1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248
|
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Getopt::Long;
#######################################################################################
# Declaration des variables
# Declaration des variables utilisees par Getopt
my $GC; my $G;
my $MOTIF; my $M;
my $AU; my $A;
my $LENGTH; my $L;
my $sequence;
my $longueur_ARNm;
my $boucle=0;
my $lim;
my @table;
my $pourcentage_GC;
my $SaisieFin =0;
my $tot=0;
my %test;
my $choix; # permet de choisir le type de fichier à ouvrir ou la sequence à saisir
my $ordre; # pr afficher ds ordre croissant ou décroissant des scores
# Declaration des variables utilisees pour le calcul des scores
my $score_GC; my $score_f_GC;
my $score_motif; my $score_f_motif;
my $score_AU; my $score_f_AU;
my @table_score;
my @number; #tableau qui contient le n° du siRNA
my $l; my $c; # pour l'affichages des résultats
my @resultat;
my @sequence;
my $fichier; my $seq; my $longueur;
my @res_dice;
my $i=0; my $j=0;
my $ligne=0;
# Fin Declaration des variables
#######################################################################################
# Fonction Getopt lit les options passées en ligne de commande (avec des raccourcis de commande)
Getopt::Long::GetOptions('G=s' => \$GC,'GC=s' => \$GC, 'M=s' =>\$MOTIF, 'MOTIF=s' =>\$MOTIF,'A=s' =>\$AU, 'AU=s' =>\$AU, 'L=s' =>\$LENGTH, 'LENGTH=s' =>\$LENGTH);
#######################################################################################
# Declaration des Fonctions correspondant aux differents Tests
# Calcul du pourcentage de GC : ce % doit etre compris entre 30 et 52
sub pourcentage_GC
{
my ($sequence)=@_;
my $total_pb;
my $pourcentage_GC;
my $score;
my $res_GC;
my $A=0;
my $G=0;
my $C=0;
my $U=0;
while ( $sequence =~ /A/gi)
{ $A =$A+1; }
while ( $sequence =~ /G/gi)
{ $G =$G+1; }
while ( $sequence =~ /U/gi)
{ $U =$U+1; }
while ( $sequence =~ /C/gi)
{ $C =$C+1; }
$total_pb = $C+$G+$A+$U;
$pourcentage_GC=($C+ $G)/ $total_pb *100;
$pourcentage_GC = int ( $pourcentage_GC);
print "\n$pourcentage_GC%\n";
if ( 30<= $pourcentage_GC && $pourcentage_GC <= 52) #il n'accepte pas if ( 30 <= $pourcentage_GC <= 52)
{$score = 1;}
else { $score = 0;}
$score_f_GC = $score * $GC;
return ($score, $score_f_GC);
}
#######################################################################################
# Observation de la presence ou de l'absence de certaines bases a certaines positions ds la sequence
sub MOTIF
{
my ($sequence)= @_; # pt de mettre $sequence en argument
my $score = 0;
my $score_f_motif;
# "A" en position 3
if ($sequence =~ m/^.{2}A.*/)
{
$score = 1;}
# "U" en position 10
if ( $sequence =~ m/^.{9}U.*/)
{ $score = $score + 1;}
# Presence de "G" en position 13
if ( $sequence =~ m/^.{12}(G)./)
{ $score = $score - 1;}
# "A" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}A.*/)
{ $score = $score + 1;}
# Presence "G" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}(G).*/)
{ $score = $score - 1;}
# Presence "C" en position 19
if ( $sequence =~ m/^.{18}(C).*/)
{ $score = $score - 1;}
$score_f_motif = $score * $MOTIF;
return ($score, $score_f_motif);
}
#######################################################################################
# Calcul du nombre de paires de bases AU, pour satisfaire ce test, il faut au moins 3 paires de bases A/U
sub pb_AU
{
my $debut=14;
my $lgr=5;
my $fin;
$fin = $debut + $lgr;
my ($sequence)= @_; # pt de mettre $sequence en argument
my $score = 0;
$sequence = substr ($sequence, $debut, $lgr);
while ( $sequence =~ /A|U/g )
{$score=$score+1;}
$score_f_AU = $score * $AU;
return ($score, $score_f_AU);
}
#######################################################################################
## coupure de la seq
sub DICE
{
my ($sequence) =@_; my $boucle=0;my $LENGTH=19; my @res_dice;
my $longueur=length($sequence);
my $lim= $longueur-$LENGTH+1;
while ($boucle< $lim)
{
$table[$boucle]=substr ($sequence, $boucle, $LENGTH);
print "$table[$boucle]\n";
$boucle ++;
}
return @res_dice;
}
####################################################################################
## compte les lignes du fichier pour savoir si c'est un lot ou une longue sequence
sub COMPTE_LIGNE
{
$ligne += tr/\n/\n/ while sysread(FIC, $_, 2 ** 16);
print "\nLe nombre de ligne est : ";
$ligne = $ligne+1;
print $ligne;
return ($ligne);
}
####################################################################################
# Saisie de la séquence par l'utilisateur
print "Chemin du fichier a traiter : ";
chomp ($fichier = <STDIN>);
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
COMPTE_LIGNE ();
print"\n";
close FIC;
open (FIC , "$fichier") || die "Probleme d'ouverture: $!";
if ( $ligne > 1) ## Traitement d'une sequence qui n'est pas dans un fichier fasta
{
while ($sequence = <FIC>)
{
chomp $sequence;
push (@res_dice, $sequence);
print "$res_dice[$j]\n";
$j++;
}
}
elsif ( $ligne==1) ## Traitement d'une sequence qui n'est pas dans un fichier fasta
{
while ($seq = <FIC>)
{chomp $seq;
$sequence=$sequence.$seq;
@res_dice = DICE ($sequence);
print "$res_dice[$j]\n";
}
}
close FIC;
foreach my $cutted_sequence (@res_dice)
{
$cutted_sequence = uc ($cutted_sequence);
$cutted_sequence =~tr/T/U/;
#print "$cutted_sequence\n";
if ($GC!=0) { ($score_GC) = pourcentage_GC($cutted_sequence); }
else { $score_GC = 0; }
#print "GC VAUT $score_GC\t";
if ($MOTIF!=0) { ($score_motif) = MOTIF($cutted_sequence); }
else {$score_motif = 0;}
#print "$score_motif\t";
if ($AU!=0) { ( $score_AU) = pb_AU ($cutted_sequence); }
else {$score_AU = 0;}
#print "$score_AU\t";
my $total= $score_GC+ $score_AU + $score_motif;
print $total;
print "\n";
} |
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