Précédent   Forum du club des développeurs et IT Pro > Autres langages > Python & Zope
Python & Zope Forum d'entraide sur la programmation en Python et Zope. Avant de poster -> F.A.Q Python
Partagez cette discussion sur d'autres réseaux sociaux : Viadeo Twitter Google Facebook Digg Delicious MySpace Yahoo
Réponse
 
Outils de la discussion
Publicité
'
Vieux 28/12/2012, 20h52   #1
mycaweb
Invité régulier
 
Inscription : avril 2009
Messages : 30
Détails du profil
Informations forums :
Inscription : avril 2009
Messages : 30
Points : 7
Points : 7
Par défaut probleme update python

Bonjour,
j'utilisais python 2.6 jusqu'à maintenant avec une librairie nommée "biopython" pour faire de la bioinformatique.
J'ai du installer python 2.7, ce qui fait que dans mon /usr/bin j'ai :
Code :
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
ll /usr/bin/ | grep python
lrwxrwxrwx  1 root   root          58 2012-07-15 21:21 install-package -> ../share/python-support/install-package/install-package.py*
lrwxrwxrwx  1 root   root          23 2012-10-22 13:58 pdb2.6 -> ../lib/python2.6/pdb.py*
lrwxrwxrwx  1 root   root          23 2012-12-13 19:17 pdb3.1 -> ../lib/python3.1/pdb.py*
lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-12-19 18:44 python -> python2.6*
lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-02-03 16:55 python2 -> python2.6*
-rwxr-xr-x  1 root   root     2617584 2012-10-02 00:32 python2.6*
-rwxr-xr-x  1 root   root        1452 2012-10-02 00:32 python2.6-config*
lrwxrwxrwx  1 root   root           9 2012-12-13 19:17 python3 -> python3.1*
-rwxr-xr-x  1 root   root     2849768 2012-10-23 22:47 python3.1*
lrwxrwxrwx  1 root   root          16 2012-06-05 09:56 python-config -> python2.6-config*
lrwxrwxrwx  1 root   root          29 2012-02-03 16:55 pyversions -> ../share/python/pyversions.py*
Le problème étant que dans python 2.6 j'arrive à importer ma libraire Biopython :
Code :
1
2
>>> from Bio import SeqIO
>>>
mais dans python 2.7 je n'y arrive pas :
Code :
1
2
3
4
5
>>> from Bio import SeqIO
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named Bio
>>>
Que dois je fais pour que ma librairie fonctionnelle dans une version antérieure de python, le devienne également avec la version d'après ?
En remerciant tous les contributeurs de ce forum pour leur gentillesse d'aider les noobs comme moi !
M.
mycaweb est déconnecté   Envoyer un message privé Réponse avec citation 00
Vieux 29/12/2012, 00h18   #2
fred1599
Membre Expert
 
Avatar de fred1599
 
Homme Fred
Enseignant
Inscription : juillet 2006
Messages : 1 322
Détails du profil
Informations personnelles :
Nom : Homme Fred
Localisation : France, Meurthe et Moselle (Lorraine)

Informations professionnelles :
Activité : Enseignant
Secteur : Enseignement

Informations forums :
Inscription : juillet 2006
Messages : 1 322
Points : 1 820
Points : 1 820
Tu réinstalles biopython, tu télécharges le tar.gz, tu l'extraits, tu suis les instructions et c'est reparti...

Autre solution plus risquée, tu vas dans /usr/lib/python2.6, tu recherches le dossier biopython et tu le copies dans /usr/lib/python2.7 sachant que biopython est prévu de fonctionner de la version 2.5 à 3.x

Bon courage...
__________________
Celui qui trouve sans chercher est celui qui a longtemps cherché sans trouver.(Bachelard)
La connaissance s'acquiert par l'expérience, tout le reste n'est que de l'information.(Einstein)
fred1599 est déconnecté   Envoyer un message privé Réponse avec citation 00
Vieux 29/12/2012, 01h12   #3
mycaweb
Invité régulier
 
Inscription : avril 2009
Messages : 30
Détails du profil
Informations forums :
Inscription : avril 2009
Messages : 30
Points : 7
Points : 7
oui oui, ça a marché, je pensais qu'il existait une méthode évitant de réinstaller une chose déjà installée sans que cela ne soit trop risqué, mais en effet, ça fait parfaitement l'affaire.
Merci beaucoup!
mycaweb est déconnecté   Envoyer un message privé Réponse avec citation 00
Réponse Cette discussion est résolue.
Outils de la discussion

Navigation rapide


Fuseau horaire GMT +2. Il est actuellement 23h26.


 
 
 
 
Partenaires

Hébergement Web