Discussion :

[hello768]

Bonsoir à tous,
Dans le cadre de mes études, je dois réaliser une macro permettant de créer une ROI circulaire s'appliquant à un stack d'images qui correspond à un objet cylindrique sur fond noir.
Cette ROI doit etre centrée automatiquement sur la partie circulaire du cylindre (vu du dessus donc), et faire 80% de cette dernière.

Je débute dans ce domaine, et je ne sais pas du tout comment partir.

Quelqu'un peut m'aider?

Merci beaucoup

[Tchoukatroc]

Bonjour,

Est-ce que tu pourrais nous montrer une de tes images? Pour ma part, je commencerais par segmenter l'image pour isoler le cylindre en utilisant la fonction threshold de imageJ puis binariser l'image (je ne sais pas si c'est la meilleure méthode d'utiliser le threshold, peut être d'autres auront une meilleure méthode). L'idéal serait d'avoir les pixels de ton fond avec la valeur 0 et les pixels du cylindre avec la valeur 1. Une fois l'image binarisée, on peut trouver le diamètre et le centre du cylindre, en cherchant quelle ligne de pixel contient le plus de pixels cotes à cotes ayant la valeur 1. En ayant le diamètre et les coordonnées du centre du cylindre, il suffira de placer une région circulaire au centre ayant un rayon de 80% du diamètre. Je peux t'aider pour le code si tu es débutant en macro imageJ.

[hello768]

Je te remercie pour ta réponse. Non, je n'ai pas encore l'image à ma disposition.
Je vais essayer de voir comment coder ça en trifouillant dans imagej, et en me servant de la partie built-in macros functions sur leur site.
Je te tiens au courant

[ToTo13]

C'est du traitement d'images, donc une image nous aiderait VRAIMENT.
Si c'est sur un fond noir, commence donc pas un seuillage pour avoir une segmentation basique.

[hello768]

J'ai réalisé ma macro; j'arrive effectivement à centrer ma roi au milieu du "disque", le problème est que cette dernière n'est pas placée avec la précision que je recherche (elle est très légèrement décalée), ce qui est surement du au seuillage.
Voici mon code pour la récupération des coordonnées du point d'origine de la ROI et du diamètre du disque:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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//SEUILLAGE
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default dark");
run("Convert to Mask");
run("Fill Holes");
 
//ALGO
d1=0;
d2=0;
degaux=0;
c2=0;
x=0;
y=0;
 
for(j=getHeight();j>=0;j--){
  for(i=0;i<=getWidth();i++){
    c1=getPixel(i,j);
    if (c1==255){
      d1++;                     //d1 nouveau diamètre que l'on incrémente à chaque fois que le pxl est noir(255)
    }
    if (c1==0 && c2==255){      //quand on est au 1er pxl blanc(0) après pixels noirs     
      if (d1<d2){               //si nouveau diametre < ancien, c'est le bon, sinon maj variables
        break;
      } else if (d1==d2){
        degaux++;               //variable permettant de compter les diametres égaux
        d1=0;
      } else {                  //mise à jour de toutes les variables
        d2=d1;                  //d2 ancien diamètre stocké
        d1=0;
        x=i-1;
        y=j-degaux/2;
        degaux=0;
      } 
    }
    c2=c1;
  }
}
 
//RECUPERATION COORDONNEES POINT DE CREATION ROI
d=0.8*d2;                 //taille roi doit faire 80% de la taille du disque
x=x-(d+d2)/2;
y=y-(d+d2)/4;

Sinon existe-t-il une autre méthode plus précise que la binarisation couplée à la recherche du diamètre?
Voici mon image:

[ToTo13]

Est ce que l'on peut avoir l'image d'origine aussi, parce que là le résultat semble plutôt correcte.

[hello768]

c'est l'image d'origine

[ToTo13]

La forme est déjà presque parfaitement circulaire.
Un simple barycentre te donnera alors un résultat presque parfait.

[hello768]

Effectivement, la méthode du barycentre marche très bien, je te remercie.

[ToTo13]

Si plus tard tu as des formes moins parfaites, une transformée de hough pour des cercles sera sans doute la solution.