Discussion :

[Bryoman]

Bonjour,

Je suis à la recherche d'une solution qui me permette d'analyser les relations type "network" qui existent entre des espèces.

Je dispose d'un jeu de données structuré comme ceci :

Tableau 1:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
            Species a  |  Species b  |  Species c  |  Species x  |
  Relevé 1|     NA             2            2             4
  Relevé 2|     3              NA           1             1
  Relevé 3|     1              2            5             NA
  Relevé x|     5              1            1             NA

En première colonne les relevés sont nommés par un identifiant unique.
Pour chaque relevé, les taxons ont un coefficient de recouvrement lorsqu'ils ont été observés ou NA si l'espèce n'a pas été observée dans le plot.

J'aimerais obtenir une table qui me permette par la suite d'analyser les liens entre chaque taxon du type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

T1 | T2 | Strenth (nombre de fois où le lien a été observé)

Exemple (en référence au tableau 1):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
Species a | Species b | 2 
Species a | Species c | 3
Species a | Species x | 1 
Species b | Species a | 2
Species b | Species c | 3
Species b | Species x | 1  
Species c | Species a | 3
Species c | Species b | 3
Species c | Species x | 2
...

Sachant qu'un lien entre deux taxons est considéré vrai lorsqu'ils ont été observés ensemble dans un même relevé.

Si vous pouviez m'indiquer la démarche à suivre, ça me serait très utile !

Merci pour le coup de main,

Rémy

[Bryoman]

Une autre solution qui m'irait bien serait une table de ce type :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
 
           Species a     |     Species b     |     Species c  |     Species x  |
Species a|      0                   2                  3                 1
Species b|      2                   0                  3                 1
Species c|      3                   3                  0                 2
Species x|      1                   1                  2                 0

Les résultats collent avec le Tableau 1...

Une idée?

Merci pour l'aide!

R.