Discussion :

[rdmato33]

Bonjour tout le monde,
Grâce à vous, j'ai pu avancer sur mon script mais je suis une nouvelle fois bloqué.
Je rappelle ma démarche :
Je travaille sur une image raster qui contient un certain nombre d'objets que je souhaite extraire pour en analyser leur morphométrie.
Pour ce faire, j'utilise un algorithme de contour actif qui va me permettre de tracer selon un vecteur pente le contour de chacun de mes objets.
J'ai réussi cette opération et j'en suis même arrivé à obtenir les propriétés morphométriques de mes objets.
Toutefois, il y a encore quelques réglages à faire pour arriver aux résultats attendus.
L'algorithme de contour actif ne peut être lancé qu'une seule fois sur l'image. Pour résoudre ce problème, j'ai donc créé des fenêtres de 40x40 pixels centrées sur mes objets.
L'algorithme est ensuite lancé sur le centre de l'image (qui correspond au centre de l'objet) qui possède des coordonnées fixes pour toutes les fenêtres : chaque fenêtre fait normalement 40x40 pixels. Je fais donc démarrer mon algorithme aux coordonnées de pixel x=20 et y=20. Mon souci est le suivant (et exposé dans l'image ci-dessous) : dans certains cas, j'ai des objets qui se localisent sur les bords de mon image raster générale. J'ai donc fait en sorte de redimensionner mes fenêtres selon cette situation. Il m'arrive donc parfois d'avoir des fenêtres plus petites que 40x40 pixels : par exemple 28x40, ou 40x36, etc... C'est bien là le problème car j'ai paramétré l'algorithme au centre de l'image. Or, si j'applique les mêmes règles à ces fenêtres de dimension différente, mon centre se retrouve décalé par rapport à l'objet étudié et l'algorithme tourne dans le vide.





Auriez-vous des pistes à me proposer pour régler le problème?
J'ai pensé à deux choses :
- Soit compléter les vides de matrice par une image miroir
- Soit convertir mes coordonnées de pixel en coordonnées géographiques
Merci d'avance pour votre aide,
Rdmato33

[Gooby]

Bonjour,

Peux-tu nous montrer le script associé afin que l'on puisse voir à quel endroit interviennent les coordonnées du centre?

[rdmato33]

Merci Gooby pour ta réponse (encore une fois).
Voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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%Lecture image raster
[svf,R]=geotiffread('../images/svf.tif');
svf=mat2gray(svf);
 
%Lecture des centres des objets
[points,R]=geotiffread('../images/points2.tif');
points=double(points);
 
%Conversion centres en image binaire (points=1, reste=0)
mask=zeros(size(points))
mask(points>0)=1
points=mask
 
%Obtention des coordonnées (pixels) des centres
[x,y]=ind2sub(size(points),find(points==1));
xy_points=[x(:) y(:)];
 
%Créer fenêtre de 40x40 pixels et adapter la taille selon la position par
%rapport au bord de l'image
L=max(1,xy_points(:,1)-20);
R=min(xy_points(:,1)+20,size(svf,1));
T=max(1,xy_points(:,2)-20);
B=min(xy_points(:,2)+20,size(svf,2));
 
%Création d'une cell array contenant autant de matrices que d'objets
for m=1:19;
samples{m}=svf(L(m):R(m),T(m):B(m));
end
 
%Application de l'algorithme de contour actif
 %Création d'une boucle pour enregistrer et convertir une image par objet
   for p=1:length(samples)
       imwrite(samples{p},sprintf('../images/image%d.pgm',p));  
       [I,map] = rawread(sprintf('../images/image%d.pgm',p)); 
       I=imresize(I,1);
 
  % Calcul du gradient vector flow sur la fenêtre de 40x40 pixels
     disp(' Compute edge map ...');
     f = 1-I/255; 
     f0 = gaussianBlur(f,1);
     [px,py] = gradient(f0);
 
   % Début de la déformation
     colormap(copper(64)); 
     image(((1-f)+1)*30); axis('square', 'off');
     t = 0:1:2;
     x = 20+1*cos(t); % c'est ici que je localise l'origine de la déformation
     y = 20+1*sin(t); 
     [x,y] = snakeinterp(x,y,2,0.5);
     snakedisp(x,y,'r') 
     pause(1);
 
     for i=1:12,
       [x,y] = snakedeform2(x,y,0.05,0,1, 1, 0.15,px,py,5);
       [x,y] = snakeinterp(x,y,0.5,0.2);
       snakedisp(x,y,'r') 
       title(['Deformation in progress,  iter = ' num2str(i*5)])
       pause(0.1);
     end
 
     colormap(gray(64)); 
     image(((1-f)+1)*40); axis('square', 'off');
     snakedisp(x,y,'r'); 
     title(['Final result,  iter = ' num2str(i*5)]);
 
     % Création d'une image binaire (intérieur/extrérieur) à partir des
     % coordonnées x,y et stockage dans un tableau de cellules.
     tableau{1,p}=poly2mask(x,y,50,50)
end 
 
    % Calcul de la morphométrie
    for K=1:19
        rprops(K)=regionprops(tableau{1,K},'Area','Eccentricity','MajorAxisLength','MinorAxisLength','Perimeter')
    end
    Areas=[rprops.Area];
    MajorAxisLengths=[rprops.MajorAxisLength];
    MinorAxisLengths=[rprops.MinorAxisLength];
    [Areas(:),MajorAxisLengths(:),MinorAxisLengths(:)]
 
    clearvars -except rprops

Merci

[Jerome Briot]

Comme ceci ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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x = size(I,2)/2 + 1*cos(t);
y = size(I,1)/2 + 1*sin(t);

[Jerome Briot]

Ou sans doute encore mieux :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
x = (size(I,2)-20) + 1*cos(t);
y = (size(I,1)-20) + 1*sin(t);

[rdmato33]

Bonjour Dut,
Merci pour ta réponse.
Je viens de tester ton code. Je n'ai pas vraiment l'impression que ça change quelque chose.
En fait, je souhaiterais recentrer l'algorithme sur mes objets et non pas sur le centre de l'image (dans le cas d'une fenêtre inférieure à 40x40 pixels).
Or, c'est ce que ton algorithme semble faire (centrer sur l'image).
J'aimerais en fait pouvoir utiliser les coordonnées de mes objets (que j'ai dans un tableau : xy_points) pour lancer l'algorithme en prenant comme origine ces valeurs x y et non pas le centre de l'image.