Discussion :

[hin175]

Bonjour à tous,
cela fait un moment que je cherche sans trouver de solutions....
J'ai 2 fichiers, un qui contient une liste de noms :
Citation:

>Gene29857
>Gene1
>Gene1
>Gene1
>Gene29912
>Gene29912
>Gene29912
>Gene3
>Gene29925
>Gene29925
>Gene29928
>Gene29928
>Gene29942
>Gene4
>Gene29986
>Gene29986
>Gene30035
>Gene30035
>Gene30049
...

Et un qui contient les caractéristiques de ces noms :

>Gene1
MSVEITGI
>Gene2
MSVESSSGSGDRITVNPDPIH
>Gene3
MMNQ
>Gene4
MVKFTADELRRIMDYKHNIRNMSVIAQ
...

Je voudrais récupérer les ensembles noms+caractéristiques dans le 2ème fichier des noms présents dans le premier fichier...
Je voudrais faire çà sur un serveur distant, donc en shell ce serait super :-D

Si quelqu'un avait une piste, ou même une solution, je suis preneur...
Merci beaucoup par avance !

[Lolo78]

Bonjour,

peux-tu donner une idée approximative de la taille des deux fichiers?

[hin175]

Le fichier référence fait dans les 15Mo (environ 2x25000 lignes), le 1er fichier est plus petit (juste les noms, environ 10-20000 lignes).

[Lolo78]

Bon, tu commences par lire le premier fichier ligne par ligne et stockes les lignes individuelles dans un hash (n'oublie pas de faire un chomp dessus avant). Puis tu fermes ce fichier, tu n'en as plus besoin.

Ensuite tu lis le second fichier ligne par ligne, chaque fois que tu rencontres un gène, tu vérifies dans le hash si c'est un de ceux dont tu as besoin, et si c'est le cas, tu récupère les caractéristiques sur la ligne suivante.

Bien sûr, c'est une solution Perl (nous sommes sur un forum Perl). Mais rien ne t'empêche de copier le script Perl sur le serveur distant, puis d'exécuter le script à distance depuis ton poste de travail (en shell ou autrement). Ou même d'inclure le code Perl dans un shell, tu n'auras même pas deboin de transférer le script Perl.

Sinon, tu peux aussi utiliser du awk (qui a des tables de hachage) dans un shell, mais ça revient au même que de mettre du Perl dans un shell.