Discussion :

[lionelus]

Bonjour,
Je dois parser un fichier qui se compose comme montré ci-dessous.
Je ne veux sélectionner que la ligne qui commence par I jusqu'à // et la ligne T.
Pour le moment je veux seulement afficher le texte commençant par H jusqu'à //.
J'ai écrit le code suivant mais sans succès.
Il me renvoie systématiquement 1 mais je ne comprends pas pourquoi.

Merci par avance.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
my $nom='';
my $annotation ='';
my $dna ='';
my $record = '';
my $filename = 'ess.txt';
my $save_input_separator = $/;
#Ouverture du fichier
open(GBFILE, $filename) or die  "Cannot open file $filename";
 
 
{
$/="//\n";
$record = <GBFILE>;
}
 
$/ = $save_input_separator;
$nom=($record=~ /(.*)\/\/\n/s);
#print $record;
print $nom;
exit;

H ANDN920101
D alpha-CH chemical shifts (Andersen et al., 1992)
R LIT:1810048b PMID:1575719
A Andersen, N.H., Cao, B. and Chen, C.
T Peptide/protein structure analysis using the chemical shift index method:
upfield alpha-CH values reveal dynamic helices and aL sites
J Biochem. and Biophys. Res. Comm. 184, 1008-1014 (1992)
C BUNA790102 0.949
I A/L R/K N/M D/F C/P Q/S E/T G/W H/Y I/V
4.35 4.38 4.75 4.76 4.65 4.37 4.29 3.97 4.63 3.95
4.17 4.36 4.52 4.66 4.44 4.50 4.35 4.70 4.60 3.95
//
H ARGP820101
D Hydrophobicity index (Argos et al., 1982)
R LIT:0901079b PMID:7151796
A Argos, P., Rao, J.K.M. and Hargrave, P.A.
T Structural prediction of membrane-bound proteins
J Eur. J. Biochem. 128, 565-575 (1982)
C JOND750101 1.000 SIMZ760101 0.967 GOLD730101 0.936
TAKK010101 0.906 MEEJ810101 0.891 ROSM880104 0.872
CIDH920105 0.867 LEVM760106 0.865 CIDH920102 0.862
MEEJ800102 0.855 MEEJ810102 0.853 ZHOH040101 0.841
CIDH920103 0.827 PLIV810101 0.820 CIDH920104 0.819
LEVM760107 0.806 NOZY710101 0.800 GUYH850103 -0.808
PARJ860101 -0.835 WOLS870101 -0.838 BULH740101 -0.854
I A/L R/K N/M D/F C/P Q/S E/T G/W H/Y I/V
0.61 0.60 0.06 0.46 1.07 0. 0.47 0.07 0.61 2.22
1.53 1.15 1.18 2.02 1.95 0.05 0.05 2.65 1.88 1.32
//

[Lolo78]

Bonjour,

je n'ai pas pris le temps de regarder en détail ton algo, mais ces quatre lignes:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $nom="'';
my $annotation ="'';
my $dna ="'';
my $record = "'';

sont erronées, il leur manque le guillemet fermant (ou, plutôt, il y a un guillemet entrant en trop).

J'ajoute que la façon recommandée d'ouvrir un fichier en lecture n'est pas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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unless (open(GBFILE, $filename)) {
	 print "Cannot open file \"$filename\"\n\n";
exit; }

mais plutôt:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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open my $GBFILE, "<" $filename or die "Cannot open $filename $!";

et que si tu veux modifier temporairement une variable globale telle que $/, il vaut mieux faire comme suit:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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{
    local $/ = "//\n";
    $record = <GBFILE>;
}

Je ne pense pas que le reste de l'algo fonctionne, mais je n'ai pas le temps de vérifier tout de suite, et ne eux tester sur ma tablette mobile.

[lionelus]

Pour l'initialisation des variables je me suis un peu trompé quand je l'ai entré sur le site. A présent cela est réglé.
Mon problème principal vient du fait que l'expression régulière ne donne pas les résultats que j'espérais et j'ignore pourquoi.

[Jasmine80]

Bonjour Lionel,

Voici un exemple de code, pour récupérer un groupe de lignes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $filename = 'ess.txt';
 
local $/;
open my $GBFILE, "<", $filename or die "Can't open $filename: $!\n";
 
# une ligne qui commence par un I jusqu'à la ligne //
( my $content) = <$GBFILE>  =~ m{\n(I(.*\n)+//)};
print "$content\n";

Que veux-tu récupérer dans $nom ? Tu peux parcourir ton fichier lignes par lignes, de cette façon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (-f $filename){
	open (GBFILE, $filename) or die "Couldn't open $filename, $!"; 
	while (my $l =<GBFILE>){
		if ($l=~ m/(xyz)/){
			($nom) = $1;
		}
	}
	close(GBFILE);
}
 
print "$nom\n";

...mais si tes données à récupérer sont sur plusieurs lignes, cela ne fonctionnera pas ainsi, tu dois concaténer tes lignes

[magicshark]

Tu pourrais nous donner la sortie que tu souhaites obtenir car j'ai fait un truc mais j'ai pas très bien compris ce que tu attendais.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
#
# @File regexpFile.pl
# @Author magicshark
# @Created 12 juin 2015 11:17:04
#
 
use strict;
use warnings;
 
my $filename = 'regexpFile.txt';
open my $GBFILE, "<", $filename or die "Can't open $filename: $!\n";
 
# une ligne qui commence par un I ou H jusqu'à la ligne //
while (my $ligne = <$GBFILE>)
{
    if($ligne =~ m/^(I|H)/)
    {
        print "trouver \n".$ligne;
        while($ligne !~ m/^\/\//)
        {
            if($ligne = <$GBFILE>)
            {
                print $ligne;
            }
            else
            {
                last;
            }
        }
    }
}
close($GBFILE);

v2 qui je crois te donnes ce que tu attend mais y a mieux je me suis perdu dans mon algo

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
#
# @File regexpFile.pl
# @Author magicshark
# @Created 12 juin 2015 11:17:04
#
 
use strict;
use warnings;
 
my $filename = 'regexpFile.txt';
open my $GBFILE, "<", $filename or die "Can't open $filename: $!\n";
 
# une ligne qui commence par un I jusqu'à la ligne //
my $continue = 0;
while (my $ligne = <$GBFILE>)
{
    if($ligne =~ m/^(H )/)
    {
        print "trouver \n";
        while($ligne !~ m/^\/\//)
        {
            if($ligne = <$GBFILE>)
            {
                if($ligne =~ m/^T /){
                    print $ligne;
                    $continue = 1;
                    while($continue == 1)
                    {
                        if($ligne = <$GBFILE>)
                        {   
                            if($ligne !~ m/^([A-Za-z] )/)
                            {
                                print $ligne;
                            }
                            else
                            {
                                $continue = 0;
                            }
                        }
                        else
                        {
                            $continue = -1;
                        }
                    }
                    if($continue == -1)
                    {
                        last;
                    }
                }
                elsif($ligne =~ m/^I /)
                {
                    print $ligne;
                    while($ligne !~ m/^\/\//)
                    {
                        if($ligne = <$GBFILE>)
                        {
                            print $ligne;
                        }
                        else
                        {
                            last;
                        }
                    }
                }
            }
            else
            {
                last;
            }
        }
    }
}
 
close($GBFILE);