Discussion :

[AuroreGau]

Bonjour,

Le but du script est de faire des catégories de lieux avec un maximum de vraisemblance suivant des critères climatiques et agronomiques.

Une ACP sous FactoMinerR permet de faire ces classes (par exemple lieu 1 et lieu 2 seront dans la même classe 1, lieu 3,lieu 4 et lieu 5 ensemble dans la classe 2), j'ai en tout 4 classes de lieux. Pour chaque classe, j'en déduis les facteurs limitants (pour la classe 1 ce sera la température, et puis pour la classe 2ce sera la pluie et l'argile dans le sol). La dernière étape est de faire une carte avec des points placés sur les bonnes coordonnées GPS (le lieu 1 et lieu 2 dans la classe 1 auront le même rond de couleur bleue indiquant que mon facteur limitant est la température, le lieu 3,4,5 dans la classe 2 auront un rond vert et un rond jaune accolés afin d'en déduire les facteurs limitants pluie et argile). Pour la carto, j'ai utilisé ggplot2 et ggmap. Mon script fonctionne très bien mais j'aimerais le simplifier.

Voici une partie du script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
library(ggplot2)
library(ggmap)
ouest=get_map("Switzerland",zoom=5)
 
##Température
Temp=x[1,] => colonne de mon tableau
min_Temp=min(Temp)
coord_Temp=which(Temp==min_Temp,arr.ind=TRUE)
numero_classe=coord_Temp[[1]]
numero_classe
Temperature=subset(carto,classe==numero_classe)
Temperature
 
 
##Pluie
Pluie=x[2,]
min_Pluie=min(Pluie)
coord_Pluie=which(Pluie==min_Pluie,arr.ind=TRUE)
numero_classe=coord_Pluie[[1]]
numero_classe
Pluie=subset(carto,classe==numero_classe)
Pluie
#Décalage ronds
if (rownames(Temperature)==rownames(Pluie)) {
long=Pluie[,8]+0.3
} else {
long=Pluie[,8] }
Pluie[,8]=long
 
##Argile
Argile=x[3,]
min_Argile=min(Argile)
coord_Argile=which(Argile==min_Argile,arr.ind=TRUE)
numero_classe=coord_Argile[[1]]
numero_classe
Argile=subset(carto,classe==numero_classe)
Argile
#Décalage ronds
if (rownames(Temperature)==rownames(Argile)) {
long=Argile[,8]+0.3
} else {
long=Argile[,8] }
Argile[,8]=long
 
if (rownames(Pluie)==rownames(Argile)) {
long=Argile[,8]+0.3
} else {
long=Argile[,8] }
Argile[,8]=long

J'aimerais ne pas prendre une variable une à une, mais avoir une ligne de commande qui me permettrait d'étudier toutes les variables en même temps (sachant que le nombre de variables peut être modifié à tout moment). J'ai essayé de paramétrer dès le départ un vecteur avec toutes mes variables mais sans grande réussite. La condition if me permet de décaler les ronds sur la carte pour ne pas qu'ils se superposent.

Toute idée est bonne à prendre, j'espère avoir été claire dans mes explications, merci.

[mauriceletendu]

Je ne sais pas si j'ai compris...

Je suppose que ton tableau c'est un data frame.

Moi je ferais ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

nom_variable <- rownames(x)   # tu as la liste de toutes tes variables

Puis comme ça tu peux faire une boucle for avec des x[i,] :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
for(i in 1:length(nom_variable))
{
     ton code
}

Tu mets : Variable=x[i,] au lieu de Temp=x[1,] .

J'espère avoir répondu à ta question.

[AuroreGau]

Merci. C'est une proposition que j'avais déjà tentée mais je ne sais pas comment faire pour intégrer la condition if dans la boucle.

[mauriceletendu]

Moi j'utiliserais des listes, pour avoir une liste de tableaux (comme ceci, on n'appellerait plus les tableaux par leurs noms de variables mais par des nombres gérés par i de la boucle).

Faut revoir la syntaxe mais ça devrait ressembler à ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
Code temp
variable=list(x[1,])
 
for(....
 
variable[i]=list(x[i,])
min_variable[i]=min(variable[i])
coord_variable[i]=which(variable==min_variable[i],arr.ind=TRUE)
numero_classe=coord_variable[i][[1]]
numero_classe
variable=subset(carto,classe==numero_classe)
variable[i]
#Décalage ronds
if (rownames(Temperature)==rownames(variable[i])) {
long=variable[i][,8]+0.3
} else {
long=variable[i][,8] }
variable[i][,8]=long

Quitte à faire commencer la boucle avec i=2 et en mettant les tempé en dehors de la boucle pour l'enregistrer en i=1.

Au lieu de mettre Pluie[,8], je mettraiss Pluie$nomdelahuitièmecolonne.

[AuroreGau]

Merci pour ta proposition et désolée de répondre aussi tard. J'ai essayé, c'est presque ça mais ton script ne s'applique que pour la pluie où le rond sera décalé par rapport à la température. Par contre, il ne s'applique pas pour l'argile où le rond doit être décalé de la température ET de la pluie. À chaque fois qu'il y a une nouvelle variable dans la boucle, elle doit être décalée de toutes les variables précédentes. Est-ce que je suis claire ou c'est confus ? Merci de ton aide en tout cas.

[mauriceletendu]

Oui c'est assez clair, mais quand on n'a pas les données sous les yeux, c'est difficile de se les représenter.

Les données sont-elles confidentielles ou/et est-ce qu'elles prennent beaucoup de mémoire ?

Si c'est possible, poste une session R avec quelques données, si j'ai le temps je regarde....

[AuroreGau]

les données d'entrée ou de sortie?

[AuroreGau]

J'ai essayé l'idée que tu m'as proposée (merci), après quelques modifications, je suis arrivée à cette étape qui me pose un problème.
Le code est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
variable=NULL
min_variable=NULL
coord_variable=NULL
numero_classe=NULL
for (i in 1:nrow(x)){
variable[i]=list(x[i,])
min_variable[i]=sapply(variable[i],min)
coord_variable[i]=which(variable[i][[1]]==min_variable[i],arr.ind=TRUE)
numero_classe[i]=coord_variable[i][[1]]
variable[i]=subset(carto,classe==numero_classe[i])
}

J'ai le message d'avis suivant qui ne me propose pas toutes les colonnes du subset dans le fichier carto :

Messages d'avis :
1: In variable[i] = subset(carto, classe == numero_classe[i]) :
le nombre d'objets à remplacer n'est pas multiple de la taille du remplacement

Sais-tu comment contourner ce problème ? Merci

[AuroreGau]

Pour les curieux, voici la solution que j'ai trouvée suite à mon problème :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
variable=NULL
min_variable=NULL
coord_variable=NULL
numero_classe=NULL
for (i in 1:nrow(x)){
variable[i]=list(x[i,])
min_variable[i]=sapply(variable[i],min)
coord_variable[i]=which(variable[i][[1]]==min_variable[i],arr.ind=TRUE)
numero_classe[i]=coord_variable[i][[1]]
variable[i]=list(subset(carto,classe==numero_classe[i]))
}
 
for(i in 2:nrow(x)){
for(j in 1:(i-1)){
if (rownames(variable[[i]])==rownames(variable[[j]])){
long=variable[[i]]$long+0.3
}
else
{
long=variable[[i]]$long
}
variable[[i]]$long=long
}
}