Discussion :

[Djibrilou]

Bonjour à tous,
Première venue sur le forum, soit merci au créateurs/membres actifs de ce bon site.

J'aimerais depuis l'IDLE de python taper ces commandes bash, comment faire?

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

Voici ou j'en suis rendu:

os.environ['FREESURFER_HOME'] = "/usr/local/freesurfer"

Merci sincèrement.

[Clodion]

Bonsoir,
Une possibilité: utiliser, dans le module os, la méthode popen:
(avec un read() pour la lecture de la sortie)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> from os import popen
>>> sortie=popen("ls")
>>> ma_lst = sortie.read()
>>> print(ma_lst)

Je ne mets pas la sortie… Mais l'une des idées est ici…

PS: il y a bien sûr, aussi, de nombreuses commandes équivalentes à celle du bash dans les modules os et os.path (et d'autres… sys… )
Un tour sur la doc Python donnera plus de renseignements

Voilà…

Clodion

[Djibrilou]

Merci Clodion,
Mais mon but est d’exécuter ce qui normalement s’exécute via Bash(ubuntu) par:
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

en un script python directement.
Je ne vois donc pas en quoi tu utilises la fonction "print", je pense que la solution est vers pour export:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

os.environ['FREESURFER_HOME'] = "/usr/local/freesurfer"

Mais quid de 'source'?

Merci par avance.
Frederic

[deusyss]

Bonjour,

Sinon, souvent inconnu, le package subprocess, qui permet outre l'execution de la commande, d'attendre que la commande se termine, et même d'afficher la sortie standard dans l'écran, ou dans un log.

[Djibrilou]

Ok, je m'en satisferai. merci beaucoup.
Frederic

[deusyss]

Si les reponses apportees repondent à ta demande, un petit resolu, pour indiquer aux autres membres qu'une solution est disponible pour ce probleme.

Merci pour eux