Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


Code de base du CPAN :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::SwissProt;
my $seq = $sp->get_Seq_by_acc('P43780'); # SwissProt AC

Voici l'erreur :

>perl -w SwissProt_test.pl
Use of uninitialized value $location in lc at C:/Perl/site/lib/Bio/DB/SwissProt.pm line 380.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: WebDBSeqI Error - check query sequences!

STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_seq_stream C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:508
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Stream_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:314
STACK Bio::DB::WebDBSeqI::get_Seq_by_acc C:/Perl/site/lib/Bio/DB/WebDBSeqI.pm:186
STACK toplevel SwissProt_test.pl:13
-------------------------------------

>Exit code: 255

référence CPAN


Ce problème peut-il être dû au fait que je n'ai pas la version la plus récente de bioperl ?
La nouvelle version de perl n'est pas dans mon ppm, j'ai lu l'article de Djibril sur comment installer un module, outre ppm, quelle est la plus simple ?
Avez-vous déjà utilisé Bio::DB::SwissProt avec succès ?



D'avance merci.

[Gardyen]

Pour l'installation, l'utilitaire CPAN est probablement le meilleur choix, une install manuelle est également possible à la rigueur.

Quelle version de BioPerl as-tu ? cette partie là de l'API ne semble pas avoir bougé depuis un bon moment.

[djibril]

Jasmine80 le retour ça faisait longtemps !

[Jasmine80]

Merci pour vos réponses

Quelle version de BioPerl as-tu ?

J'ai bioperl 1.6.1 et CPAN réfère le module 1.6.924



Djibril, je me remets au perl après 2 ans ... ça revient vite, c'est comme le vélo

[djibril]

BienReVenue à toi !

[Jedai]

Je suppose que ton script contient également la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $sp = new Bio::DB::SwissProt;

? (sinon ça planterait avant)

--
Jedaï

[Jasmine80]

Je suppose que ton script contient également la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $sp = new Bio::DB::SwissProt;

? (sinon ça planterait avant)

--
Jedaï

oui, en effet ... j'ai mal 'copier-coller'. Merci pour cette remarque.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::SwissProt;
 
 
my $sp = Bio::DB::SwissProt->new();
my $seq = $sp->get_Seq_by_id('KPY1_ECOLI'); # SwissProt ID

[djibril]

Voilà ! Cadeau de bienrevenue , j'ai rédigé en quelques heures un tutoriel pour installer BioPerl.

[Jasmine80]

Merci beaucoup, je me connecte maintenant sans problème à SwissProt.