Discussion :

[Kastapuce]

Bonjour,

Je débute sur Python, et j'ai réalisé un petit programme qui fonctionne avec 3 fichiers (1 x .fa et 2x .csv)
Je souhaite faire une interface graphique avec tkinter où l'utilisateur parcours ses dossiers et sélectionne les 3 fichiers
Depuis cette interface, le programme tournera avec ces 3 fichiers.
J'ai un début, mais j'ai du mal à avancer... et j'ai donc besoin d'un petit coup de pouce!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: Utf-8 -*-
 
from tkinter import *
from tkinter.filedialog import askopenfilename
from tkinter.messagebox import showerror
 
#Fenêtre
racine = Tk()
racine.title("Programme")
racine.geometry("800x400")
 
#Fonctions
def loadfile():
	filename = askopenfilename()
	return
 
#Zone de texte
cadre_texte = Frame(racine, width = 500, height = 100)
cadre_texte.pack()
cadre_texte.pack_propagate(False)
texte = Label(cadre_texte, text = "Sélectionnez les fichiers")
texte.pack(expand = 1, anchor = CENTER)
 
#Séquence de référece
frame1 = LabelFrame(racine, text = "Séquence de référence", width = 500, height = 60) #Cadre 1
frame1.pack()
frame1.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame1, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton1 = Button(frame1, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton1.pack()
 
#Coverage
frame2 = LabelFrame(racine, text = "Coverage", width = 500, height = 60) #Cadre 2
frame2.pack()
frame2.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame2, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton2 = Button(frame2, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton2.pack()
 
#Conflits
frame3 = LabelFrame(racine, text = "Conflits", width = 500, height = 60) #Cadre 3
frame3.pack()
frame3.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame3, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton3 = Button(frame3, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton3.pack()
 
#Quitter
bou_quitter = Button(racine,
	text = "Quitter",
	command = racine.destroy)
bou_quitter.pack(side = "right", expand = 1, anchor = "se")
 
racine.mainloop()

Ce qu'il me manque:

- il faudrait que le chemin du fichier sélectionné s'affiche dans la zone "Entry" au dessus du bouton parcourir
- j'aimerais que la zone Entry soit plus longue et sur la même ligne que le bouton parcourir
- comment faire après pour que le chemin du fichier s'intègre dans mon programme?

Par exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Une fois que le fichier est sélectionné, je voudrais avoir:
file_seq = "chemin_du_fichier de la séquence de référence"
file_cov = "chemin_du_fichier coverage"
file_conf = "chemin_du_fichier conflits"

[Invité]

Bonjour,

Je débute sur Python, et j'ai réalisé un petit programme qui fonctionne avec 3 fichiers (1 x .fa et 2x .csv)
Je souhaite faire une interface graphique avec tkinter où l'utilisateur parcours ses dossiers et sélectionne les 3 fichiers
Depuis cette interface, le programme tournera avec ces 3 fichiers.
J'ai un début, mais j'ai du mal à avancer... et j'ai donc besoin d'un petit coup de pouce!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: Utf-8 -*-
 
from tkinter import *
from tkinter.filedialog import askopenfilename
from tkinter.messagebox import showerror
 
#Fenêtre
racine = Tk()
racine.title("Programme")
racine.geometry("800x400")
 
#Fonctions
def loadfile():
	filename = askopenfilename()
	return
 
#Zone de texte
cadre_texte = Frame(racine, width = 500, height = 100)
cadre_texte.pack()
cadre_texte.pack_propagate(False)
texte = Label(cadre_texte, text = "Sélectionnez les fichiers")
texte.pack(expand = 1, anchor = CENTER)
 
#Séquence de référece
frame1 = LabelFrame(racine, text = "Séquence de référence", width = 500, height = 60) #Cadre 1
frame1.pack()
frame1.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame1, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton1 = Button(frame1, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton1.pack()
 
#Coverage
frame2 = LabelFrame(racine, text = "Coverage", width = 500, height = 60) #Cadre 2
frame2.pack()
frame2.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame2, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton2 = Button(frame2, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton2.pack()
 
#Conflits
frame3 = LabelFrame(racine, text = "Conflits", width = 500, height = 60) #Cadre 3
frame3.pack()
frame3.pack_propagate(False)
 
saisie = StringVar()
chemin = Entry(frame3, textvariable = saisie, width = 30)
chemin.pack()
 
bouton3 = Button(frame3, text = "Parcourir", command = loadfile)
bouton3.pack()
 
#Quitter
bou_quitter = Button(racine,
	text = "Quitter",
	command = racine.destroy)
bou_quitter.pack(side = "right", expand = 1, anchor = "se")
 
racine.mainloop()

Ce qu'il me manque:

- il faudrait que le chemin du fichier sélectionné s'affiche dans la zone "Entry" au dessus du bouton parcourir
- j'aimerais que la zone Entry soit plus longue et sur la même ligne que le bouton parcourir
- comment faire après pour que le chemin du fichier s'intègre dans mon programme?

Par exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Une fois que le fichier est sélectionné, je voudrais avoir:
file_seq = "chemin_du_fichier de la séquence de référence"
file_cov = "chemin_du_fichier coverage"
file_conf = "chemin_du_fichier conflits"

Bonjour,

Y a-t-il une raison technique à l'utilisation d'objets de dimensions rigides ?

Je sais que ce n'est jamais facile à appréhender, mais vous devriez penser programmation par composants, en encapsulant par exemple une Entry avec son étiquette Label personnelle et son bouton "Parcourir" dans une classe FileEntry, toujours par exemple donné :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
 
import tkinter as TK
import tkinter.filedialog as FD
import tkinter.messagebox as MB
 
from tkinter import ttk
 
# n'ayez pas peur de créer des composants:
 
class FileEntry (ttk.Frame):
 
    def __init__ (self, master=None, **kw):
 
        # super class inits
 
        ttk.Frame.__init__(self, master)
 
        # widget inits
 
        self.init_widget(**kw)
 
    # end def
 
 
    def init_widget (self, **kw):
 
        # component inits
 
        self.label = ttk.Label(
 
            self,
 
            text=kw.get(
 
                "label",
 
                "Veuillez sélectionner un fichier, SVP:"
            )
        )
 
        self.file_path = TK.StringVar()
 
        self.entry = ttk.Entry(
 
            self,
 
            textvariable=self.file_path
        )
 
        self.button = ttk.Button(
 
            self,
 
            text="Parcourir",
 
            command=self.slot_browse,
 
            underline=0,
        )
 
        # layout inits
 
        self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
 
        self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
 
        self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
 
    # end def
 
 
    def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
 
        # browse file path
 
        _fpath = FD.askopenfilename()
 
        # set entry's contents with file_path control variable
 
        self.file_path.set(_fpath)
 
    # end def
 
 
    def get_path (self):
 
        return self.file_path.get()
 
    # end def
 
# end class FileEntry
 
 
 
# petit test entre amis
 
root = TK.Tk()
 
root.title("Ma bidouille")
 
labelframe = ttk.LabelFrame(
 
    root,
 
    text="Faites vos jeux, rien ne va plus",
 
    padding="5px",
)
 
btn_quit = ttk.Button(
 
    root,
 
    text="Quitter",
 
    command=root.quit,
 
    underline=0,
)
 
# FileEntry subcomponents
 
fileentry_sequence = FileEntry(labelframe, label="Séquence de référence :")
 
fileentry_coverage = FileEntry(labelframe, label="Coverage :")
 
fileentry_conflicts = FileEntry(labelframe, label="Conflits :")
 
# fileentry layout inits
 
fileentry_sequence.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
fileentry_coverage.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
fileentry_conflicts.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
# labelframe layout inits
 
labelframe.pack(side=TK.TOP, expand=1, fill=TK.BOTH, padx=5, pady=5)
 
# petit extra
 
ttk.Sizegrip(root).pack(
 
    side=TK.RIGHT, expand=0, fill=TK.Y, padx=5, pady=5,
)
 
# bouton quitter
 
btn_quit.pack(side=TK.RIGHT, padx=0, pady=5)
 
# pour récupérer un chemin de fichier
# à un moment donné (ici: pour exemple)
 
filepath_sequence = fileentry_sequence.get_path()
 
filepath_coverage = fileentry_coverage.get_path()
 
filepath_conflicts = fileentry_conflicts.get_path()
 
# on entre dans la danse
 
root.mainloop()

En créant un composant FileEntry, vous pouvez ensuite le réutiliser aussi souvent que vous le souhaitez et un peu partout dans votre logiciel.

@+.

[Kastapuce]

Bonjour et merci pour votre réponse.
La raison tchnique est que je commence à peine sur Python et c'est ma toute première GUI...

Donc je suis partie d'exemple et de tuto internet. Bien sûr j'ai vu passer les class et autres joyeusetés de fonction, mais j'avoue que je prévois de m'y aventurer par étape.
Je vais donc de ce pas étudier le code donné pour voir si je peux m'en sortir avec ça

[Kastapuce]

Wha!!!

J'ai lu en diagonal, mais ton code est un vrai cours...
Merci merci!

[Invité]

Bonjour et merci pour votre réponse.
La raison tchnique est que je commence à peine sur Python et c'est ma toute première GUI...

Donc je suis partie d'exemple et de tuto internet. Bien sûr j'ai vu passer les class et autres joyeusetés de fonction, mais j'avoue que je prévois de m'y aventurer par étape.
Je vais donc de ce pas étudier le code donné pour voir si je peux m'en sortir avec ça

Bonjour,

Soyez la bienvenue dans le monde des "joyeusetés" Tkinter.

Vous pouvez copier/coller le code que je vous ai fourni tel quel dans un fichier de script test.py puis le lancer :

Dans une console type shell Linux / UNIX :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  $ cd ~/tmp # c'est un exemple de répertoire où vous pourriez mettre le fichier test.py
  $ ls
  test.py
  $ python3 test.py

J'ai testé le code source sur ma bécane avant de vous le fournir et chez moi, il fonctionne OK.

Sous Windows, je CROIS (je ne sais pas vraiment) que c'est :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  > cd chemin\vers\dossier\temporaire
  > dir
  test.py
  > py test.py

NB: cela fait presque 15 ans que j'ai décroché de MS-Windows, je ne sais plus comment on fait sur cet OS... désolé.

@+.

[Invité]

Wha!!!

J'ai lu en diagonal, mais ton code est un vrai cours...
Merci merci!

De rien. Service.

[Kastapuce]

Oui oui, merci mais j'avais déjà testé en console etc. (et pour info je travaille sur Linux, débutante également mais autant prendre de bonnes habitudes au plus tôt )

Celà marche nickel et encore merci!

Cependant maintenant, j'essais d'intégrer mon programme et là... ça coince au niveau de l'utilisation du fichier sélectionné (je sens que je suis pas loin mais... il doit me manquer une étape).

Par exemple, j'ai

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def sequence(filepath_sequence):
	seq_ref = []
	file_seq = open(filepath_sequence, "r")
	read_seq = file_seq.readlines()
 
	for line in read_seq:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq_ref.append(i)
				else :
					pass
	print (seq_ref)
 
sequence("Ref chik EU703760.fa")

En fonction que j'avais écrit précemment.
En gros,
-je récupère une séquence ADN sur une base de donnée. Cette séquence est sous forme de fichier texte, dont la première ligne est l'ID.
-ma fonction lit le fichier texte et me crée une liste (seq_ref) où chaque élément est un nucléotide

Le but avec l'interface graphique: je sélectionne un fichier, puis en cliquant sur un bouton, cela active la fonction sequence.

Du coup j'ai fais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: Utf-8 -*-
 
import csv
import tkinter as TK
import tkinter.filedialog as FD
import tkinter.messagebox as MB
from tkinter import ttk
 
class FileEntry (ttk.Frame):
	def __init__ (self, master=None, **kw):
	# super class inits
		ttk.Frame.__init__(self, master)
	# widget inits
		self.init_widget(**kw)
	# end def
	def init_widget (self, **kw):
	# component inits
		self.label = ttk.Label(self, text=kw.get("label", "Veuillez sélectionner un fichier, SVP:"))
		self.file_path = TK.StringVar()
		self.entry = ttk.Entry(self, textvariable=self.file_path)
		self.button = ttk.Button(self, text="Parcourir", command=self.slot_browse, underline=0,)
	# layout inits
		self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
		self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
		self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
	# end def
	def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
	# browse file path
		_fpath = FD.askopenfilename()
	# set entry's contents with file_path control variable
		self.file_path.set(_fpath)
	# end def
	def get_path (self):
		return self.file_path.get()
	# end def
	# end class FileEntry
 
# Interface
root = TK.Tk()
root.title("Programme")
 
labelframe = ttk.LabelFrame(root, text="Sélection des fichiers", padding="5px",)
 
# Size
ttk.Sizegrip(root).pack(side=TK.RIGHT, expand=0, fill=TK.Y, padx=5, pady=5,)
 
# FileEntry subcomponents
 
fileentry_sequence = FileEntry(labelframe, label="Séquence de référence :")
fileentry_coverage = FileEntry(labelframe, label="Coverage :")
fileentry_conflicts = FileEntry(labelframe, label="Conflits :", underline=0,)
 
# Bouton quitter
btn_quit = ttk.Button(root, text="Quitter", command=root.quit)
 
# Labelframe layout inits
labelframe.pack(side=TK.TOP, expand=1, fill=TK.BOTH, padx=5, pady=5)
 
# Fileentry layout inits
fileentry_sequence.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_coverage.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_conflicts.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
# Boutons layout inits
btn_quit.pack(side = TK.RIGHT, padx=20, pady=5)
 
#####################################################
# récupération de fichier
filepath_sequence = fileentry_sequence.get_path()
filepath_coverage = fileentry_coverage.get_path()
filepath_conflicts = fileentry_conflicts.get_path()
#####################################################
 
def sequence(filepath_sequence):
	seq_ref = []
	file_seq = open(filepath_sequence, "r")
	read_seq = file_seq.readlines()
 
	for line in read_seq:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq_ref.append(i)
				else :
					pass
	print (seq_ref)
 
#Bouton test
btn_test = ttk.Button(root, text="Test", command = sequence)
 
# Boutons layout inits
btn_quit.pack(side = TK.RIGHT, padx=20, pady=5)
btn_test.pack(side = TK.RIGHT, padx=10, pady=5)
 
 
root.mainloop()

Mais non, ça veut pas...

[Kastapuce]

Bon, j'ai trouvé finalement!

D'un côté j'aurais mon fichier avec toutes mes fonctions, de l'autre un fichier avec la GUI.

fichier fonctions:

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def sequence(filepath_sequence):
	seq_ref = []
	file_seq = open(filepath_sequence, "r")
	read_seq = file_seq.readlines()
 
	for line in read_seq:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq_ref.append(i)
				else :
					pass
	print (seq_ref)

fichier gui:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def function_bouton_test():
	sequence(fileentry_sequence.get_path())
btn_test = ttk.Button(root, text="Test", command = function_bouton_test)

[Invité]

Oui oui, merci mais j'avais déjà testé en console etc. (et pour info je travaille sur Linux, débutante également mais autant prendre de bonnes habitudes au plus tôt )

Celà marche nickel et encore merci!

Cependant maintenant, j'essais d'intégrer mon programme et là... ça coince au niveau de l'utilisation du fichier sélectionné (je sens que je suis pas loin mais... il doit me manquer une étape).

Par exemple, j'ai

(snip)(snip)

Mais non, ça veut pas...

Pour pouvoir vous aider, il me faudrait voir au moins les 5-6 premières lignes d'un fichier séquence ADN typique que vous voulez traiter.

[Invité]

Bon, j'ai trouvé finalement!

D'un côté j'aurais mon fichier avec toutes mes fonctions, de l'autre un fichier avec la GUI.

fichier fonctions:

Code :

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def sequence(filepath_sequence):
	seq_ref = []
	file_seq = open(filepath_sequence, "r")
	read_seq = file_seq.readlines()
 
	for line in read_seq:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq_ref.append(i)
				else :
					pass
	print (seq_ref)

fichier gui:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def function_bouton_test():
	sequence(fileentry_sequence.get_path())
btn_test = ttk.Button(root, text="Test", command = function_bouton_test)

C'est un peu en ordre dispersé, mais oui, bon, si vous voulez.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def function_bouton_test():
	sequence(fileentry_sequence.get_path())
btn_test = ttk.Button(root, text="Test", command = function_bouton_test)

Oui, il suffit de passer à votre fonction sequence() le chemin de fichier récupéré dans fileentry_sequence, en effet.

[Kastapuce]

C'est encore moi!

J'ai réussi à faire exactement ce que je voulais... grâce à toi!

Voulant toujours aller plus loin, je voudrai rajouter un élément: un fichier de sortie.
Je m'explique: les 3 éléments (sequence, coverage et conflits) sont des éléments pour sélectionner et récupérer des fichiers utilisés dans mon programme.
Le programme tourne et crée un fichier de sortie.

Pour le moment, il crée un fichier nommé "tableau.csv" (défini dans mon programme) mais je voudrais que l'utilisateur puisse choisir où enregistrer son fichier et le nom...

GUI:

Code :

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: Utf-8 -*-
 
import tkinter as TK
import tkinter.filedialog as FD
import tkinter.messagebox as MB
from tkinter import ttk
import Programmefct
 
###############
 
class FileEntry (ttk.Frame):
	def __init__ (self, master=None, **kw):
	# super class inits
		ttk.Frame.__init__(self, master)
	# widget inits
		self.init_widget(**kw)
	# end def
	def init_widget (self, **kw):
	# component inits
		self.label = ttk.Label(self, text=kw.get("label", "Veuillez sélectionner un fichier, SVP:"))
		self.file_path = TK.StringVar()
		self.entry = ttk.Entry(self, textvariable=self.file_path)
		self.button = ttk.Button(self, text="Parcourir", command=self.slot_browse, underline=0,)
	# layout inits
		self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
		self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
		self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
	# end def
	def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
	# browse file path
		_fpath = FD.askopenfilename()
	# set entry's contents with file_path control variable
		self.file_path.set(_fpath)
	# end def
	def get_path (self):
		return self.file_path.get()
	# end def
	# end class FileEntry
 
###############
 
# Interface
root = TK.Tk()
root.title("Programme")
 
labelframe = ttk.LabelFrame(root, text="Sélection des fichiers", padding="5px",)
 
# FileEntry subcomponents
fileentry_sequence = FileEntry(labelframe, label="Séquence de référence :")
fileentry_coverage = FileEntry(labelframe, label="Coverage :")
fileentry_conflits = FileEntry(labelframe, label="Conflits :", underline=0,)
 
 
# Bouton action
def bouton_action():
	Programmefct.tab_csv(fileentry_sequence.get_path(), fileentry_coverage.get_path(), fileentry_conflits.get_path())
 
btn_action = ttk.Button(root, text="Action", command = bouton_action)
 
# Bouton quitter
btn_quit = ttk.Button(root, text="Quitter", command=root.quit)
 
###############
 
# Labelframe layout inits
labelframe.pack(side=TK.TOP, expand=1, fill=TK.BOTH, padx=5, pady=5)
 
# Size
ttk.Sizegrip(root).pack(side=TK.RIGHT, expand=0, fill=TK.Y, padx=5, pady=5,)
 
# Fileentry layout inits
fileentry_sequence.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_coverage.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_conflits.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
 
# Boutons layout inits
btn_quit.pack(side = TK.RIGHT, padx=20, pady=5)
btn_action.pack(side = TK.RIGHT, padx=10, pady=5)
 
###############
 
root.mainloop()

Programme:

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#!/usr/bin/python3
#-*-coding:Utf-8-*-
 
import csv
 
######
 
#Calcul de fréquences
def frequence(nb,total):
	"""Calculate a frequency. If total=0, return 0
        """
	try:
		return nb/total
	except ZeroDivisionError:
		return 0
 
######
 
#Tableau séquence de référence/coverage
 
def tableau_init(file_ref, file_cov):
	#Lecture de la séquence de référence
	seq = []
	_open = open(file_ref, "r")
	read = _open.readlines()
 
	for line in read:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq.append(i)
				else :
					pass
	#Lecture du coverage
	coverage = []
	_open = open(file_cov, "r")
	read = csv.reader(_open)
 
	for line in read:
		line = " ".join(line)
		line = line.replace(";","").replace('"'," ")
		line = line.split()
		if "Value" in line:
			pass
		else:
			line = [int(i) for i in line]
			coverage.append(line[1])
	#Création du tableau
	tableau = []
	for i in list(range(len(seq))): #Position et seq. ref et consensus + reads
		(pos_cons, seq_cons, A, T, G, C, GAP) = ("-", seq[i], 0, 0, 0, 0, 0)
 
		line = [i+1, seq[i], coverage[i]]
		if seq[i] == "A":
			A = coverage[i]
		elif seq[i] == "T":
			T = coverage[i]
		elif seq[i] == "G":
			G = coverage[i]
		elif seq[i] == "C":
			C = coverage[i]
		line = [i+1, seq[i], coverage[i], pos_cons, seq_cons, A, T, G, C, GAP]
		tableau.append(line)
 
	return tableau
 
#Tableau des conflits
 
def tableau_conf(file_conf):
	tableau = []
	_open = open(file_conf, "r")
	read = csv.reader(_open, delimiter=';')
 
	for line in read: #lecture ligne par ligne
		if "^" in line[0]: #ignore les insertion
			pass
		else:
			line = " ".join(line)
			line = line.replace(".", "").replace("(","").replace(")","").replace(",","")
			line = line.split()
			(pos_ref, pos_cons, seq_cons) = (line[0], line[1], line[2])
 
			i = 6 #comptage des reads
			taille = len(line)-2 
			(A, T, G, C, GAP) = (0,0,0,0,0)
			while (i < taille):
				if line[i] == "A" or line[i] == "AA":
					i=i+1
					A = line [i]
				elif line[i] == "T" or line[i] == "TT":
					i=i+1
					T = line [i]
				elif line[i] == "G" or line[i] == "GG":
					i=i+1
					G = line [i]
				elif line[i] == "C" or line[i] == "CC":
					i=i+1
					C = line [i]
				elif line[i] == "-" or line[i] == "--":
					i=i+1
					GAP = line [i]
				i = i+1
 
			line_seq = [line[0], line[1], line[2]]
			line_data = [A, T, G, C, GAP]
			line_data = [int(i) for i in line_data]
			line = line_seq + line_data
 
			tableau.append(line)
 
	return tableau
 
#Tableau séquence de référence/coverage/conflits
 
def tableau_all(file_seq, file_cov, file_conf):
	tab_init = tableau_init(file_seq, file_cov)
	tab_conf = tableau_conf(file_conf)
 
	for i in tab_conf[1:]:
		numero = int(i[0])-1
		tab_init[numero][3:] = i[1:]
	return tab_init
 
#Fréquences
 
def tableau_freq(file_seq, file_cov, file_conf):
	tableau = tableau_all(file_seq, file_cov, file_conf)
 
	for i in tableau:
	#	(nbA, nbT, nbG, nbC, nbGAP, nbcov) = (i[5], i[6], i[7], i[8], i[9], i[2])
		total = i[2] - i[9]
		freqA = frequence(i[5], total)
		freqA = str(freqA).replace(".", ",")
		i.append(freqA)
		freqT = frequence(i[6], total)
		freqT = str(freqT).replace(".", ",")
		i.append(freqT)
		freqG = frequence(i[7], total)
		freqG = str(freqG).replace(".", ",")
		i.append(freqG)
		freqC = frequence(i[8], total)
		freqC = str(freqC).replace(".", ",")
		i.append(freqC)
 
	return tableau
 
#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf):
	file_out = open("tableau.csv", "w")
	writer = csv.writer(file_out, delimiter = ";")
 
	tableau = tableau_freq(file_seq, file_cov, file_conf)
	writer.writerow(["Position","Seq_ref","Coverage","Pos_consensus","Seq_consensus","nbA","nbT","nbG","nbC","nbGAP", "freqA", "freqT", "freqG", "freqC"])
	for i in list(range(len(tableau))):
		writer.writerow(tableau[i])

[Invité]

C'est encore moi!

J'ai réussi à faire exactement ce que je voulais... grâce à toi!

Voulant toujours aller plus loin, je voudrai rajouter un élément: un fichier de sortie.
Je m'explique: les 3 éléments (sequence, coverage et conflits) sont des éléments pour sélectionner et récupérer des fichiers utilisés dans mon programme.
Le programme tourne et crée un fichier de sortie.

Pour le moment, il crée un fichier nommé "tableau.csv" (défini dans mon programme) mais je voudrais que l'utilisateur puisse choisir où enregistrer son fichier et le nom...

GUI:
(snip)(snip)

Bon OK, je vous donne le raisonnement, mais c'est vous qui trouvez la soluce:

1. Tout comme nous avons demandé à l'utilisateur le nom d'un fichier à ouvrir avec FD.askopenfilename(), on doit certainement pouvoir demander un nom de fichier à "enregistrer sous..." avec un FD.ask???? (à vous de trouver lequel) ;
2. probablement que dans bouton_action() nous allons devoir demander le nom de fichier à enregistrer AVANT de lancer tab_csv() ;
3. il faudra certainement conserver ce nom quelque part pour vérifier que l'utilisateur a bien renseigné ce nom de fichier ;
4. s'il n'a pas renseigné ce nom de fichier, mettons en cliquant sur le bouton "Annuler" de la boîte de dialogue "Enregistrer sous...", que devons-nous faire ?
5. s'il a bien renseigné ce nom de fichier, comment le fournir à tab_csv() ?
6. que devrait-on faire lorsque la sauvegarde du fichier est réussie ?
7. puisque vous séparez GUI et fonctions applicatives (c'est une bonne chose), comment informer le GUI du bon déroulement de la sauvegarde du fichier de sortie ?

Que de questions !

Mais je suis sûr que vous trouverez toutes les réponses.

[Kastapuce]

1. Tout comme nous avons demandé à l'utilisateur le nom d'un fichier à ouvrir avec FD.askopenfilename(), on doit certainement pouvoir demander un nom de fichier à "enregistrer sous..." avec un FD.ask???? (à vous de trouver lequel) ;

FD.asksaveasfilename()

2. probablement que dans bouton_action() nous allons devoir demander le nom de fichier à enregistrer AVANT de lancer tab_csv() ;
3. il faudra certainement conserver ce nom quelque part pour vérifier que l'utilisateur a bien renseigné ce nom de fichier ;
4. s'il n'a pas renseigné ce nom de fichier, mettons en cliquant sur le bouton "Annuler" de la boîte de dialogue "Enregistrer sous...", que devons-nous faire ?
5. s'il a bien renseigné ce nom de fichier, comment le fournir à tab_csv() ?
6. que devrait-on faire lorsque la sauvegarde du fichier est réussie ?
7. puisque vous séparez GUI et fonctions applicatives (c'est une bonne chose), comment informer le GUI du bon déroulement de la sauvegarde du fichier de sortie ?

Alors la première question était facile, les suivantes...
Je vois à peu près le raisonnement mais j'avais commencé à faire un truc (peut-être pas très beau mais bon... au moins c'est moi qui l'ai fait! ou presque...)

Code :

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#!/usr/bin/env python
# -*- coding: Utf-8 -*-
 
import tkinter as TK
import tkinter.filedialog as FD
import tkinter.messagebox as MB
from tkinter import ttk
import ProgrammeFCT
 
###############
 
class FileEntry (ttk.Frame):
	def __init__ (self, master=None, **kw):
		ttk.Frame.__init__(self, master)
		self.init_widget(**kw)
 
	def init_widget (self, **kw):
		self.label = ttk.Label(self, text=kw.get("label", "Veuillez sélectionner un fichier, SVP:"))
		self.file_path = TK.StringVar()
		self.entry = ttk.Entry(self, textvariable=self.file_path)
		self.button = ttk.Button(self, text="Parcourir", command=self.slot_browse, underline=0,)
 
		self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
		self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
		self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
 
	def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
		_fpath = FD.askopenfilename()
		self.file_path.set(_fpath)
 
	def get_path (self):
		return self.file_path.get()
 
###############
 
class FileOut (ttk.Frame):
	def __init__ (self, master=None, **kw):
		ttk.Frame.__init__(self, master)
		self.init_widget(**kw)
 
	def init_widget (self, **kw):
		self.label = ttk.Label(self, text=kw.get("label", "Veuillez entrer un nom de fichier, SVP:"))
		self.file_path = TK.StringVar()
		self.entry = ttk.Entry(self, textvariable=self.file_path)
		self.button = ttk.Button(self, text="Parcourir", command=self.slot_browse, underline=0,)
 
		self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
		self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
		self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
 
	def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
		_fpath = FD.asksaveasfilename()
		self.file_path.set(_fpath)
 
	def get_path (self):
		return self.file_path.get()
 
###############
 
# Interface
root = TK.Tk()
root.title("Programme")
root.geometry("800x300")
 
labelframe = ttk.LabelFrame(root, text="Sélection des fichiers", padding="5px",)
labelframe2 = ttk.LabelFrame(root, text="Fichier de sortie", padding="5px",)
 
# FileEntry
fileentry_sequence = FileEntry(labelframe, label="Séquence de référence :")
fileentry_coverage = FileEntry(labelframe, label="Coverage :")
fileentry_conflits = FileEntry(labelframe, label="Conflits :", underline=0,)
 
#FileOut
fileout = FileOut(labelframe2, label="Nom :")
 
# Bouton action
 
def bouton_action():
	ProgrammeFCT.tab_csv(fileentry_sequence.get_path(), fileentry_coverage.get_path(), fileentry_conflits.get_path(), fileout.get_path())
 
btn_action = ttk.Button(root, text="Générer", underline = 0, command = bouton_action)
 
# Bouton quitter
btn_quit = ttk.Button(root, text="Quitter", underline = 0, command=root.quit)
 
###############
 
# Labelframe layout inits
labelframe.pack(side=TK.TOP, expand=1, fill=TK.BOTH, padx=5, pady=5)
labelframe2.pack(side=TK.TOP, expand=1, fill=TK.BOTH, padx=5, pady=5)
 
# Size
ttk.Sizegrip(root).pack(side=TK.RIGHT, expand=0, fill=TK.Y, padx=5, pady=5,)
 
# Fileentry layout inits
fileentry_sequence.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_coverage.pack(expand=0, fill=TK.X)
fileentry_conflits.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
#FileOut
fileout.pack(expand=0, fill=TK.X)
 
# Boutons layout inits
btn_quit.pack(side = TK.RIGHT, padx=20, pady=5)
btn_action.pack(side = TK.RIGHT, padx=10, pady=5)
 
###############
 
root.mainloop()

et

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#!/usr/bin/python3
#-*-coding:Utf-8-*-
 
import csv
 
######
 
#Calcul de fréquences
def frequence(nb,total):
	"""Calculate a frequency. If total=0, return 0
        """
	try:
		return nb/total
	except ZeroDivisionError:
		return 0
 
######
 
#Tableau séquence de référence/coverage
 
def tableau_init(file_ref, file_cov):
	#Lecture de la séquence de référence
	seq = []
	_open = open(file_ref, "r")
	read = _open.readlines()
 
	for line in read:
		if line[0] == ">":
			ID = line[1:]
			ID = ID.split()
			ID = ID[0].split('|')
			ID = ID[len(ID)-1].lower() #Nom de la seq de référence utilisée
		else :
			for i in line :
				i = i.upper()
				i = i.strip()
				if i != "":
					seq.append(i)
				else :
					pass
	#Lecture du coverage
	coverage = []
	_open = open(file_cov, "r")
	read = csv.reader(_open)
 
	for line in read:
		line = " ".join(line)
		line = line.replace(";","").replace('"'," ")
		line = line.split()
		if "Value" in line:
			pass
		else:
			line = [int(i) for i in line]
			coverage.append(line[1])
	#Création du tableau
	tableau = []
	for i in list(range(len(seq))): #Position et seq. ref et consensus + reads
		(pos_cons, seq_cons, A, T, G, C, GAP) = ("-", seq[i], 0, 0, 0, 0, 0)
 
		line = [i+1, seq[i], coverage[i]]
		if seq[i] == "A":
			A = coverage[i]
		elif seq[i] == "T":
			T = coverage[i]
		elif seq[i] == "G":
			G = coverage[i]
		elif seq[i] == "C":
			C = coverage[i]
		line = [i+1, seq[i], coverage[i], pos_cons, seq_cons, A, T, G, C, GAP]
		tableau.append(line)
 
	return tableau
 
#Tableau des conflits
 
def tableau_conf(file_conf):
	tableau = []
	_open = open(file_conf, "r")
	read = csv.reader(_open, delimiter=';')
 
	for line in read: #lecture ligne par ligne
		if "^" in line[0]: #ignore les insertion
			pass
		else:
			line = " ".join(line)
			line = line.replace(".", "").replace("(","").replace(")","").replace(",","")
			line = line.split()
			(pos_ref, pos_cons, seq_cons) = (line[0], line[1], line[2])
 
			i = 6 #comptage des reads
			taille = len(line)-2 
			(A, T, G, C, GAP) = (0,0,0,0,0)
			while (i < taille):
				if line[i] == "A" or line[i] == "AA":
					i=i+1
					A = line [i]
				elif line[i] == "T" or line[i] == "TT":
					i=i+1
					T = line [i]
				elif line[i] == "G" or line[i] == "GG":
					i=i+1
					G = line [i]
				elif line[i] == "C" or line[i] == "CC":
					i=i+1
					C = line [i]
				elif line[i] == "-" or line[i] == "--":
					i=i+1
					GAP = line [i]
				i = i+1
 
			line_seq = [line[0], line[1], line[2]]
			line_data = [A, T, G, C, GAP]
			line_data = [int(i) for i in line_data]
			line = line_seq + line_data
 
			tableau.append(line)
 
	return tableau
 
#Tableau séquence de référence/coverage/conflits
 
def tableau_all(file_seq, file_cov, file_conf):
	tab_init = tableau_init(file_seq, file_cov)
	tab_conf = tableau_conf(file_conf)
 
	for i in tab_conf[1:]:
		numero = int(i[0])-1
		tab_init[numero][3:] = i[1:]
	return tab_init
 
#Fréquences
 
def tableau_freq(file_seq, file_cov, file_conf):
	tableau = tableau_all(file_seq, file_cov, file_conf)
 
	for i in tableau:
	#	(nbA, nbT, nbG, nbC, nbGAP, nbcov) = (i[5], i[6], i[7], i[8], i[9], i[2])
		total = i[2] - i[9]
		freqA = frequence(i[5], total)
		freqA = str(freqA).replace(".", ",")
		i.append(freqA)
		freqT = frequence(i[6], total)
		freqT = str(freqT).replace(".", ",")
		i.append(freqT)
		freqG = frequence(i[7], total)
		freqG = str(freqG).replace(".", ",")
		i.append(freqG)
		freqC = frequence(i[8], total)
		freqC = str(freqC).replace(".", ",")
		i.append(freqC)
 
	return tableau
 
#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf, filetest):
	if "csv" in filetest:
		pass
	else:
		filetest = filetest + ".csv"
 
	file_out = open(filetest, "w")
	writer = csv.writer(file_out, delimiter = ";")
 
	tableau = tableau_freq(file_seq, file_cov, file_conf)
	writer.writerow(["Position","Seq_ref","Coverage","Pos_consensus","Seq_consensus","nbA","nbT","nbG","nbC","nbGAP", "freqA", "freqT", "freqG", "freqC"])
	for i in list(range(len(tableau))):
		writer.writerow(tableau[i])

On ne se moque pas...

[Invité]

FD.asksaveasfilename()


Alors la première question était facile, les suivantes...
Je vois à peu près le raisonnement mais j'avais commencé à faire un truc (peut-être pas très beau mais bon... au moins c'est moi qui l'ai fait! ou presque...)

(snip)(snip)

On ne se moque pas...

Loin de moi cette idée : nous avons tous(tes) débuté un jour et nous avons tous(tes) beaucoup ramé avant d'y arriver.

Programmer, c'est plus proche de l'art, de la peinture et de la poésie que d'une science stricte et rêche, même si on est parfois tentés de penser le contraire.

Il faut énormément de rigueur et d'auto-discipline pour arriver à écrire du bon code.

Alors, qu'avons-nous là ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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class FileOut (ttk.Frame):
	def __init__ (self, master=None, **kw):
		ttk.Frame.__init__(self, master)
		self.init_widget(**kw)
 
	def init_widget (self, **kw):
		self.label = ttk.Label(self, text=kw.get("label", "Veuillez entrer un nom de fichier, SVP:"))
		self.file_path = TK.StringVar()
		self.entry = ttk.Entry(self, textvariable=self.file_path)
		self.button = ttk.Button(self, text="Parcourir", command=self.slot_browse, underline=0,)
 
		self.label.pack(side=TK.TOP, expand=0, fill=TK.X)
		self.entry.pack(side=TK.LEFT, expand=1, fill=TK.X)
		self.button.pack(side=TK.LEFT, expand=0, fill=TK.NONE, padx=5)
 
	def slot_browse (self, tk_event=None, *args, **kw):
		_fpath = FD.asksaveasfilename()
		self.file_path.set(_fpath)
 
	def get_path (self):
		return self.file_path.get()
 
# Bouton action
 
def bouton_action():
	ProgrammeFCT.tab_csv(fileentry_sequence.get_path(), fileentry_coverage.get_path(), fileentry_conflits.get_path(), fileout.get_path())

Waw! Un composant graphique pour demander un nom de fichier "enregistrer sous..." ?

Aviez-vous au moins testé FD.asksaveasfilename() à vide (sur un coin de table) avant de vous lancer dans du code de composant graphique ?

Non, la solution est BIEN PLUS SIMPLE que tout ça !

Vous n'avez pas besoin d'un composant graphique, vu que FD.asksaveasfilename() vous en fournit déjà un.

Tout ce que vous aviez à faire était de récupérer la valeur retour de FD.asksaveasfilename() qui est censée être le chemin complet de votre fichier de sortie.

Exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Bouton action
 
def bouton_action():
 
    _fpath = FD.asksaveasfilename()
 
    print("fichier de sortie :", _fpath)
 
    # pour l'instant, je désactive ceci:
    #~ ProgrammeFCT.tab_csv(fileentry_sequence.get_path(), fileentry_coverage.get_path(), fileentry_conflits.get_path(), fileout.get_path())
    # nous en reparlerons après
 
# end def

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf, filetest):
	if "csv" in filetest:
		pass
	else:
		filetest = filetest + ".csv"
 
	file_out = open(filetest, "w")
	writer = csv.writer(file_out, delimiter = ";")
 
	tableau = tableau_freq(file_seq, file_cov, file_conf)
	writer.writerow(["Position","Seq_ref","Coverage","Pos_consensus","Seq_consensus","nbA","nbT","nbG","nbC","nbGAP", "freqA", "freqT", "freqG", "freqC"])
	for i in list(range(len(tableau))):
		writer.writerow(tableau[i])

On ne se moque pas...

Tout d'abord, un if condition: ne nécessite pas forcément un else: ou un elif:

Vous avez tout à fait le droit d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if something_true:
 
    do_something_cool_here()
 
# end if

ensuite, vous avez la logique contraire not :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if not something_true:
 
    do_something_anyway()
 
# end if

Tout ça pour dire que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf, filetest):
	if "csv" in filetest:
		pass
	else:
		filetest = filetest + ".csv"

Peut s'écrire plus simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf, filetest):
 
	if "csv" not in filetest:
		filetest = filetest + ".csv"

Bien que ce code reste néanmoins insuffisamment rigoureux, évidemment.

Il eût été préférable d'écrire :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#Création du tableau csv
 
def tab_csv(file_seq, file_cov, file_conf, filetest):
 
	if not str(filetest).lower().endswith(".csv"):
 
		filetest += ".csv"
 
        # end if

Et même ça, c'est encore insuffisant (vous n'avez pas vérifié que vos chemins de fichiers passés en arguments de fonction sont au minimum renseignés).

Créer des fichiers à la sauvette peut provoquer des dégâts terribles (exemple fréquent : erreur sur le nom de fichier => écrasement de fichiers pré-existants contenant des données très importantes).

Vous devriez prendre beaucoup plus de précautions que cela avant d'écrire quoi que ce soit sur un disque dur.

@+