Ben voilà ! Avec des clés primaires, c'est quand même déjà mieux !
Tu devras te connecter aux BDD 1 et 2 pour récupérer les données par DUMP mais j'ai cru comprendre que tu avais déjà un script pour exporter ces deux BDD dans le nouveau serveur.
Une fois cet export fait, tu te connectes au serveur 3 puis tu exécute les requêtes une à une en phase de test et en vérifiant que tu ne perds ni n'écrase de données en route (mais avec les clés primaires, normalement, il ne devrait pas y avoir de problème).
Ensuite, quand tout est prêt, tu vide la nouvelle BDD puis tu mets tes requêtes dans un fichier .sql que tu exécutes pour voir si la procédure passe d'un seul coup avec ce ficher.
mysql -u nom_user_mysql -pson_mot_de_passe bdd3 < chemin/vers/fichier.sql
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