Discussion :

[hulia]

Bonjour,
Je voudrais savoir s'il est possible de calculer l'angle d'inclinaison d'un corps par rapport à un autre sur Image J ?

[ToTo13]

Je ne pense pas qu'il y ait quelque chose de tout fait.
Calculer un angle est quelque chose de facile, c'est la segmentation préalable qui pose plus de problèmes.
Peut on avoir des images pour se faire une idée ?

[hulia]

Je dois évaluer la rotation autour de l'axe Z (verticale) , entre la partie en noire qui représente une prothèse et celle en gris représentant mon os ;
je peux faire ça à la main mais ça n'est pas très précis .

[ToTo13]

Je pense que tu voulais dire "blanc" pour la prothèse...
La prothèse va être facile à trouver en utilisant un simple seuillage. Ensuite il faudra calculer l'axe principal afin d'avoir son orientation.
Pour l'os, ça va être plus dur, car je le trouve peu contrasté et bruité.
Comme ça à froid, je tenterai :
- filtre médian pour filtrer le bruit
- réduction du nombre de couleurs afin de simplifier l'image
- si ton image est alors bien plus simple et que les différentes zones commencent à bien se démarquer, alors un clustering.
- une solution serait aussi de tenter des projections d'histogrammes (peut être directement en niveau de gris, mais après avoir supprimé la prothèse) suivant différentes orientations. Celle qui aura les plus grand pics sera celle pour laquelle l'os est vertical.

[hulia]

J'avoue que c'est un peu flou dans ma tête, mais je vais tenter tout ça, merci pour tes réponses .

[charlinou]

Bonjour,

en allant vite, je veux dire qu'on doit pouvoir être plus précis avec un traitement d'image plus soigné, j'ai trouvé 87,8° pour l'un et 85,2° pour l'autre. Je n'utilise pas ImageJ et la dernière fois que j'ai exposé ma procédure je me suis fait insulté, c'est très ancien mais ça m'a douché. Cependant j'y suis disposé si ça m'est demandé et, surtout, reçu courtoisement.

[hulia]

Toute les réponses sont les bienvenues ...

[charlinou]

Apparemment ma réponse ne passe pas. Voilà ce qui a été enregistré, je le renvoie et je poursuivrai si cela passe.

1)Réduire l'image inutilement rgb en monochrome.
2)faire un filtrage médian pour réduire le bruit.
3)seuiller pour obtenir la représentation binaire de la prothèse.
4)érosion orientée (90°, 100 itérations).
5)selection de la plus grande particule dont on obtient l'axe d'intertie principal : c'est l'orientation de la prothèse.
6)obtenir la detection des crêtes de l'image monochrome du 1).
7)seuiller pour binariser ces crêtes.
8)fermeture orientée (90°, 4 itérations).
9)remplissage en pixels à 1 de l'intérieur de la représentation de l'os.
10)érosion orientée (0°, 38 itérations).
11)sélection de la plus grande particule dont on obtient l'axe d'inertie principal.

[ToTo13]

4)érosion orientée (90°, 100 itérations).

Pour information, c'est équivalent à faire une seule érosion avec un élément structurant de taille 100. Cela ne change rien au résultat, c'est juste 100 fois plus rapide si l'érosion est bien programmée.

4)érosion orientée (90°, 100 itérations).
5)selection de la plus grande particule dont on obtient l'axe d'intertie principal : c'est l'orientation de la prothèse.

Tu peux éviter l'érosion et sélection l'axe qui a une orientation proche de celle de l'image.
Cela évitera en plus le problème : l'érosion va déformer la prothèse et favoriser l'orientation 90° (verticale), ce qui va donc modifier l'orientation réelle de la prothèse. Au plus la prothèse sera inclinée, au plus ce problème sera visible.

La deuxième partie est peut être plus simple que ce que je propose (car n'utilise pas les rotations). Mais attention aux érosions (qui modifie favorise une orientation et donc modifient les résultats), à confirmer en utilisation réelle.

Une solution évitant les opérations de morphologie mathématique et qui se base sur les crêtes serait d'utiliser une transformée de Hough et de regarder l'orientation des lignes. Mais ce sera un peu plus long à mettre en place.

[charlinou]

Bonjour Toto13,

Merci pour tes commentaires, d’accord avec toi qu’on doit pouvoir faire plus ou moins autrement d’autant que je n’ai passé qu’une vingtaine de minutes à faire cela. Cela dit j’ai eu tort de parler de nombre d’itérations il s’agit bien de la taille de l’élément struturant. En passant je viens de m’amuser à faire une érosion orientée, verticale de la droite vers la gauche, d’un long rectangle tracé par moi et orienté à 84,0° (assez proche de notre exemple) : après érosion l’angle n’a pas été modifié de plus d’un de 0,1.

[ToTo13]

Mesure très intéressante. Il faut juste qu'elle confirme cette stabilité sur ses images qui sont acquises dans des cas réels.

[charlinou]

Cette copie d'écran montre le résultat de XOR entre la particule de départ et le résultat de son érosion orientée sur laquelle je fais la mesure d'angle : il semble que c'est parfaitement valide.

[ToTo13]

Oui, mais j'ai l'impression qu'il y a un problème dans ton érosion. La forme noire intérieure n'a pas des bord verticaux comme ton érosion. Pour une érosion aussi grande, cela devrait se voir.
Il semblerait que ton érosion soit légèrement orientée.

[charlinou]

Simplement sur la binarisation de la prothèse je fais 2 érosions orientées avec élément structurant de 50, l'une à 90° et, sur ce résultat, l'autre à 270°, donc, dans un sens puis l'autre, ce qui élimine la partie transversale de la prothèse et permet à l'axe d'inertie de la particule finale d'être suffisamment proche de celui recherché, selon moi du moins. Qu'en penses tu?

[ToTo13]

Je trouve que l'on ne voit pas assez l'érosion sur la forme finale.
Une ouverture aussi aussi pu faire l'affaire, comme ça tu coupes les branches transversales et tu gardes la partie verticale, ce qui permet d'avoir quelque chose de plus stable pour le calcul de l'axe principal.

[charlinou]

Toto13,

je viens d'appliquer ce que tu préconises. Cela parait très convenable mais pas davantage que ce que j'ai choisi, du moins si on observe les overlays de chacune des images résultantes sur l'image de départ.

[hulia]

puis-je avoir une seule explication claire svp, j'avoue que je suis perdue

[hulia]

par exemple je ne comprends pas comment faire l’érosion orientée et surtout à quoi ça peut servir !!!

[charlinou]

Bonjour,

simplement une érosion qui au lieu d'être faite en toutes directions et, pour chacune, les deux sens n'a lieu que dans une direction et un seul sens : par exemple verticalement de la gauche vers la droite. Dans le cas d'un ensemble de pixels connexes de valeur 1, de forme rectangulaire allongée verticalement, à l'intérieur d'une image binaire, cet ensemble sera "rétréci" à partir de son coté gauche.

[hulia]

J'ai tout essayé et je ne vois pas comment faire pour l’érosion , comment imposer l'angle ???
Aidez-moi svp