Discussion :

[number_pho]

Bonjour bonjour,
J'ai vu sur le topic ici: http://www.developpez.net/forums/d77...etection-pics/
que vous donniez une aide pour faire une détection de pic. J'ai donc essayé de l'adapter à mon programme mais rien n'y fait, il y a toujours un truc qui coince et je n'arrive pas à voir quoi. S'il vous plaît ne riez pas je débute en programmation
J'ai un fichier avec 2 colonnes de chiffres, je veux exploiter une partie de la 2ème colonne voilà comment je m'y suis prise:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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n = n_inf_sup:n_sup_inf //mes bornes entre lesquelles je veux exploiter l courbe
M=C(n,2)
    s = sign(diff([-9999 M]));
 
idxmax = strindex(char(s), char([1 -1]));
idxmin = strindex(char(s), char([-1 1]));
 
set(gca(),"auto_clear","off") 
 
idxpos = M(idxmax)>0;
suby = M(idxmax(idxpos));
subidxmax = idxmax(idxpos);

J'ai ensuite un fichier exprès ou je plot toutes mes courbes, voici la partie intéressante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 // tracé des données réduites lissées et ligne de base réduite
 
  plot2d(C(:,1), C(:,2), style=i); 
     plot(subidxmax,suby,'ro')
     xtitle(" tracé des données réduites lissées et ligne de base réduite","wavenumber","Absorbance - ligne de base")

et le message d'erreur est le suivant:

!--error 5 
Dimensions colonne/rangée incohérentes.

de plus j'aimerai pouvoir afficher la valeur de ces pics, est-ce possible?

[Jerome Briot]

Pourrais-tu joindre un exemple de fichier avec quelques données ?

[number_pho]

En voilà 2 exemplaire:
obsidienne3.xlsx
obsidienne4.xlsx

peut être qu'il vous faudra changer les fichiers en .txt ou .dpt, (perso les miens sont en .dpt mais je ne pouvais pas vous les envoyer sous ce format)

Je n'ai pas mis le code en entier donc peut être que ça va buguer pour vous... Enfin vous arriverez aussi surement à le faire marcher par je ne sais quel pouvoir du code!

En tout cas merci d'y jeter un oeil!

[Jerome Briot]

Quels sont les pics que tu souhaites identifier ?

[number_pho]

Le gros dernier, par contre je risque d'avoir d'autre fichier ou il y aura plusieurs pics et d'une taille beaucoup plus réduite!

Sinon je me suis dit que le problème était surement que je ne donnais pas à "M" une courbe mais juste un tableau de point et qu'il faudrait que je change ce tableau en équation de courbe? Ou alors je pars trop loin

[Jerome Briot]

Est-il possible de définir un premier critère qui supprimerait la partie du signal pour x<1800 ?

[number_pho]

Yep + compléments:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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nligne = 1815// input("nbre de lignes dans le fichier txt?")
wav_inf = 2200// input("borne inf du nombre d''onde?")
wav_sup = 3900 //input("borne sup du nombre d''onde?")
// lecture des valeurs de nombre d'onde et d'absorbance dans le fichier text
for i = 1:nligne
     [num_read, val(1), val(2)]=mfscanf(fd, "%f %f")// lire les deux valeurs de chacune des lignes
      A(i,1)=val(1)
      A(i,2)=val(2)
     mgetl(fd,1)// passer à la ligne suivante
end
mclose(fd); // fin de lecture des données
 
 
j = nligne
while  wav_inf-A(j,1)>=0 then
    j = j-1
    end
 
k = nligne
while  wav_sup-A(k,1)>=0 then
    k = k-1
end
 
// redefinition de la gamme de valeurs réduites dans une matrice 
for l = 1:(j-k+1)
m=j-l+1    
B(l,1)=A(m,1)
B(l,2)=A(m,2)
end

[number_pho]

En gros mon problème c'est simplement que je ne vois pas par quoi remplacer le "M" sachant que j'ai un fichier "absorbance en fontion de longueur d'onde".

[Jerome Briot]

Le problème se situe donc au niveau de la lecture des fichiers .dpt ?

Si c'est bien le cas, joins un de ces fichiers en le mettant dans une archive zip ou rar

[number_pho]

Je ne suis pas sur que ce soit ça, finalement j'ai changer mon code en ça:

Code :

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wav_inf_background_moins = 2300
wav_inf_background_plus = 3750
 
y = wav_inf_background_plus:wav_inf_background_moins
 
s = sign(diff([-9999 y]));
 
idxmax = strindex(char(s), char([1 -1]));
idxmin = strindex(char(s), char([-1 1]));
 
idxpos = y(idxmax)>0;
suby = y(idxmax(idxpos));
subidxmax = idxmax(idxpos);
 plot(subidxmax,suby,'go')

Cette fois le y à l'air de passer mais du coup le message d'erreur change et donne:

ATTENTION :
ascii : Valeur erronée de l'argument d'entrée n°1 : Doit être entre 0 et 255.
!--error 10000
plot : Dimension erronée de l'argument d'entrée n°2 : Une matrice non vide attendue.

[Jerome Briot]

Non, la variable y doit contenir les valeurs de la deuxième colonne du fichier.
Donne nous un des fichiers .dpt car pour le moment, on ne comprend pas très bien ce que tu fais…

Sinon, utilise plot2d à la place de plot pour tracer le résultat.

[number_pho]

Oui j'avoue que c'est très confus je m'en excuse

Je vous met dans ce fichier zip mes fichiers .dpt
Obsidienne.zip

[Jerome Briot]

Pour lire et afficher les valeurs contenues dans un fichier, fais simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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filename = "obsidienne1.dpt"
 
M = fscanfMat(filename)
 
figure
plot2d(M(:,1), M(:,2))

Avant de chercher à détecter des pics, il va sans doute falloir filtrer les signaux pour enlever le bruit.

[number_pho]

En fait j'ai déjà ouvert mon fichier dans une autre partie de mon programme (il est assez grand donc je préférais pas vous envoyer tout, histoire de bien cibler ou est le problème). Seulement pour d'autres fichier, les pics que je cherche pourrais être confondu avec du bruit car leur intensité est très faible. Typiquement pour ce fichier:
Olivine.zip
Les pics recherché se situent toujours entre 2300 et 3700.

[Jerome Briot]

Ce n'est donc pas un problème de programmation avec Scilab mais bien un soucis d'algorithmique (méthodologie) pour nettoyer tes signaux et détecter les pics

Ouvre une nouvelle discussion sur le forum algorithme avec une ou deux captures d'écrans du tracé de signaux problématiques.

Encore une fois, la question posée ici est indépendante du langage de programmation utilisé.

[number_pho]

Dans mon programme j'ai déjà nettoyé mon signal: recadré à l'endroit voulu, lissé la courbe et soustrait la ligne de base. Tout ce qui reste à faire est détecter les pics... Je suis désolée mais je ne comprend pas en quoi ce n'est pas un problème de codage Scilab Voulez vous que je vous envois tout le programme pour que vous puissiez l'executer comme je le fais?

[Jerome Briot]

Dans mon programme j'ai déjà nettoyé mon signal: recadré à l'endroit voulu, lissé la courbe et soustrait la ligne de base.

Il aurait donc été judicieux de le préciser en nous montrant par exemple une capture d'écran du profil du signal filtré…

Pour simplifier, pourrais-tu nous donner les valeurs d'un de ces signaux filtrés ?
Enregistre les dans un fichier .sod (avec la fonction save) que tu mettras dans une archie zip ou rar.

[number_pho]

Effectivement c'est un oubli plutôt contraignant désolée, je suis très étourdie j'ai cru l'avoir précisé alors que pas du tout ^^'
Voilà le fichier demandé:
obsidiennereduite.zip

[Jerome Briot]

Voici une solution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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load("obsidiennereduite.sod")
 
s = sign(diff([-9999 ; b]));
 
idxmax = strindex(ascii(s+98), ascii([1 -1]+98))
idxmin = strindex(ascii(s+98), ascii([-1 1]+98))
 
plot2d(a,b)
plot2d(a(idxmax),b(idxmax),-4)
plot2d(a(idxmin),b(idxmin),-5)

Reste ensuite à faire le tri entre les différents pics et creux identifiés

La valeur 98 dans le code sert juste à obtenir une chaine de caractères valide pour strindex (à partir des valeurs [-1 1] de s)

[number_pho]

Non... Bizarrement toujours le même problème... Même message d'erreur comme si il ne voulait pas comprendre ce que sont mon "a" et mon "b"

!--error 5
Dimensions colonne/rangée incohérentes.