Discussion :

[Kawaccino]

Bonjour à tous, j'espère avoir posté ce message au bon endroit (j'ai vu d'autres sujets de Blast ici alors...).
J'ai un petit soucis: je veux blaster un fichier multifasta que j'ai contre la banque de données "nr" de Blast. J'ai donc téléchargé la banque de données sur le site du NCBI (ici: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db), j'ai bien lu la section Read me avant de lancer mon analyse et dans mon terminal linux j'ai entré la commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

blastx -db /home/jesbelin/Documents/Stage/autre_etude/Blast/nr -query /home/jesbelin/Documents/Stage/autre_etude/donnees_origine/palm_out.unpadded.fasta -out /home/jesbelin/Documents/Stage/autre_etude/transcriptome.xls -num_threads 8 -outfmt "6 qseqid sseqid salltitles pident length mismatch qstart qend sstart send evalue"

car je voudrais que mon résultat s'affiche sous forme d'un tableau avec (et c'est le plus important dans mon cas le titre du résultat (par exemple PREDICTED: tetratricopeptide repeat protein 7A-like [Vitis vinifera] ). Or, ce n'est pas du tout ce que j'obtiens, j'ai:

palm_1 ; gi|225458840|ref|XP_002285329.1| ; 70.10 ; 301 ; 87 ; 2413 ; 1511 ; 1 ; 298 ; 0.0

(les points-virgules sont mes séparateurs de colonnes). Je voudrais donc savoir si l'un d'entre vous peut me dire où est mon erreur de code... car en regardant sur le net, j'ai vu que normalement c'était bien salltitles qui permettait d'obtenir la description des entrées...
Je vous remercie par avance
Bonne journée,
K.

[Gardyen]

salltitles permet bien de récupérer les descriptions... mais cette option n'existe que depuis la dernière version du blast ncbi sortie le 2 avril !
Si tu prends une version antérieure de blast, la colonne sera juste ignorée

[Kawaccino]

Effectivement... On était sensés avoir la dite dernière version... malheureusement nous n'avons pas la même notion de dernière... Enfin, problème corrigé, merci bien pour le coup de main, tout marche parfaitement bien maintenant.