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  1. #1
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    Par défaut conservation de plusieurs graphiques dans un pdf

    Bonjour,
    J'aimerais savoir comment conserver plusieurs graphiques dans un meme pdf.
    pour le moment voici mon code :
    Code :
    1
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    mydata <- read.table("set01_annotes_R.txt")
    mydata2 <- read.table("set01_non_annotes.txt")
    pdf (file=paste ("set01_stat.pdf"),paper="a4")
    par(mfrow=c(5,2)) 
    hist(log10(mydata$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="blue",main="mean size of exons in transcripts")
    hist(log10(mydata2$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="red",main="mean size of exons in transcripts")
    hist(log10(mydata$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of transcripts")
    hist(log10(mydata2$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of transcripts")
    hist(mydata$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="blue",main="number of exons in transcripts")
    hist(mydata2$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="red",main="number of exons in transcripts")
    hist((mydata$V5*100)/mydata$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="blue",main="percent N")
    hist((mydata2$V5*100)/mydata2$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="red",main="percent N")
    hist(mydata$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of mono-exons transcripts")
    hist(mydata2$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of mono-exons transcripts")
    dev.off()
    Mais par soucis de lecture et d'esthétique, cela ne me convient pas. J'aimerais donc savoir comment peut on conserver ses graphiques sur un pdf de 3 pages. Quelqu'un saurait il comment faire? Merci d'avance.

  2. #2
    Modératrice

    Femme Profil pro Aline Deschamps
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    Par défaut

    Bonjour,

    Si j'ai bien compris votre problème, la solution est de simplement répartir vos graphiques sur 3 pages en faisant 3 appels à par(mfrow=c( ... ), et en complétant les paramètres en fonction du nombre de graphiques souhaités.

    Par exemple :

    Code :
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    mydata <- read.table("set01_annotes_R.txt")
    mydata2 <- read.table("set01_non_annotes.txt")
    
    pdf (file=paste ("set01_stat.pdf"),paper="a4")
    
    par(mfrow=c(2,2)) 
    
    hist(log10(mydata$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="blue",main="mean size of exons in transcripts")
    hist(log10(mydata2$V4),xlab="log10 exons length",ylab="frequency",col="red",main="mean size of exons in transcripts")
    hist(log10(mydata$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of transcripts")
    hist(log10(mydata2$V2),xlab="log10 transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of transcripts")
    
    par(mfrow=c(2,2)) 
    
    hist(mydata$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="blue",main="number of exons in transcripts")
    hist(mydata2$V3,xlab="exons number",ylab="frequency",col="red",main="number of exons in transcripts")
    hist((mydata$V5*100)/mydata$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="blue",main="percent N")
    hist((mydata2$V5*100)/mydata2$V2,xlab="N number",ylab="frequency",col="red",main="percent N")
    
    par(mfrow=c(1,2)) 
    
    hist(mydata$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="blue",main="length of mono-exons transcripts")
    hist(mydata2$V2,xlab="transcripts length",ylab="frequency",col="red",main="length of mono-exons transcripts")
    
    dev.off()
    Bonne continuation


    Cordialement,

    A.D.

    Forum R
    Fournir le code utilisé (pensez aux balises code !), les packages nécessaires, ainsi qu'un court mais représentatif extrait du jeu de données et les éventuels messages d'erreur.
    Recherche d'informations concernant R : RSiteSearch / tutoriels : http://r.developpez.com/ .

    Pensez également au bouton "Résolu" et à voter (en bas à droite des messages) lorsque vous avez obtenu une réponse satisfaisante.

  3. #3
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    Par défaut re

    Merci beaucoup cela fonctionne bien.

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