Bonjour à tous,
J'ai récupéré à divers endroits des astuces pour ajouter une cible de compilation doc à cmake. Si vous souhaitez en faire autant, j'ai mis en ligne un template avec un minimum de modifications nécessaires:
https://github.com/pixelou/quickdox

Le principe est assez simple:
Un fichier Doxyfile.in contient les paramètres de la documentation pour le projet, mais les informations spécifiques au build (ex: le dossier des sources) sont notées comme des variables. Lorsque cmake est appelé, ces variables sont remplacées par leur vrai valeur. Enfin la cible doc permet d'appeler doxygen pour faire le travail.

En espérant que cela puisse vous être utile,
Bonne journée à tous.