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Calcul scientifique Python Discussion :

Scipy avec la bibliothèque UMFPACK sous Windows 7 64 bits ?


Sujet :

Calcul scientifique Python

  1. #1
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    Par défaut Scipy avec la bibliothèque UMFPACK sous Windows 7 64 bits ?
    Bonjour,

    J'utilise un logiciel qui repose sur des calculs d'algèbre linéaire et le solveur par défaut sous SciPy (SuperLU) n'est pas suffisamment performant. J'ai vu qu'il était possible d'utiliser le solveur UMFPACK avec SciPy, mais je n'arrive pas à le faire fonctionner. J'utilise Windows 7 64 bits, et les informations sur UMFPACK sous Windows sont assez limitées sur Internet. Pourtant, vu la popularité grandissante de SciPy dans la communauté scientifique, ça m'étonnerait que je sois le seul confronté à ce problème.

    Voilà l'avancement actuel de ma réflexion :
    • J'utilise WinPython 64 bits 2.7.9, incluant Numpy 1.9.2 et SciPy 0.15.1
    • J'ai installé via pip le paquet scikit-umfpack
    • Si je lance le test "nosetests -v scikits.umfpack", il échoue et me dit que SciPy n'a pas été compilé avec le support de UMFPACK.
    • scikit-umfpack semble être un wrapper, il faut donc avoir installé UMFPACK préalablement, et indiquer à scikit-umfpack où trouver les bibliothèques. Si j'ai bien compris cette page du site de scikit-umfpack, il faut créer un fichier 'site.cfg' dans le même dossier que le 'setup.py' de scikit-umfpack : "path_to_python\Lib\site-packages\scikits\umfpack"
    • Sur le site officiel de UMFPACK, on ne trouve que les sources, mais pas la version compilée pour Windows.
    • J'ai également trouvé une version précompilé de UMFPACK 5.6.2 sur un dépôt Google Code.


    Vu que je ne suis pas du tout familier avec la compilation, et que ça a l'air assez compliqué sous Windows de surcroit, j'aimerais si possible utiliser la version précompilée de UMFPACK que j'ai trouvée. J'ai essayé de créer un fichier 'site.cfg' en suivant le modèle du site de scikit-umfpack, en mettant le chemin d'accès vers le dossier où j'ai décompressé l'archive de UMFPACK, et de relancer "python setup.py install", mais sans succès.

    Je pense être sur la bonne voie, mais ça ne fonctionne toujours pas après plusieurs heures passées sur le problème. J'espère donc que la communauté Developpez.net pourra m'apporter son aide.

  2. #2
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    Par défaut
    J'ai pu résoudre mon problème, donc au cas où je ne sois pas le seul à y être confronté, il existe un site proposant des bibliothèques Python pré-compilées pour Windows.
    Il suffit de télécharger le fichier scikits.umfpack‑5.1.0‑cp27‑none‑win_amd64.whl à cette adresse : http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pytho...cikits.umfpack
    Le paquet .whl s'installe ensuite grâce Control Panel de WinPyhton, ou via pip.

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