Discussion :

[Kawaccino]

Bonjour,
j'ai besoin de vos lumières concernant le nettoyage de séquences Illumina (fichier Fastq). En effet, j'ai une séquence qui devrait être propre malheureusement, il reste plein d'adn "parasites" (adn ribosomal entre autre, etc...) J'ai déjà fait un cutadapt pour supprimer mes adaptateurs, mais je me demandais quel outil peut-on utiliser pour supprimer les séquences indésirables?
En vous remerciant,
K.

[Gardyen]

hum pour vérifier la qualité des séquences, j'utilise fastqc

ensuite pour nettoyer, cutadapt pour les adaptateurs, sortmeRNA pour les adnr.

s'il existe d'autres outils intéressants, je suis tout ouïe ^^

[Kawaccino]

Merci bien,
je file voir comment fonctionne ce logiciel (je me voyais déjà faire un cutadapt pour virer ces séquences, mais ce n'est pas le rôle de ce logiciel donc bon, ...).
Aller hop, c'est parti pour le nettoyage!
K.