Discussion :

[Imène_23]

Bonjour
comment lire une image médicale d'un fichier DICOM SVP?
Merci

[Jerome Briot]

Que comptes-tu faire exactement ?

Souhaites-tu juste lire et afficher l'image ou bien as-tu besoin des données contenues dans les fichiers pour faire des calculs ?

As-tu besoin d'intégrer cela dans un projet plus large ?
Avec quel langage de programmation ?

[Imène_23]

je veux les segmenter, c'est juste un projet simple et mon language c'est le Matlab merciiiiiiiiiiiiii

[Jerome Briot]

Possèdes-tu l'Image Processing Toolbox ?
Si oui, il y a des fonctions toutes prêtes comme dicomread et dicominfo

Si tu ne possèdes pas cette toolbox, il te faut passer par un logiciel externe qui te fera la conversion entre le DICOM et un format lisible par MATLAB.

Tu peux par exemple jeter un œil aux binaires de DCMTK.
Voir "DCMTK 3.6.0 - executable binaries" ici

Ou encore à cette contribution utilisant dcm4che : Using the DICOM toolkit dcm4che from Matlab by Patrick Bolan

Ou encore, si tu préfère Java, passer par ImageJ => Intégrer un code matlab à imageJ

[Imène_23]

Oui Dut j'ai la toolbox sous matlab, j'ai voulu essayer mais quand j'ai télécharger un fichier DICOM, il n'est pas d'exetension DCM, mais "fichier". je fait comment pour le rendre en .dcm ?

[Jerome Briot]

La norme DICOM ne dit rien sur l'extension des noms de fichiers.

Un fichier DICOM ne porte donc pas forcément l'extension dcm

Où as-tu récupéré ce fichier ?

Que renvoie la fonction dicominfo ?

[Imène_23]

La norme DICOM ne dit rien sur l'extension des noms de fichiers.

Un fichier DICOM ne porte donc pas forcément l'extension dcm

Où as-tu récupéré ce fichier ?

Que renvoie la fonction dicominfo ?

j'ai pris le fichier en question de http://www.barre.nom.fr/medical/samples/
j'ai téléchargé celui avec "US" les échographie en couleur du nom de : US-MONO2-8-8x-execho, et quand je veux ouvrir avec Matlab (je suis l'exemple du help) ca donne ca:

Code MATLAB :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 nfo = dicominfo('US-RGB-8-esopecho.dcm');
Y = dicomread(info);
figure, imshow(Y);
??? Error using ==> dicominfo>getFileDetails at 393
File "US-RGB-8-esopecho.dcm" not found
 
Error in ==> dicominfo at 35
    fileDetails = getFileDetails(filename);
 
??? Error using ==> info
Too many output arguments.
 
??? Undefined function or variable 'Y'.

[Jerome Briot]

C'est normal, le fichier est contenu dans une archive gzip

Fais ceci :

Code MATLAB :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gunzip('US-RGB-8-esopecho.gz');

puis :

Code MATLAB :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

dicominfo('US-RGB-8-esopecho');

http://www.barre.nom.fr/medical/samples/

Excellent site dont j'ai aussi beaucoup utilisé ces ressources.
Merci à lui

[Imène_23]

C'est normal, le fichier est contenu dans une archive gzip

lol biensure que j'ai dezipé avant !! merciii beaucoup