Discussion :

[mycaweb]

Bonjour,
après quelques années d'égarement en Python, je cherche à parfaire mon C.
Pour cela, je fais des exercices sur rosalind.info (site d'entrainement à la bio-info), et je bloque à l'exo 2 sans comprendre mon erreur ...
L'objectif est simple: écrire un programme (j'ai choisi en C) qui lit une séquence d'ADN (ATGTGACG) et la transcrit en ARN (AUGUGACG).

Pour cela, j'ai écrit un bout de code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
 
int main(int argc, char *argv[]){
	FILE *infile = NULL;
	char chaine;
 
	infile = fopen(argv[1], "r");
	if(infile != NULL){
		do{
			chaine = fgetc(infile);
			if(chaine=="T"){
				printf("U");
				}else{
				printf("%s", chaine);
				}
			}while(chaine != EOF);
	}else exit(EXIT_FAILURE);
	return(0);
}

Le compile :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
gcc p2.c -o p2
p2.c: In function ‘main’:
p2.c:12:13: warning: comparison between pointer and integer [enabled by default]
    if(chaine=="T"){
             ^
p2.c:15:5: warning: format ‘%s’ expects argument of type ‘char *’, but argument 2 has type ‘int’ [-Wformat=]
     printf("%s", chaine);
     ^

Et en le lançant j'ai ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 ./p2 test.txt 
Erreur de segmentation (core dumped)

.

(test.txt = GATGGAACTTGACTACGTAAATT)

Je ne comprends vraiment pas où j'ai faux.

Bises et bonnes fêtes!
M.

[diogene]

Il y a confusion entre caractère et chaine de caractères.
Un caractère est un objet de type char
Un littéral caractère se note entre guillemet simple : 'A' , '0' '\n' ... C'est un int (enC) dont la valeur dépend du codage utilisé des caractères (fréquemment ASCII)

Une chaine de caractère est simplement un tableau de caractères (de char) contenant quelque part un '\0' qui marque la terminaison de la chaine.
Un littéral chaine de caractères se note entre guillemet double : "ABCDE" ... Cette chaine, donnée en exemple, utilise 6 char (il y a le zéro terminal à ne pas oublier).

Dans ton code, chaine est déclaré char et ne peut stocker qu'une chaine vide (il n'y a de place que pour le zéro terminal). Il faut la déclarer comme un tableau (suffisamment grand) de char.

On peut comparer deux char avec l'opérateur == , après tout ce sont des entiers.
On ne peut pas comparer deux chaines avec cet opérateur. Il faut utiliser des fonctions de la bibliothèque standard (prototypes dans <string.h>) pour le faire. Ici strcmp() fera l'affaire. On ne peut pas non plus copier une chaine dans une autre par l'opérateur d'assignation =, mais on doit utiliser une fonction standard comme strcpy() .
En fait, aucun opérateur appliqué à une chaine ne s'applique à son contenu.

[Sve@r]

Bonjour

Ce qu'il faut bien que tu comprennes, c'est que (contrairement à Python où une chaine est déjà un objet), une chaine de caractères n'existe pas en C. Il n'est pas assez haut niveau pour pouvoir manipuler ce genre d'entité.

En C, on utilise pour pouvoir manipuler des chaines des tableaux de caractères. Donc quand tu écris char toto[]="Hello" ça va alors stocker le caractère 'H' dans l'élément [0] du tableau "toto", le caractère 'e' dans son élément [1] et etc.

Et toi, à partir de là, tu ne peux que traiter ces éléments un par un. Si par exemple tu veux savoir si le tableau "toto" contient la chaine "salut" tu devras alors regarder si toto[0] vaut 's', si toto[1] vaut 'a' et etc. En Python, les crochets pour accéder à l'élément [x] d'une chaine sont une souplesse d'écriture offerte en plus des autres, en C c'est la seule possible.

Fort heureusement ces algos ont déjà été écrits et te sont accessible via les fonctions de traitement des chaines. T'as par exemple strcmp() à laquelle on passe deux chaines et qui se charge de traiter chacun de ses caractères pour te répondre au final si elles sont égales ou si l'une et plus petite que l'autre.

Autre soucis: l'écriture if (toto == "salut") est autorisée mais cette instruction ne comparera que les adresses qui contiennent les chaines (adresses forcément différentes puisque la variable "toto" n'est pas à la même adresse que la chaine statique "salut") et non les contenus des chaines. Et il en ira de même chaque fois que tu essaieras de manipuler une chaine directement au lieu de manipuler ses éléments.

Donc quand tu écris "T" (avec des guillemets doubles) le compilo croit que tu veux parler du tableau {'T', '\0'} et forcément il ne pige plus rien puisque dans ton esprit (tel que je vois ton code) tu essaies de comparer le caractère lu avec le caractère 'T' (avec des guillemets simples).

T'aurais mieux fait d'en rester à Python (j'ai fait du C pendant 15 ans, ben quand je suis passé à Python ça a été le jour qui succède à la nuit )

PS: essaie de bien nommer les actions. Ton titre dit "remplacement dans chaine" ce qui signifie que tu effectues un changement dans la chaine d'origine. Alors que ton code montre que tu effectues un affichage spécifique selon la valeur de certains caractères de la chaine qui elle, reste inchangée. Ce n'est pas tout à fait un "remplacement" ça...

[Ojiuiookojbezib]

En utilisant strcmp et strcpy comme disais diogene :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
 
 
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
 
int main(int argc, char *argv[]){
	char *chaine = NULL;
	int nbc; // contiendra le nombres de caractere du char
 
        strcpy( chaine, argv[1]); // on copie la chaine rentrée en paramètre dans "chaine"
        nbc = strlen(chaine); // on inscrit le nombre de caractere de chaine dans nbc
 
        for(int i=0; i<nbc; i++)
        {
               if(chaine[i] == 'T')
               {
                       printf("U");
               }
               else
               {
                      printf("%s", chaine[i]);
               }
        }
 
return 0;

Bon je n'est pas testé le code mais il y a de forte chances que ça marche ...
Je sais pas si ça ne le fait qu'à moi mais le "tab" dans le textarea servant à la rédaction de la réponse ne marche plus pour m'a part ... Quelque peu gênant pour l'encapsulation.

[Sve@r]

En utilisant strcmp et strcpy comme disais diogene :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
 
 
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
 
int main(int argc, char *argv[]){
	char *chaine = NULL;
	int nbc; // contiendra le nombres de caractere du char
 
        strcpy( chaine, argv[1]); // on copie la chaine rentrée en paramètre dans "chaine"
        // Et pourquoi donc ??? Ca fait trop mal au luc de travailler à partir de argv[1] ???
        // Au fait, t'es sûr que ton pointeur pointera vers une zone mémoire adéquate pour stocker tous les caratères de argv[1]
 
        nbc = strlen(chaine); // on inscrit le nombre de caractere de chaine dans nbc
        // Pas vraiment utile ici - Au lieu de boucler jusqu'à nbc on bouclera jusqu'à chaine[i] = '\0'...
 
        for(int i=0; i<nbc; i++)
        {
               if(chaine[i] == 'T')
               {
                       printf("U");  // Utiliser un marteau pour ouvrir une noisette, oui si on veut mais si on utilise les outils adaptés ça optimise le code... fputc('U', stdout)
               }
               else
               {
                      printf("%s", chaine[i]); // %s ? T'es sûr ???
               }
        }
 
return 0;

Bon je n'ai pas testé le code mais il y a de forte chances que ça marche ...

Je ne pense pas (surtout quand tu remplis un pointeur sans lui avoir alloué de mémoire pour stocker ce qu'il a à stocker). Mis à part ça il y a quand-même beaucoup de malfaçons (voir mes commentaires dans ton code)...

Je sais pas si ça ne le fait qu'à moi mais le "tab" dans le textarea servant à la rédaction de la réponse ne marche plus pour m'a part ... Quelque peu gênant pour l'encapsulation.

Moi ça n'a jamais marché. Soit je tape mes codes en mettant des espaces, soit je le tape sous gvim puis je le copie/colle...

[Ojiuiookojbezib]

Mince oui en effet
Précipitation précipitation ...