Discussion :

[karaudrey88]

Bonjour,
J'aimerais savoir comment conserver plusieurs graphiques dans un meme pdf.
pour le moment voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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mydata <- read.table("set01_annotes_R.txt")
mydata2 <- read.table("set01_non_annotes.txt")
pdf (file=paste ("set01_stat.pdf"),paper="a4")
par(mfrow=c(5,2)) 
hist(log10(mydata$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="blue",main="mean size of exons in transcripts")
hist(log10(mydata2$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="red",main="mean size of exons in transcripts")
hist(log10(mydata$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of transcripts")
hist(log10(mydata2$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of transcripts")
hist(mydata$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="blue",main="number of exons in transcripts")
hist(mydata2$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="red",main="number of exons in transcripts")
hist((mydata$V5*100)/mydata$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="blue",main="percent N")
hist((mydata2$V5*100)/mydata2$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="red",main="percent N")
hist(mydata$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of mono-exons transcripts")
hist(mydata2$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of mono-exons transcripts")
dev.off()

Mais par soucis de lecture et d'esthétique, cela ne me convient pas. J'aimerais donc savoir comment peut on conserver ses graphiques sur un pdf de 3 pages. Quelqu'un saurait il comment faire? Merci d'avance.

[A. D.]

Bonjour,

Si j'ai bien compris votre problème, la solution est de simplement répartir vos graphiques sur 3 pages en faisant 3 appels à par(mfrow=c( ... ), et en complétant les paramètres en fonction du nombre de graphiques souhaités.

Par exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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mydata <- read.table("set01_annotes_R.txt")
mydata2 <- read.table("set01_non_annotes.txt")
 
pdf (file=paste ("set01_stat.pdf"),paper="a4")
 
par(mfrow=c(2,2)) 
 
hist(log10(mydata$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="blue",main="mean size of exons in transcripts")
hist(log10(mydata2$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="red",main="mean size of exons in transcripts")
hist(log10(mydata$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of transcripts")
hist(log10(mydata2$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of transcripts")
 
par(mfrow=c(2,2)) 
 
hist(mydata$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="blue",main="number of exons in transcripts")
hist(mydata2$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="red",main="number of exons in transcripts")
hist((mydata$V5*100)/mydata$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="blue",main="percent N")
hist((mydata2$V5*100)/mydata2$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="red",main="percent N")
 
par(mfrow=c(1,2)) 
 
hist(mydata$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of mono-exons transcripts")
hist(mydata2$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of mono-exons transcripts")
 
dev.off()

Bonne continuation


Cordialement,

A.D.

[karaudrey88]

Merci beaucoup cela fonctionne bien.