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R Discussion :

Heatmaps : Choix des couleurs [Débutant(e)]


Sujet :

R

  1. #1
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    Par défaut Heatmaps : Choix des couleurs
    Bonjour à tous et à toutes

    Je m'adresse à vous car j'ai le problème suivant :

    Je dois réaliser une heatmap à partir de données biologiques se trouvant dans un fichier .csv. Pour ce faire, je transforme mon tableau de données en matrice via la fonction

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    nba_matrix <- data.matrix(nba)
    Ensuite, afin de réaliser ma heatmap :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Colv=NA, scale="none", main="monTitre",col=sort(heat.colors(16)[1:12],decreasing=TRUE),margins=c(10,10))
    J'obtiens une heatmap correcte, dans les tons allant de jaune clair à rouge.

    Mon problème est le suivant : J'ai besoin de changer le code couleur de ma heatmap de la manière suivante; toutes les valeurs devraient être comparées à une ligne, qui est en fait une ligne "contrôle" (pas de traitement, référence). J'aimerais que les valeurs inférieures aux valeurs contrôles varient dans des couleurs froides (dans les bleus, par exemple), tandis que les valeurs supérieures au contrôle soient dans des couleurs chaudes (jaune-rouge).

    Comment pourrais-je procéder ? Quelle est la meilleure manière de faire ? Je me suis déjà plongée dans la doc mais je vous avoue que j'ai un peu de mal à régler mon problème.


    Merci d'avance pour vos conseils !

  2. #2
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    Je me permets de remonter le post...

    Personne n'aurait une suggestion...?

    Merci

  3. #3
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    Par défaut
    Bonjour,

    Vous pourriez aller voir du cote de ces deux fonctions pour creer votre propre echelle de couleurs :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    ?colorRamp
    ?colorRampPalette
    Regardez les exemples, ca devrait vous aider.

    HTH

    Vincent

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