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MATLAB Discussion :

Parallélisation grâce à la toolbox matlab.


Sujet :

MATLAB

  1. #1
    Candidat au Club
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    Par défaut Parallélisation grâce à la toolbox matlab.
    Salut voici mon petit code, cependant j'ai un problème quand je place mon parfor car il me dit que la variable bestfit n'existe plus après la première itération du for, alors que d'après moi elle n'est supprimé que l'autre du changement de valeur du parfor....

    Merci d'avance.



    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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     parfor ii=1:5
     
    %         debut=ii;
    %         fin=ii*10;
           for ipopp=ii:ii*10
     
              pfitm1=fitm1;
              pteta00=teta00;
              pfitness=fitness;
                if individus(ipopp)==0;
                    gene_outputs=gene_outputsbis{ipopp};
                    x=nnn(ipopp);
                    m=mmm(ipopp);
                    N=num_data_points;
                    matreg=zeros(1196,m+x+1);
                    % optimization loop for Steiglitz method
     
                    loop=1;
                    l=0;
                    while loop
                        l=l+1;
     
                        if l~=1,
                            tt=pteta00{ipopp};
                            pfitm1(ipopp)=bestfit;
                            den=1+gene_outputs(:,m+2:end)*tt(m+2:end);
                        else
                            pfitm1(ipopp)=Inf;
                            den=ones(N,1);
                            bestfit(ipopp)=Inf;
                        end
     
                        % prepare LS matrix
                        vectreg=y./den;
                        vectreg=vectreg.*ponder;
                        % clear matreg;
     
                        for k=1:N
     
                            matreg(k,1:m+1)     =  gene_outputs(k,1:m+1)/den(k);
                            matreg(k,m+2:m+x+1) = -gene_outputs(k,m+2:end)*vectreg(k);
                        end
     
                        for i=1:m+1, matreg(:,i)=matreg(:,i).*ponder; end
                        prj=matreg'*matreg;
     
                        % calculate coefs using SVD least squares on full training data set
                        try
                            warning off
                            teta1=pinv(prj)*(matreg'*vectreg);
                            teta2=matreg\vectreg;
                            job=qr([matreg vectreg]);
                            teta3=triu(job(1:m+1+x,1:m+1+x))\job(1:m+1+x,end);
                            warning on
                        catch
                            pfitness(ipopp)=Inf;
                            %return;
                            keyboard
                        end
     
                        % assign poor fitness if any NaN or Inf
                        if any(isinf(teta1)) || any(isnan(teta1))
                            pfitness(ipopp)=Inf;
                            %                     return;
                            keyboard
                        end
     
                        % compute prediction of full training data set using the estimated weights
                        warning off
     
                        ypre1=(gene_outputs(:,1:m+1)*teta1(1:m+1))./(1+gene_outputs(:,m+2:end)*teta1(m+2:end));
                        ypre2=(gene_outputs(:,1:m+1)*teta2(1:m+1))./(1+gene_outputs(:,m+2:end)*teta2(m+2:end));
                        ypre3=(gene_outputs(:,1:m+1)*teta3(1:m+1))./(1+gene_outputs(:,m+2:end)*teta3(m+2:end));
                        warning on
     
                        % unscale before reporting fitness, if required
                        % calculate RMS prediction error (fitness)
                        fitness1=sqrt(mean(((y-ypre1).*ponder).^2));
                        if fitness1<bestfit, bestfit=fitness1; pteta00{ipopp}=teta1; end
                        fitness2=sqrt(mean(((y-ypre2).*ponder).^2));
                        if fitness2<bestfit, bestfit=fitness2; pteta00{ipopp}=teta2; end
                        fitness3=sqrt(mean(((y-ypre3).*ponder).^2));
                        if fitness3<bestfit, bestfit=fitness3; pteta00{ipopp}=teta3; end
     
                        if l==5, loop=0;
                        elseif l~=1 & abs(fitm1(ipopp)-bestfit) < 0.01*bestfit, loop=0;
                        end
     
                    end   % Steiglitz loop
     
                end
            end  %for ipop... (boucle loop)
        end

  2. #2
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    Par défaut
    Je n'ai pas regardé ton code, mais j'ai déjà eu ce genre de problème avec la toolbox. J'avais une variable qui devenait inconnue sans raison. J'ai contourné la chose de façon pas très élégante en déclarant cette variable comme globale.

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