recuperer les query qui n'ont sont no hits found blast [Résolu]

[karaudrey88]

Bonjour,
J'ai effectué un blast local sur la base de données nr, et j'aimerais récupérer le nom des séquences (et les séquences si possible) qui n'ont pas de hit dans le blast, ceux qui sont ni hits found, mais je ne sais pas comment faire. Quelqu'un pourrait-il m'aider? Merci

[Gardyen]

utilises tu les parsers BLAST de bioperl ? cf la

si oui alors c'est simple, suivant l'exemple donné dans la doc tu peux faire:

Code :

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 use Bio::SearchIO;
my $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'blast', -file   => 'blast.txt' );
while ( my $result = $searchio->next_result() ) {
  my $nom_seq = $result->query_name;
  if ($result->num_hits == 0) {
    # do something
  }
}

par contre vu que les séquences ne sont en général pas contenues dans le fichier de résultats de BLAST, tu devras te servir du fichier fasta d'origine

[karaudrey88]

Merci pour ta réponse, cela fonctionne bien.