Discussion :

[med.doc]

Bonjour à tous.
Je sollicite votre aide, car je bloque sur une factorisation d'un calcul sans passer par les boucles for très gourmandes en temps de calcul.
Je dispose d'une matrice en entrée de taille nL*3 et ce que je calcule c'est une matrice dist de taille nL*nL qui contient toutes les valeurs des inter-distances entre les lignes de la matrice en entrée.
Par exemple si la matrice suivante est donnée :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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M=[1000.0011 2000.0011 500.0011
   1000.0012 2000.0012 500.0012
   1000.0013 2000.0013 500.0013
   1000.0100 2000.0100 500.0100
   1000.0300 2000.0300 500.0300];

Le résultat est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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6
 
dist =  0.000000   0.000173   0.000346   0.015415   0.050056
          0.000173   0.000000   0.000173   0.015242   0.049883
          0.000346   0.000173   0.000000   0.015069   0.049710
          0.015415   0.015242   0.015069   0.000000   0.034641
          0.050056   0.049883   0.049710   0.034641   0.000000

Pour l'instant, le code qui me permet de faire ce calcul est le suivant et n'est pas du tout adapté lorsque le nombre de lignes de M est très grand :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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nL=size(M,1);
for i=1:nL
   for j=1:nL
      dist(i,j)=norm([M(i,:)-M(j,:)]);
   endfor
endfor

merci pour votre aide.

[Jerome Briot]

Tu peux déjà très simplement diviser le temps de calcul par 2 :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i = 1:nL
    for j = i:nL
        dist(i,j) = norm(M(i,:)-M(j,:));
    endfor
endfor

Ensuite, as-tu préalloué la mémoire pour la variable dist avant la boucle for ?

dist = zeros(nL,nL);

[shaiHulud]

si tu n'as pas de nans, tu peux même partir à j=i+1.

La fonction matlab pdist gère cette boucle en interne, mais dans la couche matlab.

pour la distance euclidienne, il est facile de revectoriser soi même, au prix d'un coût mémoire important:
- créer le ndArray indexé par i,j et k (k étant la coordonnées) contenant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 X(i,k)- X(j,k)

- mettre au carré terme à terme et sommer suivant la dimension "k". Finalement squeeze et prendre la racine terme à terme