99.489 : si ce n'est pas le cas, le mettre à jour lui aussi et réessayer.

[Florence Magnin]

Bonsoir,


merci pour votre aide et les efforts pour essayer de résoudre le problème.
J'ai également installé la dernière version de Rstudio, mais que ce soit dans Rstudio ou les outils natifs de R (dernière version installée), les messages d'erreur sont les mêmes (légèrement différents des premiers).

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> print(drawing)
Error in seq.int(0, to0 - from, by) : 'to' cannot be NA, NaN or infinite
> print(hatched_drawing)
Error in matrix(value, n, p) : 
  'data' must be of a vector type, was 'NULL'
In addition: Warning message:
Removed 12 rows containing missing values (position_stack). 
> grid.arrange(drawing, hatched_drawing, ncol = 2L)
Error in seq.int(0, to0 - from, by) : 'to' cannot be NA, NaN or infinite

Une idée de l'origine du problème?

Merci!

[Haache]

Bonjour et merci pour vos réponses!

Pour répondre à Haache, en effet je m'étais mal exprimée mais j'avais à peu près compris mon pb. J'avais essayé en créant en vecteur de valeurs 0 pour els 365 jours de l'année, mais sans succès. Je vais donc essayé votre solution.

En attendant j'ai essayé la solution de juliatheric qui paraît très intéressante mais j'ai quelques difficultées.
La première est que j'obtiens une erreur que j'ai du mal à cerner:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Error in rename(x, .base_to_ggplot, warn_missing = FALSE) : 
  could not find function "revalue"

Pouvez-vous m'éclairer?

Merci d'avance!

Non ce n'est pas la même chose. Je serai plus compréhensif. Je ne dis pas e créer un vecteur de 0.
Bref deux variables x et y comme suit:

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 x=1:20; y=rnorm(20,mean=6)

Je vais d'abord créer l'espace

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plot(x,y,xlim=c(1,max(x)),ylim=c(0,max(y)),pch=" ")

Je vais donc tracer le polygone comme tu le souhaite
Je vais juste compléter un point de coordonnées (1,0) au début et un autre de coordonnées (max(x),0).
Voici le code que je propose

Code :

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polygon(c(1,x,max(x)),c(0,y,0),col="cyan")

Je pense que ça marche, voici l'image

[Florence Magnin]

Bonjour,

merci pour les plus amples explications. N'utilisant R que très occasionnellement et n'ayant aucun bagage en programmation, je n'avais visiblement pas bien saisi comment utiliser la fonction polygone.

L’affaire est désormais résolue.

Merci encore