Discussion :

[Maryl]

Bonjour,

J'ai fait une heatmap avec dendogramme grace au script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
png("/Users/Maryl/Desktop/Enzo.png",800,800)
dataset<-read.csv("/Users/Maryl/Desktop/Enzo.csv", sep=",")
row.names(dataset)<-dataset$Compounds
dataset<-dataset[,2:39]
data_matrix<-data.matrix(dataset)
library(RColorBrewer)
library(gplots)
data_heatmap<-heatmap.2(data_matrix,
Rowv=TRUE, Colv=NULL, distfun=dist, hclustfun = hclust, dendrogram="row", scale="none",
key=TRUE, keysize=1, density.info="none", trace="none", col=rev(brewer.pal(7,"PiYG")), xlab="Parameters", ylab="Compounds", margin=c(23,10), cexRow=0.1, cexCol=1)
graphics.off()

J'obtiens différents groupes/clusters. Mon problème est que j'ai beaucoup de données (1400 lignes et 37 colonnes) et par conséquent, ma légende est illisible. Je ne sais pas par quel moyen selectionner chaque cluster afin de voir à quoi ils correspondent.
Est-ce que quelqu'un connait une fonction pour m'aideràa faire cela ?

Merci pour votre aide.

[tomaprice]

La visualisation et la manipulation de clustering ne sont pas très pratiques sous R.
Je te conseille de réaliser ton clustering avec le programme http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/softwa...r/software.htm

Une fois ton clustering réalisé, ouvre le fichier .cdt généré à l'aide du programme treeView disponible sur le même site.

Pour les gros jeux de données, c'est pour moi le meilleur choix.

[Maryl]

Merci beaucoup je vais essayer avec ce programme