Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
J'ai deux fichiers.
Un premier comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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128up-RA
14-3-3epsilon-RA
14-3-3zeta-RB
CG1041-RA

Et l'autre comme cela :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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FBtr0087976	128up-RA,CG8340-RA
FBtr0083565	14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA
FBtr0088412	14-3-3zeta-RB,CG17870-RB
FBtr0081734	CG1041-RA
FBtr0110774	CG1041-RB,CG1041-RA

Je veux rechercher toutes les valeurs de mon fichier 1 dans le fichier 2 de façon à recupérer la valeur qui commence par FBtr.
Pour cela, j'ai fait :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read ligne
do
	test=`grep -w $ligne fichier2.txt`;
	if [ ! -z "$test" ];then
	echo "$ligne	$test" 
	fi
 
 
done < fichier1.txt

Cela me retourne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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128up-RA	FBtr0087976	128up-RA,CG8340-RA
14-3-3epsilon-RA	FBtr0083565	14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA
14-3-3zeta-RB	FBtr0088412	14-3-3zeta-RB,CG17870-RB
CG1041-RA	FBtr0081734	CG1041-RA
FBtr0110774	CG1041-RB,CG1041-RA # je voudrais CG1041-RA FBtr0110774 CG1041-RB,CG1041-RA

Le problème, c'est que lorsque mon grep retourne plus d'une ligne, je n'ai pas l'affichage de la valeur $ligne dans la première colonne ...
Comment puis je faire ?

[N_BaH]

Bonjour,

il faudrait tester le retour de grep pour savoir s'il y a plus d'une ligne, et alors parcourir cette sortie comme un fichier.

NB: ! -z = -n.

pourquoi la sortie doit-elle avoir cette forme ?

awk me semble plus adapté, pas pour remplacer grep, mais pour remplacer tout le script.

[Isabella83]

J'ai fait comme ceci, je ne sais pas s'il y avait plus simple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read ligne
do
	test="$(grep -w $ligne $1)";
	if [ -n "$test" ];then
	echo "$test" | awk -vinput="$ligne" 'BEGIN {FS= "\n"}{print input"\t" $0}' >> $2
	fi
 
 
done < $3

[N_BaH]

je voyais plutôt ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk 'NR==FNR{motifs[$0]++; next}{for(mot in motifs)if($0 ~ mot)print mot"\t"$0}' ceci cela

EDIT:
une solution un peu plus bashy :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ while read line; do mapfile -t ar < <(grep -w "$line" cela); ((${#ar[@]})) && printf "$line\t%s\n" "$ar[@]}"; done < <ceci

ou carrément bashée :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ while read line; do while read line2; do [[ $line2 =~ $line ]] && ar+=( "$line2" ); done < cela; ((${#ar[@]})) && printf "$line\t%s\n" "$ar[@]}"; unset ar; done < ceci

mais bon, niveau performance, y a pas photo : c'est awk !

[Flodelarab]

Bonjour,

j'ai l'impression qu'on remplace un fichier de correspondance par un autre fichier de correspondance. Il faudrait cerner le vrai but final.

Car, quit à utiliser awk, autant prendre le fichier suivant, en considérant la tabulation et la virgule comme séparateur, ayant ainsi le "FBtr0087976" comme champ $1 et les autres $2 $3 ... $NF :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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FBtr0087976	128up-RA,CG8340-RA
FBtr0083565	14-3-3epsilon-RA,CG31196-RA
FBtr0088412	14-3-3zeta-RB,CG17870-RB
FBtr0081734	CG1041-RA
FBtr0110774	CG1041-RB,CG1041-RA