Discussion :

[Jasmine80]

Est-ce que DB_File est important ?
Avez-vous déjà eu ce problème ?


Merci beaucoup.

[dmganges]

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

C'est une partie de ma réponse précédente, sur Bribes, il faut se peler les dépendances à la mimine
En fait il demande le DB_File_1 donc le deuxième sur l'image et qui utilise DB_File.ppd

[djibril]

Voilà ! Cadeau de bienrevenue , j'ai rédigé en quelques heures un tutoriel pour installer BioPerl.

[Jasmine80]

Super cadeaux merci, t'es très sympa, merci du temps que tu y as consacré
il faudra que je parte et revienne plus souvent

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas :( j'ai la même erreur

>perl -w SwissProt_test.pl
Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences!

STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_seq_stream C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:508
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Stream_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:314
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:186
STACK toplevel SwissProt_test.pl:13
-------------------------------------

>Exit code: 255

Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

[Jasmine80]

Visiblement il réclame DB_File.
As-tu essayé de l'installer avant ?

Quand j'ai été voir dans mon ppm, après l'installation de BioPerl, DB_File était correctement installé.

[djibril]

Bonjour à tous,


J'ai 1 question en rapport avec le tutoriel : la prochaine fois que je voudrais installer un module complexe, comment faire afin d'avoir la liste des prérequis tel que tu la montres dans ce tutoriel ?

Tu vois les prérequis car le module te le montre, les auteurs du module ont juste bien fait les choses, c'est tout :-) !

Remarque : j'ai bien suivi la procédure et je n'ai eu pas l'erreur décrite dans ce tutoriel 'could not find ParserDetails.ini in C:/Perl/site/lib/XML/SAX'
voici ce que j'ai eu directement : [img=http://s27.postimg.org/62ydlic9b/cmd_perl_install.jpg]

C'est à l'étape d'après que tu as ce message.

Puis, j'ai lancé Build test et les tests ont tous été réussis. Mais, j'avais installé précédemment ce bioperl via la commande 'cpan> install BioPerl'. Ce qui doit expliquer tout cela.

Pourquoi n'ai-je pas eu l'erreur disant que BioPerl était déjà installé ?

Tu n'avais surement pas la dernière version de BioPerl

Remarque : mon script 'test' avec Swissprot, ne fonctionne toujours pas j'ai la même erreur


Cela vaut-il la peine de désinstaller BioPerl et de recommencer son installation depuis le début du tutoriel ou cela reviendra-t-il exactement au même ?


D'avance merci.

As-tu testé le script de test du tutoriel ?

[Jasmine80]

Merci pour tes explications

As-tu testé le script de test du tutoriel ?

Oui, j'ai repris ton script en copier-coller.

Je ne comprends pas, tout semble bon :

[djibril]

Non, je parle du programme de fin swissprot .

[Jasmine80]

Non, je parle du programme de fin swissprot .

Je parlais bien de ce programme qui ne fonctionne toujours pas

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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9
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::SwissProt;
 
my $sp  = Bio::DB::SwissProt->new();
my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780');
print $seq->seq;

Tandis que celui-ci, son pendant sur GenBank, fonctionne parfaitement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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8
9
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::GenBank;
 
my  $gb = Bio::DB::GenBank->new();
my $seq = $gb->get_Seq_by_acc('J00522'); 
print $seq->seq;

[djibril]

refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

[Jasmine80]

C'est clairement un problème de connexion à Swissprot

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::SwissProt;
 
my $sp  = Bio::DB::SwissProt->new();
 
eval {my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780');};

Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

Cela peut-il venir de mon anti-virus ?
Pourquoi n'ai-je aucun problème pour me connecter à GenBank et autant de mal avec SwissProt ?

[djibril]

As-tu essayé de te connecter directement sur leur site ? Tu as bien qu'une seule version de Perl sur ton PC ?

[Jasmine80]

refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

comme ça :
cpan> force install BioPerl


Dois-je désinstaller mon ancien BioPerl avant ou puise-je réinstaller par dessus ?


Un grand merci

[djibril]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> force install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz

[Jasmine80]

refait une installation via cpan comme expliqué dans la documentation et tu utilises force install.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cpan> force install CJFIELDS/BioPerl-1.6.924.tar.gz

[Jasmine80]

As-tu essayé de te connecter directement sur leur site ?

Oui et cela fonctionne bien

Tu as bien qu'une seule version de Perl sur ton PC ?

Au début, je me suis trompée et ai installé sur perl 32 bits, puis voyant mon erreur, je l'ai désinstallé et réinstallé le 64 bits
Il y a donc normalement bien un seul perl

... est-ce un problème lié au fait que je sois sur un 64 bits et non un 32 bits ?

perl-v ne me dit pas qu'il y a plus d'un perl installé

[djibril]

Bon,

À force d'installer et désinstaller sans savoir ce que tu fais, c'est un peu l'anarchie.

• Désinstalle Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl64 que tu as peux-être
• Va dans la path (variable d'environnement) et supprime les chemins pointant vers Perl
• Redémarre ton PC
• Télécharge et installe Strawberry Perl 64 bits
• Et suit ma documentation à la lettre pour installer BioPerl

[Jasmine80]

Bon,

À force d'installer et désinstaller sans savoir ce que tu fais, c'est un peu l'anarchie.

• Désinstalle Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl
• Supprime le répertoire C:\Perl64 que tu as peux-être
• Va dans la path (variable d'environnement) et supprime les chemins pointant vers Perl
• Redémarre ton PC
• Télécharge et installe Strawberry Perl 64 bits
• Et suit ma documentation à la lettre pour installer BioPerl

Oui, je vais faire cela, merci.
Dans les prochains jours, je vais être occupée, mais j'y reviens dès que j'ai un moment

[Jasmine80]

Super, j'ai suivi tes conseils et tout marche maintenant pour le mieux. Je te remercie de ta patience.