Discussion :

[leila32]

Bonjour

le but de mon code étant de remplacer les éléments d'un fichier txt par d'autre élément du fichier csv

Je dois faire un code me permettant de parcourir les mots d'un fichier sous format .txt et de comparer ses mots avec le contenu des lignes d'un fichier csv /cellule row[0] et dans le cas ou ils sont identiques, remplacer le mot par row[2]

Le problème c'est que mon code ne passe par la boucle row in reader qu'une fois

Voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/python
# vim: set fileencoding=utf-8 :
 
 
import csv, sys, os,re
 
 
 
 
#traitement fichier txt
annotation=open("/home/amal/Bureau/annotation2.txt", "w")
fd=open("/home/amal/Bureau/test.txt", "r")
lines=[re.split("\W+", x) for x in fd.readlines()]
 
mot=0
rows=0
line=0
#manipulation  fichier csv  et fichier txt
fname = "tes_annotation.csv"
file = open(fname, "rb")
reader = csv.reader(file)
 
for ligne in lines:	#parcourir ligne par ligne le premier fichier	
 
	print ("line :"+ str(line))
 
	if  (ligne[0]=="Gene"):
 
			line+=1
			print ligne
			print "ligne  commence  par Gene"
			print ("len(ligne)) ="  +str(len(ligne))) 
			for mot in range(len(ligne)-1):#pour chauqe mot du ligne du fichier 1	
				#print ligne[mot]
				rows=0
				for row in reader:
				       #print row
					print ("row[0], row[2], ligne[mot]  :" + " "+  row[0] + " "+ row[2] + " "+  ligne[mot])
					rows+=1 
					print rows
					print "rows"
					if row[0]==ligne[mot]:
						    #print "row[2]"
						    #print row[2]
						    #ligne[mot]=row[2]
						    print "pas eqivalane dans la list"
						    #ligne_transforme = ligne_transforme + ligne[mot]
 
 
					elif not row[0]==ligne[mot] :
						    ###ligne_transforme = ligne_transforme + ligne[mot]
				                    print "pas eqivalane dans la list"
 
 
					  ##annotation.write(" ".join(ligne_transforme))		
					  ##annotation.write("\n")
			mot+=1
			print "mot :"
			print mot
 
 
 
	else :					  
 
		    print "ligne ne commence pas par Gene"
		    print ligne
 
 
##file.close()
##fd.close()
##annotation.close()

Je vous remercie

[plxpy]

bonjour

en regardant en diagonale le code, je me demande si je n'ai pas fait un "double bingo" ... voir cette discussion récente.

[leila32]

Merci pour ta réponse:
c'est vrai que c'est à peu près ce que je fais à la différence que moi je parcours en parallèle un txt et un csv
j'ai modifié le code
mais malheureusement il fait qu'uune seule itération des row avec le premier mot et après il rentre plus dans la boucle qui parcours le csv
!!!!!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import csv, sys, os, re
 
 
#traitement fichier txt
annotation=open("/home/amal/Bureau/annotation2.txt", "w")
fd=open("/home/amal/Bureau/test.txt", "r")
lines=[re.split("\W+", x) for x in fd.readlines()]
 
 
#manipulation  fichier csv  et fichier txt
fname = "tes_annotation.csv"
file = open(fname, "rb")
reader = csv.reader(file)
 
def parcour():
  for ligne in lines:	#parcourir ligne par ligne le premier fichier	
	if  (ligne[0]=="Gene"):
 
			for mot in ligne:#pour chauqe mot du ligne du fichier 1				
				for row in reader:
					if row[0]==mot:
						    print " eqiuivalant dans la list"
 
					elif not row[0]==mot :
 
				                    print "pas equivalant dans la list"
 
	else :					  
 
		    print "ligne ne commence pas par Gene"
		    print ligne
 
parcour()

[plxpy]

à la différence que moi je parcours en parallèle un txt et un csv

oui mais c'est du détail. Foncièrement, il n'y a aucune différence.

Ta boucle "for row in reader" épuise le fichier "tes_annotations.csv". Quand tu fais une autre itération sur "lines" for mot in ligne à la ligne 22, ce fichier (le pointeur courant) n'a pas bougé d'un iota : il est en bout de course (en butée sur la fin de fichier).

Insère un "file.seek(0)" à la ligne 21 23 du dernier code et observe... (file est un peu malheureux : c'est le type des "fichiers" en python)

[EDIT] ton "à la différence que moi je parcours en parallèle un txt et un csv"me laisse à penser que tu ne vois pas où est le problème

Pour enfoncer le clou, voilà ce qui t'arrive :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> import csv
>>> fichier = open('fichier.csv')
>>> reader = csv.reader(fichier,delimiter=';')
>>> for i in range(4):
...     print "iteration", i, "offset", fichier.tell()
...     for row in reader:
...             print row
... 
iteration 0 offset 0
['un', '1', '1.0']
['deux', '2', '2.0']
['trois', '3', '3.0']
iteration 1 offset 32
iteration 2 offset 32
iteration 3 offset 32

et voilà comment contourner le problème :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> fichier = open('fichier.csv')
>>> reader = csv.reader(fichier,delimiter=';')
>>> for i in range(4):
...     print "iteration", i, "offset", fichier.tell()
...     for row in reader:
...             print row
...     fichier.seek(0)
... 
iteration 0 offset 0
['un', '1', '1.0']
['deux', '2', '2.0']
['trois', '3', '3.0']
iteration 1 offset 0
['un', '1', '1.0']
['deux', '2', '2.0']
['trois', '3', '3.0']
iteration 2 offset 0
['un', '1', '1.0']
['deux', '2', '2.0']
['trois', '3', '3.0']
iteration 3 offset 0
['un', '1', '1.0']
['deux', '2', '2.0']
['trois', '3', '3.0']