Bonjour,

J'aimerai utiliser un GLMM pour analyser mes données mais j'ai quelques difficultés (je suis débutante en R et c'est la première fois que je fais ce type d'analyse).
J'utilise la fonction "geeglm" du package "geepack" et mes données ont cette forme :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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> head(results_zsc)
   dataset          site type                zN                  zM                zPl              zPol               zApl              zApol        scenario
1 Canaries ElHierrosite1    L -1.07030409378042    1.04710353320268 -0.905513818913071 -2.37806891571158  0.264691844397041    6.2600217869649 Fr.décroissante
2 Canaries ElHierrosite1    L 0.157995113026766  -0.584806928069109 -0.450921413101101  1.08229650269757 -0.481125459162881 -0.677771818299656   Fr.croissante
4 Canaries ElHierrosite1    L -1.64714917851235   0.279489792927358    -1.560733658937 -2.02783048422804 -0.797098639106914   7.63551368175784 Fr.décroissante
5 Canaries ElHierrosite1    L -1.30349952717048    1.33419020980674  -1.05671839738013 -2.45312000817234  0.360650301236121   12.2552437550156 Fr.décroissante
7 Canaries ElHierrosite1    L  -1.4506538583638  0.0926008333614447  -1.71193823740406 -2.02783048422804  -0.29405496828313   8.10716710106752 Fr.décroissante
8 Canaries ElHierrosite1    L  1.17569001419427 -0.0664635971934452  0.102516704200668   1.5996389847086  -1.68270443611474                NaN   Fr.croissante

Mes facteurs fixes sont le scenario et le type, et mon facteur aléatoire est le site (je ne prend pas en compte le dataset pour le moment).
Les autres colonnes correspondent aux z-scores de mes variables.

Lorsque j'utilise la fonction geeglm, j'obtiens ce résultat :

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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> gee1 = geeglm(zM~scenario+site+scenario*site, data=results_zsc, family=poisson("log"), method="glm.fit", id=site)
Error in if (any(y < 0)) stop("negative values not allowed for the 'Poisson' family") : 
  valeur manquante là où TRUE / FALSE est requis
De plus : Warning message:
In Ops.factor(y, 0) : ‘<’ not meaningful for factors
Je sais que j'ai fait une erreur dans la famille mais je ne trouve pas la bonne, je ne sais pas non plus quoi mettre comme "id"... (comment préciser que le site est un facteur aléatoire ?)

Merci mille fois pour votre aide !!!

A.