Lire un fichier ligne par ligne et récupérer les resultats

**mido1951** · 30/11/2015, 11h57

Envoyé par Bktero

Je pense que cela vient de ta gestion avec interm. Tu changes la valeur de interm quand tu changes de seq_id puis tu modifies la ligne lue avec la valeur de interm. Cette gestion semble compliquée et donc error prone. A quoi sert ce interm ?

Comme je te l'ai dit, j'ai eu l'impression que seq_id était un nombre, à la vue des données d'exemple. Si ce n'est pas le cas, tu changes la structure et la fonction get_record() pour récupérer une chaine. Je te conseille aussi d'introduire une nouvelle fonction pour isoler la comparaison de seq_id, par exemple bool has_seq_id(record_t r, char *seq_id).

J'utilise "interm" pour stocker la valeur de ligne[i].qid car après i=0 je vais perdre cette valeur courante stocker donc je stocke cette dans interm. voila.

**mido1951** · 01/12/2015, 22h10

en continuité avec ce problème.
le problème maintenant c'est un problème d'allocation de mémoire.
j'ai fait une allocation selon le nombre de séquence dans mon fichier mais le problème c'est qu'il y a n message d'erreur.

Segmentation fault (core dumped)

est-ce que vous avez une idée? ou comment augmenter la mémoire?
Merci

**ternel** · 02/12/2015, 08h18

Ce n'est pas un problème de quantité de mémoire manquante, c'est un problème de pointeur mal géré (pas remis à NULL et/ou pas vérifié)

**mido1951** · 02/12/2015, 13h37

Envoyé par leternel

Ce n'est pas un problème de quantité de mémoire manquante, c'est un problème de pointeur mal géré (pas remis à NULL et/ou pas vérifié)

comment je peux vérifier ça?
Merci

**ternel** · 02/12/2015, 14h19

En étant rigoureux avec tes pointeurs.

Ca commence par en supprimer autant que possible, et à t'assurer que tout malloc est fait dans la même accolade que son free.
(cela se décale d'un cran si tu as des fonctions qui ne servent qu'a faire un malloc ou un free, telle que par exemple malloc_node() et free_node()).

Si rien n'y fait, il faut chercher si tes chaines de caractères sont gérées proprement, ce qui veut dire lire la documentation de chaque fonction de texte, pour vérifier comment est géré le '\0' (ou son absence)

**Médinoc** · 02/12/2015, 14h45

t'assurer que tout malloc est fait dans la même accolade que son free.
(cela se décale d'un cran si tu as des fonctions qui ne servent qu'a faire un malloc ou un free, telle que par exemple malloc_node() et free_node()).

Euh, pour une liste chaînée, c'est un peu absurde comme conseil: Les allocations sont vouées à être persistantes jusqu'à suppression d'élements de la liste (ou destruction de la liste complète)...

**ternel** · 02/12/2015, 14h53

C'est vrai... je dois être un peu fatigué.

Le conseil que j'essaie de dire, c'est de s'assurer de toujours savoir qui gère chaque bloc mémoire alloué, et que celui-là fait bien son travail.

**mido1951** · 02/12/2015, 17h16

Merci.
en faite j'ai augmenter la taille de la mémoire pour faire la résolution du problème et je l'ai compiler et tester sur un serveur de calcul.
Mais, il veut pas s'exécuter sur mon PC est-ce que vous avez une solution.
mon fichier contient environ 268000 séquences avec longueur moyenne de 20000(ou plus) chacune.J'ai des séquences de longueur plus 100000 caractères.
il ne peut lire que les 2000 ou 3000 premières lignes
est-ce que vous pouvez m'aider?
Merci