Discussion :

[they_are_numbers]

Bonjour à tous , je suis novice dans python , mais je souhaite vraiment progresser , mon fichier est de type , et je souhaiterai le parser pour en sortir un fichier de sortie sous forme de tableau ,
seulement je n'ai pour le moment les outils que pour le lire , le decouper , mais je n'arrive pas à realiser et a bien raisonner pour sortir le resultat voulu ,
mon fichier de depart est de ce type : ce que j'essaye de faire est de recuperer les molecules dans chaque bloc , 1QMF 1X7Z........etc il y'en a 7 et afficher en correspondance guanidinium les recuperer avec les acides amines et leurs valeurs mais j'y arrive pas
1QMF: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS - PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
ACYL-ENZYME COMPLEX
1QMF: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS - PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
ACYL-ENZYME COMPLEX

corrected number of sumo groups = (3.22631, 3.22631)
number of PDB groups = (4, 4)
patch radius = (3.71683, 3.71683)
score = 3.22631

rmsd = 0
penalty = 0

guanidinium ARG 426 A {1.0} 0.00 0.000
ARG 426 A

hyd_ali [cd] ARG 426 A {0.6} 0.00 0.000
[cd] ARG 426 A

bb [backbone] GLY 647 A {0.5} 0.00 0.000
[backbone] GLY 647 A

hyd_ali ALA 650 A {0.6} 0.00 0.000
ALA 650 A

hyd_ali [cbcg2] VAL 662 A {0.6} 0.00 0.000
[cbcg2] VAL 662 A


------------------------------------------------------------------------------
1QMF: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS - PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
ACYL-ENZYME COMPLEX
1X7Z: OXIDOREDUCTASE - CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN MITOCHONDRIAL
BRANCHED-CHAIN KETOACID DEHYDROGENASE

number of sumo groups = 2.1201
corrected number of sumo groups = (2.1201, 2.1201)
number of PDB groups = (3, 3)
patch radius = (3.01092, 3.26716)
score = 2.1201

rmsd = 0
penalty = 0.0582108

guanidinium ARG 426 A {1.0} 0.21 0.046
ARG 220 A

[VinsS]

Salut,

Tu peux montrer un exemple de tableau attendu avec le texte que tu nous montres ?

[tyrtamos]

Bonjour et bienvenue sur le forum.

Ce serait bien de donner le tableau résultat voulu en rapport avec le texte fourni. Et avec quelques commentaires: on peut te donner des solutions Python, à condition qu'on comprenne bien l'algorithme à utiliser pour passer du fichier au tableau.

Et comme on n'est pas forcément spécialiste de ton domaine, il faut éviter des phrases du genre "afficher en correspondance guanidinium les récupérer avec les acides amines": on voit bien le mot "guanidinium" mais on ne sait pas derrière ce que sont les acides aminés.

[they_are_numbers]

bonjour à tous et merci d'avoir répondu ,
mon format de sortie devrait a priori ressembler a ceci


1QMF 1X7Z 2ZI6 3A9E 2NT7 3U2V 2F6Z

guanidinium ARG et la # ceque j'essaye de faire est de recuperer ici les valeurs respectives entre la molecule de refernce 1QMF et les autres mol
hyd_ali [cd] ARG
[cd] ARG
bb [backbone] GLY
[backbone] GLY
hyd_ali ALA
hyd_ali [cbcg2] ALA

[cbcg2] VAL
[cb] VAL
[cb] MET

[they_are_numbers]

malheureusement c'est decaller lorsque j'essaye d'ecrir , sur le forum , je viens de poster le fichier a quoi il devrai ressembler
fichier de sortie ,
1QMF 1X7Z 2ZI6 3A9E 2NT7 3U2V 2F6Z

guanidinium ARG 426 ## et la j'essaye de faire est de recuperer ici les valeurs respectives entre la molecule de refernce 1QMF et les autres mol
hyd_ali [cd] ARG 220 ......
[cd] ARG ......
bb [backbone] GLY
[backbone] GLY
hyd_ali ALA
hyd_ali [cbcg2] ALA

[cbcg2] VAL
[cb] VAL
[cb] MET

[they_are_numbers]

ce que j'ai pu faire pour le moment ,
1) ouverture du fichier ,
2)lecture du fichier
3)j'ai pu extraire les lignes dont j'ai besoin ,

fichier = open('sumo.txt', 'r')
filin =fichier.readlines()

for ligne in fichier.readlines():



print(ligne.rstrip())


acide_amine=[]

for lines in filin:
if lines[5:10].strip()=="":
if lines[3:10].strip()=="":
acide_amine=acide_amine +[lines]
print lines.rstrip()


mais le soucis est de tout stoké dans un tableau en fichier de sortie et cela est une autre paire de manche

[VinsS]

OK, ton tableau est comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
 
                            1QMF   1X7Z   2ZI6   3A9E   2NT7  3U2V  2F6Z   
 
guanidinium      ARG          ?      ?      ?      ?     ?      ?     ?                      
hyd_ali [cd]     ARG 
        [cd]     ARG
bb [backbone]    GLY
   [backbone]    GLY
   hyd_ali       ALA
hyd_ali [cbcg2]  ALA
 
        [cbcg2]  VAL
        [cb]     VAL
        [cb]     MET

Mais qu'est-ce qui doit venir dans les colonnes ?

On a des valeurs comme "426 A {1.0} 0.00 0.000" et qu'est-ce qui doit correspondre à quoi ?




Pour poster du code, utilise la balise code, le # dans la barre d'outils d'édition.

[they_are_numbers]

au faite , dans le tableau sur les colonnes normallement je dois recuperer les valeurs de la colonne , 426 , 647 , 650 , 662
426
220
647
192
650
195

[VinsS]

Reprend mon tableau et remplace les points d'interrogation par les données de ton exemple.

Celui-là:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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10
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15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
 
1QMF: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS - PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
ACYL-ENZYME COMPLEX
1QMF: PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS - PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2X (PBP-2X)
ACYL-ENZYME COMPLEX
 
corrected number of sumo groups = (3.22631, 3.22631)
number of PDB groups = (4, 4)
patch radius = (3.71683, 3.71683)
score = 3.22631
 
rmsd = 0
penalty = 0
 
guanidinium ARG 426 A {1.0} 0.00 0.000
ARG 426 A
 
hyd_ali [cd] ARG 426 A {0.6} 0.00 0.000
[cd] ARG 426 A
 
bb [backbone] GLY 647 A {0.5} 0.00 0.000
[backbone] GLY 647 A
 
hyd_ali ALA 650 A {0.6} 0.00 0.000
ALA 650 A
 
hyd_ali [cbcg2] VAL 662 A {0.6} 0.00 0.000
[cbcg2] VAL 662 A