Discussion :

[carter0090]

Bonjour tout le monde, S'il vous plait quelqu'un peut m'orienter ou me dire comment je peux parvenir à faire une reconstruction 3d de près de 130 images IRM. Au fait il s'agit de détecter la tumeur du sein à partir de la reconstruction 3d. donc j'ai déja les 130 coupes d'images DICOM. Apparemment je dois d'abord segmenter chacune des images. je travaille sous MATLAB. mais je ne sais pas comment enlever les inscriptions ou indications (axial, A100 , 2.2mm...) sur l'image (voir pièce jointe). Aidez moi s'il vous plait.
Merci Beaucoup

[shaiHulud]

Bonjour,

Je n'ai as de solution toute prête pour ce problème, peut être faut il tout d'abord se renseigner sur les méthodes et logiciels utilisés par la profession.

Pour enlever les annotations, il va falloir trouver ce qui les caractérise : position sur l'image, couleur/luminosité, irrégularité du tracé ...

Si tes images ont la chance d'être alignées, il suffit alors de les empiler (empiler les différents plans), ce qui permet ensuite de tracer n'importe quelle coupe. Ayant ce tableau 3D (voir 4D pour des images couleurs) empilé, on peut:
- tracer différentes coupes pour simuler nous même une représentation 3D
- essayer de fitter un polyhèdre que l'on pourra ensuite représenter.

Si tes images ne sont pas alignées, il peut être délicat de les réaligner.

[betaplus]

Pour commencer s'il s'agit réellement de DICOM les annotations ne sont pas écrites directement dans l'image mais dans l'entête DICOM. Tu peux donc jeter un oeil ici :
http://medical.nema.org/standard.html puis ensuite au DICOM conformance statements du constructeur de la machine (de l'IRM).

Pour lire ton image DICOM tu peux simplement utiliser les fonction "dicomread" et "dicominfo" de Matlab. Tu peux ensuite stocker les images dans une matrice 3D puis afficher coupe par coupe, reconstruire sous certains angles etc. Tu pourras donc faire tout le traitement d'image que tu veux sur cette matrice.

Amuse-toi bien !

[carter0090]

Merci bcp pour vos réponses! J'ai pu trouver comment ôter ces inscriptions mais pour le moment j'ai fait de nombreuses recherches donc je ne sais pas vraiment quoi utiliser Matlab ou C++ avec Vtk Itk ou OpenGL! ça paraît un peu flou tout ça en même temps.

[betaplus]

Tout dépend de ce que tu veux faire. Si tu souhaite distribuer ton code il vaudra mieux utiliser du C++. Si c'est purement expérimental, et que tu souhaite avoir des résultats rapidement alors je te conseille de rester sur Matlab.

Si tu passes en C++ tu devras effectivement utiliser des librairies du type ITK, OpenCV etc.