Discussion :

[thena]

Bonjour,
Je souhaiterais tester la toxicité de deux bactéries par rapport à un témoin au cours du temps.
Pour cela, je dois d'abord effectuer un graphe de mon nombre de morts en fonction du temps. Le but est de pouvoir effectuer une régression linéaire par la suite.
Mon fichier s’appelle tox
Voici mes données:

Temps	Temoin	rosea	niger
T0	0	0	0
T0+2h	1	10	4
T0+4h	4	12	9
T0+6h	7	17	11
T0+8h	8	18	14
T0+24h	15	23	22

j'ai utilisé un script qui donne ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>tox_cult<-tox[tox$milieu=="culture",]# pour sélectionner des lignes du milieu de culture des bactéries
> head(tox_cult)
[1] Temps  Temoin rosea  niger 
<0 lignes> (ou 'row.names' de longueur nulle)
> str(tox_cult)
'data.frame':   0 obs. of  4 variables:
 $ Temps : Factor w/ 6 levels "T0","T0+24h",..: 
 $ Temoin: int 
 $ rosea : int 
 $ niger : int 
> plot(tox_cult$nb_mort~tox_cult$tps) #graph xy de tout le jeu de données
Erreur dans function (formula, data = NULL, subset = NULL, na.action = na.fail,  : 
  type (NULL) incorrect pour la variable 'tox_cult$nb_mort'

Alors voila mon problème, je pense comprendre que le logiciel me demande de lui indiquer le nombre de morts, seulement, je n'arrive pas à faire cette manip.
j'ai essayé plusieurs codes mais les subtilités du langage R m'échappent.

mes essais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>  nbmort<-tox[,tox$milieu=="culture"]
> head(nbmorts)
tableau de données (data frame) avec 0 colonnes et 6 lignes
> str(nbmorts)
'data.frame':   6 obs. of  0 variables
---------------------------------
> nbmorts<-tox[,tox$tps=="temps"]
> head(nbmorts)
tableau de données (data frame) avec 0 colonnes et 6 lignes
> str(nbmorts)
'data.frame':   6 obs. of  0 variables
-----------------------------------
> tox_cult<-tox[,tox$milieu=="temps"]
> head(tox_cult)
tableau de données (data frame) avec 0 colonnes et 6 lignes
> str(tox_cult)
'data.frame':   6 obs. of  0 variables

Le résultat est toujours le même... Il y a un an que j'ai écrit ce script, je pense que j'ai du sauter une étape et depuis j'ai oublié pas mal de choses.
Quelqu'un saurai-t-il comment obtenir ce type de graphique?

Merci de votre aide.
Maïtena

[ced]

La fonction str(tox_cult) vous le dit : votre tableau est vide. Il a bien 6 colonnes mais aucune ligne.
Le problème se situe donc à l'import des données dans le data frame. Comment importez-vous vos données ?

[thena]

Bonjour,

Merci de votre réponse... cela m'a aiguillé sur le problème, en fait mon tableau n'était pas sous la bonne forme, du coup, je ne pouvais pas utiliser ce script.

Merci encore!

[ced]

Et du coup, le problème est résolu ?

[thena]

Oui, il est résolu, (je dois probablement cliquer sur l'icone résolu...), c'est ma première participation à un forum donc excusez mon ignorance...

[ced]

Aucun souci ? C'est tout bon...