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Bioinformatique Perl Discussion :

Défis sur le thème de la bioinformatique


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Bonjour à tous !

    Ça va déjà faire un petit moment que le site est en ligne, mais comme je n'ai pas vu de fil à ce sujet ici je me permets d’en faire un au cas où certains ne le connaîtraient pas encore (j’espère que je poste au bon endroit ).
    Ça pourrait peut-être intéresser quelques bioinformaticiens

    Le site Rosalind, en hommage à Rosalind Franklin, est un site qui regroupe toute une série de petits défis centrés sur le thème de la bioinformatique.
    Le site recommande Python (5 petit challenges sont là pour introduire Python), mais les problèmes sont totalement langage-agnostique (d’ailleurs, le N°3 Français utilise Perl 6 et Perl 5).

    Je trouve ce site assez sympa, ça permet de pratiquer et d’apprendre pas mal de trucs aussi bien côtés bio’ que info’ (car chaque problème vient avec une petit explication contextuelle ou technique)
    Une article en parle un peu plus en détail ici.

  2. #2
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    Salut!

    Ton site est assez sympas, il faudra que je m'y fasse les dents un de ces jours. Par contre certaines questions sont de vrais problèmes de bio-informatiques sur lesquels les algorithmes sont très complexes et demandent pas mal de temps de reflexion (sauf si tu veux avoir un script qui tourne pendant 1 mois sur un supercalculateur...)

  3. #3
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    Ha, enfin une réponse !
    Je commençais à croire que tout le monde s’en fichait, ou alors que je n’avais pas posté au bon endroit ^^

    Oui, la difficulté va crescendo et on arrive à de vrais problèmes (c’est aussi ça qui est intéressant).
    Comme tu le dis, certains pourrait même nécessiter un temps de calcul monstre (par exemple, celui-ci est NP-complet si tu veux une solution exacte), mais les datasets sont taillés pour que ça passe en 5 min, même avec un langage de script (par contre oui, il faut réfléchir à l’algo).

  4. #4
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    Pour m'amuser sur les premiers défis, je suis de plus en plus positif sur ce site. Certains des premiers scripts permettent d'aider à la construction des suivants, et il est donc possible de réutiliser des bouts de code. J'imagine qu'un professeur pourrais conseiller ce site a ses élèves par exemple.

    Au fait bravo pour la 4ème place française

  5. #5
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    Citation Envoyé par trex7g2 Voir le message
    Pour m'amuser sur les premiers défis, je suis de plus en plus positif sur ce site.
    Au moins mon post n’aura pas été inutile

    Citation Envoyé par trex7g2 Voir le message
    Certains des premiers scripts permettent d'aider à la construction des suivants, et il est donc possible de réutiliser des bouts de code.
    Oui, c’est vraiment un point appréciable.

    Citation Envoyé par trex7g2 Voir le message
    J'imagine qu'un professeur pourrais conseiller ce site a ses élèves par exemple.
    Tu ne crois pas si bien dire. C’est prévu.

    Citation Envoyé par trex7g2 Voir le message
    Au fait bravo pour la 4ème place française
    Merci, j’aimerais arriver sur le podium un de ces quatres.
    Et revenir dans le top 50 international aussi (j’y étais à un moment, mais il y avait beaucoup moins d’utilisateurs donc j’avais pas trop de mérite ^^)

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